| No. | 曲名 | 作曲者 | 補足 | 順位 |
| 00 | オープニング | 近藤浩治 | ||
| 01 | タイトル | 近藤浩治 | ||
| 02 | セレクト | 近藤浩治 | メニュー画面 | |
| 03 | マップ | 近藤浩治 | マップ画面 | |
| 37 | V.S.セレクト | 近藤浩治 | VSモード 設定画面 | |
| 04～07 | スタートデモ1 | 近藤浩治 | スタートデモ No.04はフルサイズ(サントラではこちらを使用) No.05～07は長さを調整したバージョン |
N64 115位 |
| 08 | スタートデモ2 | 近藤浩治 | フィチナ、カタリナ、ソーラ、セクターZ、ボルス、エリア6、ベノム2(赤ルート) スタートデモ | |
| 34 | トレーニング | 若井淑 | ||
| 09 | コーネリア | 若井淑 | 一面271位 | |
| 17 | フィチナ&セクターZ | 若井淑 | ||
| 10 | メテオ | 若井淑 | 第3回掘り出し266位 | |
| 16 | セクターY&ソーラ | 若井淑 | ||
| 19 | カタリナ | 若井淑 | ||
| 20 | アクアス | 若井淑 | ||
| 12 | セクターX | 若井淑 | ||
| 13 | ゾネス | 若井淑 | 第17回610位 N64 104位 | |
| 11 | タイタニア&マクベス | 若井淑 | 砂漠・荒野205位 | |
| 14 | エリア6 | 若井淑 | 第5回916位 第8回997位 N64 48位 宇宙27位 | |
| 18 | ボルス | 若井淑 | ||
| 15 | ベノム | 若井淑 | ベノム1(青ルート)のみ使用 | |
| 21 | ワープ | 若井淑 | ||
| 38 | 決意 | 若井淑 | ベノム地下基地突入時 | |
| 39 | 地下基地内 | 若井淑 | ベノム地下基地 | |
| 29 | スターウルフのテーマ | 若井淑 | スターウルフ戦 | 第3回241位 第4回466位 第7回538位 任天堂54位 第3回任天堂147位 N64 10位 宇宙121位 |
| 24 | ボスA | 若井淑 | コーネリア(青ルート)、セクターX、ゾネス ボス戦 | |
| 25～27 | ボスB | 若井淑 | ボス戦、ベノム脱出 それぞれアレンジが異なる(サントラではNo.26のバージョンを使用) |
第17回614位 ボス戦353位 宇宙219位 |
| 28 | ボスC | 若井淑 | カタリナ、セクターZ、ボルス ボス戦 | |
| 40、41 | アンドルフ | 若井淑 | 40：アンドルフ戦 41：アンドルフ・ダミー戦 サントラではNo.41を使用 |
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| 42 | 最終決戦 | 若井淑 | アンドルフ・ブレイン戦 | |
| 35 | 対戦 | 若井淑 | ||
| 36 | 対戦(1対1) | 若井淑 | ||
| 23 | ビルのテーマ | 近藤浩治 | セクターX、ソーラ ビル登場時 | |
| 22 | キャットのテーマ | 近藤浩治 | ゾネス、マクベス、セクターZ キャット登場時 | |
| 30 | 作戦完了 | 近藤浩治 | ステージクリア | |
| 31 | 作戦失敗 | 近藤浩治 | フィチナ、カタリナ、セクターZ 作戦終了 | |
| 32 | プレイヤーダウン | 近藤浩治 | ||
| 33 | ゲームオーバー | 近藤浩治 | ||
| 43 | オールクリア | 近藤浩治 | ベノム ステージクリア | |
| 44 | スタッフクレジット | 近藤浩治 | 第2回エンディング338位 | |
| スターフォックス64 3D追加曲 | ||||
| バトルセレクト | 照井理美 | |||
| バトル | 照井理美 | |||
| バトルクライマックス | 照井理美 | |||
| バトル終了1 | 照井理美 | |||
| バトル終了2 | 照井理美 | |||
| 決意 | 照井理美 | |||
| スタッフクレジット2 | 照井理美 | |||
