| No. | 曲名 | 作曲者 | 補足 | 順位 |
| 00 | オープニング | 近藤浩治 | NS2版ではオープニングがなくスタッフロール前半で使用される。スタッフロールでは流れないイントロを含めた「メインテーマ(Bonus Track)」として『Nintendo Music』で配信 | |
| 01 | タイトル | |||
| 02 | セレクト | メニュー画面 NS2版での曲名は「メインメニュー」 |
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| 03 | マップ | マップ画面 NS2版での曲名は「スターマップ」 |
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| 37 | V.S.セレクト | VSモード 設定画面 | ||
| 04～07 | スタートデモ1 | スタートデモ No.04はフルサイズ(サントラではこちらを使用) No.05～07は長さを調整したバージョン |
N64 115位 | |
| 08 | スタートデモ2 | フィチナ、カタリナ、ソーラ、セクターZ、ボルス、エリア6、ベノム2(赤ルート) スタートデモ | ||
| 34 | トレーニング | 若井淑 | ||
| 09 | コーネリア | 一面271位 | ||
| 17 | フィチナ&セクターZ | |||
| 10 | メテオ | 第3回掘り出し266位 | ||
| 16 | セクターY&ソーラ | |||
| 19 | カタリナ | |||
| 20 | アクアス | |||
| 12 | セクターX | |||
| 13 | ゾネス | 第17回610位 N64 104位 | ||
| 11 | タイタニア&マクベス | 砂漠・荒野205位 | ||
| 14 | エリア6 | 第5回916位 第8回997位 N64 48位 宇宙27位 オーケストラ218位 | ||
| 18 | ボルス | |||
| 15 | ベノム | ベノム1(青ルート)のみ使用 | ||
| 21 | ワープ | |||
| 38 | 決意 | ベノム地下基地突入時 | ||
| 39 | 地下基地内 | ベノム地下基地 | ||
| 29 | スターウルフのテーマ | スターウルフ戦 NS2版での曲名は「スターウルフ」 |
第3回241位 第4回466位 第7回538位 任天堂54位 第3回任天堂147位 N64 10位 宇宙121位 | |
| 24 | ボスA | コーネリア(青ルート)、セクターX、ゾネス ボス戦 | ||
| 25～27 | ボスB | ボス戦、ベノム脱出(64、3DS) それぞれアレンジが異なる(サントラではNo.26のバージョンを使用) |
第17回614位 ボス戦353位 宇宙219位 | |
| 28 | ボスC | カタリナ、セクターZ、ボルス ボス戦 | ||
| 40、41 | アンドルフ | 40：アンドルフ戦 41：アンドルフ・ダミー戦 サントラではNo.41を使用 |
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| 42 | 最終決戦 | アンドルフ・ブレイン戦 | ||
| 35 | 対戦 | 対戦BGM(NS2版ではコーネリアでの対戦時) | ||
| 36 | 対戦(1対1) | 対戦BGM(バトルロイヤルで1対1になった時)(64版) バトルモード：コーネリア、セクターY(残り1分)(NS2版) |
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| 23 | ビルのテーマ | 近藤浩治 | セクターX、ソーラ ビル登場時 | |
| 22 | キャットのテーマ | ゾネス、マクベス、セクターZ キャット登場時 | ||
| 30 | 作戦完了 | ステージクリア、対戦終了(NS2版は所属チーム勝利時) NS2版での曲名は「作戦完遂」 |
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| 31 | 作戦失敗 | フィチナ、カタリナ、セクターZ 作戦終了 セクターX 作戦終了(*1)、対戦終了/所属チーム敗北時(NS2版のみ) |
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| 32 | プレイヤーダウン | |||
| 33 | ゲームオーバー | |||
| 43 | オールクリア | ベノム ステージクリア | ||
| 44 | スタッフクレジット | 3DS版では「スタッフクレジット1」 | 第2回エンディング338位 | |
| スターフォックス64 3D追加曲 | ||||
| バトルセレクト | 照井理美 | |||
| バトル | ||||
| バトルクライマックス | ||||
| バトル終了1 | ||||
| バトル終了2 | ||||
| 決意 | ||||
| スタッフクレジット2 | ||||
| Star Fox追加曲 (一部を除き仮曲名) | ||||
| ベノム事件 | Stephen Barton | 正式曲名 プロローグムービー |
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| バトル開始前(スターフォックス) | バトル開始前のルール説明(スターフォックス側) | |||
| バトル開始前(スターウルフ) | バトル開始前のルール説明(スターウルフ側) | |||
| バトル：フィチナ | ||||
| バトル：フィチナ(残り1分) | ||||
| バトル：セクターY | ||||
| ベノム脱出 | ベノム2 脱出時 | |||
| スタッフクレジット3 | スタッフクレジット(前半部) | |||
*1 64、3DS版はの「作戦完了」を使用していた
