| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Title Screen | タイトル画面 | ||
| Mission Start | ステージスタート | ||
| Infiltration 1 | 監視塔・兵舎・発電所など | ||
| Infiltration 2 | ジャングル・基地前など | ||
| Encounter | アラート時 | ||
| Stage Clear | ステージクリア | ||
| Mission Failed | ミッション失敗 | ||
| Game Over | ゲームオーバー | ||
| The Sewer | 排水路 | ||
| Duel | ボス戦 | ||
| Conveyor Belt | ベルトコンベア | ||
| Retribution | ヴァイパー登場 | ||
| Escape | 砲撃から逃げるシーンなど | ||
| Regret | ジミーの後悔/クリスの謝罪 | ||
| Deception | クリスへの疑惑 | ||
| Helicopter Duel | ハボック戦 | ||
| The Past | ソフィーの過去 | ||
| Maintenance Base | 地下基地 | ||
| Black Chamber | ブラックチェンバーの真実 | ||
| Descent | メタルギア格納庫 | ||
| Gander Stage 1 | メタルギア・ガンダー戦 | ||
| Gander Stage 2 | メタルギア・ガンダー(後半)戦 | ||
| Finality | ヴァイパーとの対峙1 | ||
| Preparation | ヴァイパーとの対峙2 | ||
| Ascent | 最終ヴァイパー戦 | ゲームボーイ187位 | |
| The Future | ソフィーのこれから | ||
| Metal Gear | 真の黒幕 | ||
| Optimism | スネークの決意 | ||
| Departure | スタッフロール | ||
| Intimidation | |||
| Reminiscence | |||
| Barrel Canyon | |||
| VR Training Start | VRトレーニング 『MG1』の「OPERATION INTRUDE N313」 |
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| VR Training (Weapon Mode) | VRトレーニング 『MG2』の「LEVEL1 WARNING」 |
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| VR Training (Advanced Mode) | VRトレーニング 『MG2』の「FREQUENCY 140.85」 |
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| VR Training (Sneaking Mode) | VRトレーニング 『MG1』の「THEME OF TARA」 |
