| No.(*1) | 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 2A | Title Screen | タイトル画面 | ||
| 09 | Mission Start | ステージスタート 原曲:『MG1』より「OPERATION INTRUDE N313」 |
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| 2B | Infiltration 1 | 監視塔・兵舎・発電所など | ||
| 2C | Infiltration 2 | ジャングル・基地前など | ||
| 15 | Encounter | アラート時 原曲:『MG2』より「LEVEL3 WARNING」 |
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| 0B | Stage Clear | ステージクリア 原曲:『MGS』より、VRミッションクリアジングル |
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| 0C | Mission Failed | ミッション失敗 原曲:『MG1』より「JUST ANOTHER DEAD SOLDIER」 |
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| 0D | Game Over | ゲームオーバー 原曲:『MGS』より、ゲームオーバージングル |
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| 2E | The Sewer | 排水路 | ||
| 18 | Duel | ボス戦 | ||
| 34 | Conveyor Belt | ベルトコンベア | ||
| 22 | Retribution | ヴァイパー登場 | ||
| 16 | Escape | 砲撃から逃げるシーンなど | ||
| 26 | Regret | ジミーの後悔/クリスの謝罪 | ||
| 27 | Deception | クリスへの疑惑 | ||
| 2F | Helicopter Duel | ハボック戦 | ||
| 1A | The Past | ソフィーの過去 | ||
| 17 | Maintenance Base | 地下基地 | ||
| 21 | Black Chamber | ブラックチェンバーの真実 | ||
| 2D | Descent | メタルギア格納庫 | ||
| 05 | Gander Stage 1 | メタルギア・ガンダー戦 | ||
| 06 | Gander Stage 2 | メタルギア・ガンダー(後半)戦 | ||
| 23 | Finality | ヴァイパーとの対峙1 | ||
| 28 | Preparation | ヴァイパーとの対峙2 | ||
| 19 | Ascent | 最終ヴァイパー戦 | ゲームボーイ187位 | |
| 1B | The Future | ソフィーのこれから | ||
| 20 | Metal Gear | 真の黒幕 | ||
| 29 | Optimism | スネークの決意 | ||
| 32 | Departure | スタッフロール | ||
| 24 | Intimidation | |||
| 25 | Reminiscence | |||
| 33 | Barrel Canyon | |||
| 1E | VR Training Start | VRトレーニング 原曲:『MG1』より「OPERATION INTRUDE N313」 |
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| 1F | VR Training (Sneaking Mode) | VRトレーニング 原曲:『MG1』より「THEME OF TARA」 |
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| 07 | VR Training (Weapon Mode) | VRトレーニング 原曲:『MG2』より「LEVEL1 WARNING」 |
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| 08 | VR Training (Advanced Mode) | VRトレーニング 原曲:『MG2』より「FREQUENCY 140.85」 |
*1 サウンドテスト番号