| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| A New Venture | 大谷智哉 | タイトル画面 歌：Tahirih Walker |
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| Training | |||
| Plant Kingdom (Act1&2 Mix) | ZONE1 プラントキングダム | ||
| Machine Labyrinth (Act1&2 Mix) | ZONE2 マシンラビリンス | ||
| Coral Cave (Act1&2 Mix) | 南波真理子 | ZONE3 コーラルケイヴ | |
| Haunted Ship (Act1&2 Mix) | ZONE4 ホーンテッドシップ | ||
| Blizzard Peaks (Act1&2 Mix) | 大谷智哉 | ZONE5 ブリザードピークス | |
| Sky Babylon (Act1&2 Mix) | ZONE6 スカイバビロン | NDS347位 | |
| Pirates Island (Act1&2 Mix) | 南波真理子 | ZONE7 パイレーツアイランド | |
| Jingle - Act Clear | 大谷智哉 | ||
| Windmill Village Mode 1 | 南波真理子 | 風車村1 | |
| Jingle - Dock Constructed | 岡元清郎 | ||
| Cutscene - Sailing | |||
| Waterbike | ウェーブサイクロン号 | ||
| Windmill Village Mode 2 | 南波真理子 | 風車村2 | |
| Sailboat | 大谷智哉 | オーシャントルネード号 | |
| Windmill Village Mode 3 | 南波真理子 | 風車村3 | |
| Sea Map | |||
| Hovercraft | アクアブラスト号 | ||
| Windmill Village Mode 4 | 風車村4 | ||
| Submarine | ディープタイフーン号 | ||
| Windmill Village Mode 5 | 岡元清郎 | 風車村5 | |
| Emerald | |||
| Hidden Island | 大谷智哉 | 隠れ島 | |
| Invincible Medley | 大谷智哉 南波真理子 |
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| Cutscene - Opening | 岡元清郎 | ||
| Cutscene - Normal | |||
| Cutscene - Tense | |||
| Cutscene - Nervous | |||
| Cutscene - Island Appears | |||
| Cutscene - Blaze Appears | |||
| Cutscene - Waiting for Boss | |||
| Boss | 大谷智哉 | ボス戦 | |
| Jingle - Boss Clear | |||
| Puzzle | 岡元清郎 | ||
| Cutscene - Pirates | |||
| Boss - Whisker & Johnny | 大谷智哉 | ||
| Cutscene - Attack | 岡元清郎 | ||
| Cutscene - Big Swell | |||
| Boss - Big Swell | 大谷智哉 | ゴーストタイタン戦 | |
| Jingle - Big Swell Clear | |||
| Cutscene - Big Swell Clear | 岡元清郎 | ||
| Cutscene - Eggman Appears | |||
| Cutscene - The Power | |||
| Cutscene - Transform | |||
| Boss - Deep Core | 大谷智哉 | ラスボス戦1 | |
| Boss - Deep Core - Allegro | ラスボス戦2 | ||
| Jingle - Deep Core Clear | |||
| Cutscene - Formation Reversion | 岡元清郎 | ||
| Cutscene - Deep Core Clear | |||
| End Credits | スタッフロール | ||
| Epilogue |
