| 曲名 | 補足 | 英題 | 順位 |
| タイトル | Title Theme | ||
| プロローグ | Prologue | ||
| ファイルセレクト | Day Select | ||
| ドレイク号 | S.S. Drake | ||
| アルフ落下地点 | Alph's Crash Site | ||
| 再会の花園(朝) | 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する | Garden of Hope (Morning) | |
| 再会の花園 | Garden of Hope | 第3回掘り出し156位 | |
| 再会の花園(夕) | Garden of Hope (Sunset) | ||
| ブリトニーのテーマ | Brittany's Theme | ||
| 果実レポート | リザルトBGM 『ピクミン』の「今日の記録」アレンジ |
Fruit Analysis | |
| 中ボス戦 | 『ピクミン2』の通常ボス戦アレンジ 敵の行動に合わせてBGMが変化する |
Midboss Battle | |
| 洞窟 | 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する | Cave | |
| 雨の日 | ステージの天気が雨の日に流れる 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する 迷いの雪原・哀しき獣の塔では流れない |
A Rainy Day | |
| 雨の日(夕) | A Rainy Day (Sunset) | ||
| ボス戦 | ヨロヒイモムカデ戦など 敵の行動に合わせてBGMが変化する |
Boss Battle | |
| ボス戦(ピンチ時) | Boss Battle (Danger) | ||
| ボス戦(チャンス時) | Boss Battle (Attack Chance) | ||
| 始まりの森 | 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する | Tropical Wilds | |
| 始まりの森(夕) | Tropical Wilds (Sunset) | ||
| 迷いの雪原(朝) | 『ピクミン2』の「ねむりの谷」アレンジフレーズ入り 晴天時と雨天(降雪)時で2曲存在する 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する |
Distant Tundra (Morning) | |
| 迷いの雪原 | Distant Tundra | ||
| 迷いの雪原(夕) | Distant Tundra (Sunset) | ||
| オオバケカガミの洞窟 | Phosbat Cave (Dark) | ||
| オオバケカガミ戦 | ギミック、プレイヤーや敵の行動に合わせてBGMが変化する | Vehemoth Phosbat | |
| チャーリーのテーマ | Captain Charlie's Jam | ||
| 交わりの渓流 | 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する | Twilight River | |
| 交わりの渓流(夕) | Twilight River (Sunset) | ||
| ルーイのテーマ | Louie's Theme | ||
| 哀しき獣の塔 | Formidable Oak | ||
| 哀しき獣の塔(雨) | Formidable Oak (Rainy Day) | ||
| 謎の生命体出現 | Mysterious Life Form Appears | ||
| 謎の生命体戦 | 哀しき獣の塔内部で流れる 運搬・作業・戦闘などでBGMが変化する |
Mysterious Life Form | |
| オリマー救出 | Rescue Olimar! | ||
| アメニュウドウ戦 | Plasm Wraith | 2013年81位 | |
| エピローグ(バッドエンド) | Epilogue (Bad) | ||
| エピローグ(グッドエンド) | Epilogue (Good) | ||
| エピローグ(パーフェクトエンド) | Epilogue (Perfect) | ||
| スタッフロール | Staff Credits | 2013年217位 第2回エンディング325位 第3回掘り出し198位 | |
| ミッションモード：メニュー | Mission Menu | ||
| ミッションモード | Mission Mode | ||
| 冬の贈りもの | DLC追加ミッション | Fortress of Festivity | |
| 時計仕掛けのブルース | Clockwork Chasm | ||
| ビンゴバトルモード：メニュー | Bingo Menu | ||
| ビンゴバトル | Bingo Battle | ||
| ビンゴバトル2 | Bingo Battle 2 | ||
| ビンゴバトル3 | Bingo Battle 3 | ||
| ビンゴバトル：リザルト | Bingo Results |
