| 曲名(仮名) | 補足 | 順位 |
| タイトル | タイトル画面BGM | 第2回オープニング123位 |
| デモ | タイトル画面で一定時間操作しないと流れるムービー | |
| 航海日誌を選ぶ | ファイルセレクトで流れる。『ピクミン1』からの流用 | |
| チュートリアル | 最初の洞窟 地下とチャレンジモードの初回で流れる | |
| ワールドマップ | マップ。 新しいマップに行ける時はイントロが追加される 作曲：若井淑 |
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| 成果 | 洞窟リザルト | |
| 今日の記録 | 日没リザルト。『ピクミン1』からの流用 | |
| スタッフロール | スタッフロールBGM | |
| flora and fauna | この曲のみサウンドトラックによる正式な曲名。 生物図鑑・お宝図鑑のBGM NINTENDO SOUND SELECTIONに収録されているものはパーカッションなどがゲーム版から変更されている 作曲：若井淑 |
2000年～2007年121位 |
| 2Pバトルメニュー | 2Pバトルモード メニュー画面 | |
| チャレンジモードメニュー | チャレンジモード ステージセレクト画面 | |
| チャレンジモードリザルト | チャレンジモード リザルト画面 | |
| ハイスコア | タイトルメニュー「ハイスコア」BGM 全てのお宝を回収してあるとファンファーレのイントロが追加される。 |
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| ハイスコア(1万ポコ回収後) | ストーリーで1万ポコを回収してムービーが流れた後に表示されるハイスコア画面 | |
| オプション | タイトルメニュー「オプション」BGM | |
| おまけ | タイトルメニュー「おまけ」ムービーセレクト画面 | |
| 運ぶ、戦う、増える、そして食べられる | スペシャルムービー「ルーイの秘密」で流れる。『ピクミン1』のデモムービーからの流用 |
| 曲名(仮名) | 補足 | 順位 |
| ねむりの谷 | ステージ「ねむりの谷」BGM | 冬・雪・氷83位 一面138位 |
| めざめの森 | ステージ「めざめの森」BGM | |
| まどいの水源 | ステージ「まどいの水源」BGM | |
| のぞみの大地 | ステージ「のぞみの大地」BGM | 第3回掘り出し40位 |
| 始まりの洞窟 地下1 | 始まりの洞窟 地下1階 天罰の穴 地下1階 |
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| 始まりの洞窟 地下2 | 始まりの洞窟 地下2階 地下の秘密基地 地下1階 辺境の洞窟 地下3階 さらいの洞窟 地下1階 |
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| 土壌1 | けだものの穴 地下1階 デメマダラの王国 地下4階 辺境の洞窟 地下7階 混沌の魔窟 地下3階 夢の穴 地下11階 こてしらべの洞窟 地下2階 かくしもちの洞窟 地下2階 コレクタールーム 地下5階 |
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| 休憩エリア | けだものの穴 地下2階 白い花園 地下3階 地下の秘密基地 地下4,8階 辺境の洞窟 地下5階 シャワールーム 地下4階 混沌の魔窟 地下5階 百戦錬磨の穴 地下5,8,12階 夢の穴 地下9階 (休憩エリア) |
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| 火のエリア | けだものの穴 地下3階 クモの根城 地下3階 夢の穴 地下10階 (火が多いエリア) コンクリート迷路 地下1階 コレクタールーム 地下1階 |
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| 土壌2 | けだものの穴 地下4階 地下の温室2階 かくしもちの洞窟 地下4階 鼻息の洞窟 地下1階 デメマダラの巣窟 地下2,4階 |
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| メタル1 | 白い花園 地下1階 地下の秘密基地 地下3,5階 ヘビガラスの穴 地下4階 夢の穴 地下4階 鉄人の穴 地下1階 |
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| メタル2 | 白い花園 地下2階 地下の秘密基地 地下2,7階 混沌の魔窟 地下2階 夢の穴 地下3,5階 鉄人の穴 地下2階 鼻息の洞窟 地下2階 秘密兵器実験場 地下2階でフレーズ、主旋律の音色違いverが流れる。 |
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| 土壌3 | 白い花園 地下4階 辺境の洞窟 地下6階 デメマダラの王国 地下2階 花園を荒らすもの 地下1階 デメマダラの巣窟 地下3階 デメマダラの王国 地下3階で若干のフレーズ違いverが流れる。 |
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| コンクリート1 | クモの根城 地下1階 夢の穴 地下7階 こてしらべの洞窟 地下1階 コンクリート迷路 地下3階 コレクタールーム 地下4階 土とんの洞窟 地下1階 Switch版では主旋律が流れないバグあり。 |
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| コンクリート2 | クモの根城 地下4階 混沌の魔窟 地下6階 百戦錬磨の穴 地下2階 夢の穴 地下6階 赤の洞窟 地下1階 かくしもちの洞窟 地下3階 炎と水の試練場 地下1階 土とんの洞窟 地下2階 スナイパールーム 地下1階 |
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| コンクリート3 | クモの根城 地下3階 辺境の洞窟 地下4階 混沌の魔窟 地下7階 百戦錬磨の穴 地下3階 夢の穴 地下8階 新参者の試練場 地下1,2階 グリーンホール 地下41階 かくしもちの洞窟 地下5階 コンクリート迷路 地下2階 コレクタールーム 地下7階 ショイグモの巣 地下1階 倍々ゲームの穴 地下2階 |
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| デメマダラの王国 | デメマダラの王国 地下1,5,6階 デメマダラの巣窟 地下1,5階 |
ダンジョン250位 |
| ヘビガラスの穴 | ヘビガラスの穴 地下1,3,6階 たそがれの庭 地下1階 ひみつの花園 地下1階 |
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| 草地エリア | ヘビガラスの穴 地下2階 百戦錬磨の穴 地下1階 夢の穴 地下1階 あのひとの庭 地下1階 三色試練場 地下1階 倍々ゲームの穴 地下1階 (平原フロア) |
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| メタル3 | 地下の秘密基地 地下6階など 混沌の魔窟 地下1階 コレクタールーム 地下3階 秘密兵器実験場 地下1階 ヘビガラスの穴 地下5階で若干のフレーズ違いverが流れる。 |
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| 辺境の洞窟 | 辺境の洞窟 地下1,2階 地下の温室 地下1階 ワルツのリズム。 |
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| タイル | シャワールーム1,5 地下階 混沌の魔窟 地下8階 百戦錬磨の穴 地下9階 夢の穴 地下13階 グリーンホール 地下2階 コレクタールーム 地下2,6階 大足の穴 地下1階 炎と水の試練場 地下2階 巨人のトイレ2 地下階 地底警備室 地下1階 倍々ゲームの穴 地下3階 どっすん迷路 地下1階 (タイルフロア) 3/4拍子。 |
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| 浮遊クラゲのテーマ | シャワールーム 地下2,3,6階 混沌の魔窟 地下9階 夢の穴 地下12階 巨人のトイレ 地下1階 (ホトクラゲ科生物をイメージに作られた曲) 7/4拍子。 |
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| 積木 | 食神の台所 地下1,3,5階 夢の穴 地下2階 神々のおもちゃ箱 地下1階 (積み木のおもちゃフロア) |
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| 鉄道の部屋 | 食神の台所 地下2階 神々のおもちゃ箱 地下2階 (鉄道のおもちゃフロア) 食神の台所 地下4階で若干のフレーズ違いverが流れる。 |
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| 水中の城 | 水中の城 地下1~4階 | 第16回895位 トラウマ11位 |
| 水浸しの切り株 | 百戦錬磨の穴 地下6階 (水と切り株フロア) Switch版では主旋律が流れないバグあり。 |
第5回986位 |
| 巨大生物 | ボス戦 敵の攻撃(4パターン)、攻撃準備、長めの攻撃、防御、踏破時にそれぞれ変化あり。 5/8拍子 |
ボス戦303位 第3回掘り出し129位 |
| VSアメボウズ | 地下1～4階でのアメボウズ戦。 5/4拍子。 |
トラウマ21位 |
| VSアメボウズ2 | 地下5階でのアメボウズ戦 ボス戦BGMと同じだが第二形態時のアレンジが加わる 第ニ形態時のフリ払い時に変化あり。 |
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| VSオオパンモドキ | 食神の台所 地下6階 食神のかまど 地下1階 洞窟BGMと同じ形式。 |
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| VSヘラクレスオオヨロヒグモ | ヘラクレスオオヨロヒグモ戦 所持しているお宝の数でBGMが変わる。 敵の攻撃準備、攻撃(4属性分)、防御、踏破時にそれぞれ変化あり。 |
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| チャレンジモード鍵回収後 | 洞窟BGMと同じ形式。 ルーイがリーダーでもスウィングが発生しない。 |
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| 2Pバトルステージ | さくらんぼ運搬中、戦闘中(対ピクミンorリーダー)、黄色ビー玉3つ回収時にBGMが変化する。 |
| 曲名(仮名) | 補足 | 順位 |
| 新エリア着陸 | 各ステージにはじめて着陸する時 | |
| ピクミンとの再開 | 最初の赤ピクミンを見つけた時 | |
| オニオン発見 | 新しいオニオンを発見した時 | |
| ピクミンとの出会い | 新しいピクミンと出会った時 | |
| ドルフィン初号機 | ドルフィン初号機の説明時 | |
| ルーイの目覚め | ルーイ視点に初めて変更した時 | |
| ミッション成功 | ルーイと再開したときや、ピクミンが最初の扉を破壊した時 | |
| 特別なアイテム発見 | 探検キットやスプレーを発見した時 | |
| リーダーダウン | プレイヤーのHPがゼロになった時 | |
| ピクミンゼンメツ | オニヨン内含め全てのピクミンが死んだ時 | |
| スプレー作成 | 初めて実を10個回収してスプレーになった時 | |
| 初めてのゲキカラスプレー使用 | はじめてゲキカラスプレーを使用した時 | |
| 初めての蜜 | ピクミンが初めて蜜を吸う時 | |
| 初めての苦しみ | ピクミンが初めて火や水、毒で苦しむ時 | |
| 洞窟発見 | 各ステージで洞窟の入口を発見した時 | |
| 地下突入 | 洞窟に入る時 | |
| 地下到着 | 地下1階の開始時 | |
| 初めての地下 | 初めて地下内部に侵入した時 | |
| 地下深くへ | 次の階への穴に入った時 | |
| お宝回収 | お宝を回収した時 | |
| お宝回収2 | 時別なお宝（地球マップやお宝センサー）を回収した時 | |
| 探検キット回収 | 特別なお宝（探検キットが追加されるお宝）を回収した時 | |
| カギ回収 | まどいの水源の洞窟「クモの根城」で「あのカギ」を回収した時 | |
| アメボウズ発見 | 何かが落ちてくる音→ボス戦のイントロ→短いループ | |
| 洞窟初脱出 | 初めて洞窟から帰還したときのみ | |
| 洞窟脱出 | 道中の間欠泉から帰還する時 | |
| 洞窟踏破 | 最後の階の間欠泉から帰還する時 | |
| 一部借金返済 | 借金を10%返済するごとに地上で流れる | |
| 借金返済 | 借金を100%返済した時、お宝を全て回収した時に地上で流れる | |
| 一日の終わり | その日の探索でお宝を1～14個回収した場合流れる | |
| 一日の終わり(良) | その日の探索でお宝を15個以上回収した場合流れる | |
| 一日の終わり(悪) | その日の探索でお宝を回収しなかった場合流れる | |
| 一日の終わり(壊滅) | ピクミン全滅かリーダー両方ダウンで一日が強制終了した時 | |
| チャレンジモードスタート | チャレンジモード 各ステージ開始時 | |
| チャレンジモードタイムアップ | チャレンジモード 脱出前に時間切れ |
| 曲名 | 作・編曲 | 補足 | 順位 |
| 種のうた | 作曲：中山晋平 編曲：パパダイスケ |
作詞：友妻タケシ 歌：ストロベリー・フラワー |
第2回ゲームソング284位 第3回ゲームソング163位 |
