初音駅。（ハツネ） 初音市の中心の駅であるとともに初音電気鉄道の中心駅でもある。 初音電気鉄道開業当時から存在するが、2面3線で地上駅という姿が最初のものであった。現在は高架化されており、1階が切符売り場などの営業階、2階、3階がホームという3層構造である。 駅周辺の再開発により高層ビル群が立ち並んだお陰で、初音駅の姿はビルの陰に隠れてしまうという少し残念な経緯を持つ。 また、初音駅の北口には初音電気鉄道株式会社の本社ビルもある。
| 乗り場 | 路線 | 上下 | 行き先 | 備考 |
| 1番線 |
りんかい線 （初音空港線） |
空下 | 南初音・初音空港方面 | 初音空港線直通『りんかい快速』のみ運行 |
| 2番線 | りんかい線 | り下 | 黒岩・虹色島方面 | |
| 3番線 | 初音環状線 | 外 | 葱子・はつね緑野方面 | |
| 4番線 | 初音環状線 | 内 | 黒岩・東雲方面 | |
| 5番線 | 初音本線 | 南 | 隣町・初音空港方面 | |
| 6番線 | 初音本線 | 北 | 鏡音・隣町方面 | |
| 7番線 | 初音本線 | 南 | 隣町・初音空港方面 | |
| 8番線 | 初音本線（巡音線） | 南北 | 南北各方面 | 始発、終着用ホーム |
| 9番線 | 初音本線 | 北 | 鏡音・最果方面 |
| 隣駅 | 初音駅 | 隣駅 |
