初音電気鉄道の創業時、初めての路線がこの初音本線である。最初の姿は南の三日月市から初音駅を結ぶものであった。現在では初音市を南北に通り抜ける路線となっており、初音市を中心に南北の町を結んでいる。 初音本線を走る列車は普通、快速、特急を始め初音空港線やりんかい線等との直通運転も行っており、その運用は若干複雑なものである。 また起点が初音駅なため、初音本線上を走る列車は上り、下りではなく北行、南行で表記される。
| 駅名 | 普通 | 快速 | エアポート快速 | 特急 | 空港特急 | 接続路線 | 備考 |
| 隣町 | |||||||
| 北鏡音 | ● | ● | ● | レ | レ | ||
| 鏡音 | ● | ● | ● | ● | ● | 最果線 | |
| 白ノ島 | ● | レ | レ | レ | レ | ||
| 栗戸 | ● | レ | レ | レ | レ |
初音環状線 巡音線 |
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| 新初音 | ● | ● | ● | ● | ● | ||
| 初音 | ● | ● | ● | ● | ● |
初音環状線 りんかい線 |
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| 南初音 | ● | ● | ● | レ | レ | 初音空港線 | |
| 幌 | ● | レ | ‖ | レ | ‖ | ||
| 青葉 | ● | ● | ‖ | レ | ‖ | ||
| 品河 | ● | ● | ‖ | ● | ‖ | 三日月本線 | |
| 南品河 | ● | ● | ‖ | ● | ‖ | ||
| 竜宮 | ● | ‖ | レ | ‖ | |||
| 紅銀 | ● | ‖ | レ | ‖ | |||
| 隣町 |
