コロニー破壊
エニグマやシャトルで破壊できる。
パーツを集めても、確率が上がるのみ。確定で成功させる方法は無い。
オープニングステージ終了後にはっしゃしても、（成功確率は非常に低いが…）成功する場合もある。
ゼロが13回ウィルスに感染すると、確定で失敗する。
コロニー破壊に失敗するとゼロがプレイヤーキャラから外れる。
パーツを集めても、確率が上がるのみ。確定で成功させる方法は無い。
オープニングステージ終了後にはっしゃしても、（成功確率は非常に低いが…）成功する場合もある。
ゼロが13回ウィルスに感染すると、確定で失敗する。
コロニー破壊に失敗するとゼロがプレイヤーキャラから外れる。
どうしてもエニグマを当てたい人向け手順
1、エニグマのパーツを３つ集めてセーブしてからリセット。
2、ロードしてクリアしたステージに入りエスケープ、セーブはしない。
3、エニグマ発射して破壊できなければリセットして2に戻る。
１分ほどで1回発射できる、だけど当たる確率そのものが低いので試行回数がいる、60発は撃つつもりで頑張ろう。
1、エニグマのパーツを３つ集めてセーブしてからリセット。
2、ロードしてクリアしたステージに入りエスケープ、セーブはしない。
3、エニグマ発射して破壊できなければリセットして2に戻る。
１分ほどで1回発射できる、だけど当たる確率そのものが低いので試行回数がいる、60発は撃つつもりで頑張ろう。
エンディング
- ゼロがプレイヤーキャラから外れていない状態で、エックスでクリア。
- ゼロがプレイヤーキャラから外れている状態で、エックスでクリア。
- ゼロでクリア。
ボスとその弱点
| ボス | エックス | ゼロ |
| クレッセント・グリズリー | スパイクロープ | 双幻夢 |
| タイダル・マッコイーン | クレッセントショット | 三日月斬 |
| ボルト・クラーケン | ジェルシェイバー | 飛水翔 |
| シャイニング・ホタルニクス | トライサンダー | 電刃 |
| ダーク・ネクロバット | ウイルレーザー | 滅閃光 |
| スパイラル・ペガシオン | ダークホールド | ダークホールド |
| バーン・ディノレックス | ウィングスパイラル | 疾風 |
| スパイク・ローズレッド | グランドファイア | 断地炎 |
| ダイナモ | ウィングスパイラル | 疾風 |
| シャドーデビル | トライサンダー | 電刃 |
| ランダバンダ（レッドアイ） | トライサンダー | 電刃 |
| ランダバンダ（ブルーアイ | グランドファイア | 断地炎 |
| ランダバンダ（グリーンアイ | クレッセントショット | 三日月斬 |
| ソルボーカ | ジェルシェイバー | 飛水翔 |
| ゼロ | 特に無し | - |
| エックス | - | 特に無し |
| シグマ第一形態 | トライサンダー | 電刃 |
| シグマ第二形態 | スパイクローブ | 双幻夢 |
ライフアップ（８つ）
| 入手ステージ | 必須要素 | 解説 | X | Z |
| グリズリーステージ | ファルコンアーマー or ガイアアーマー |
暴走トラック面の中間にある屋根のある場所で継ぎ目から上に行き、右に行くとある。 針の床の先へ進むため、ファルコンのフリームーブかガイアの針無効を使う。 (アニコレ版ならかけだしハンターモードをONにすればノーマルXとゼロでも取得可能) |
○ | × |
| クラーケンステージ | ガイアアーマー | トラップを開ける仕掛けのあるステージの最後の左上のトラップの先。 "V"と書かれた黒いブロックを足場にしてトラップを開けた奥。 |
○ | × |
| ホタルニクスステージ | ファルコンアーマー or ガイアアーマー 飛水翔 |
始まって直ぐの橋を倒し、その下に降りて針の床を右に行くとある。 ゼロの場合はハイパーダッシュ＋飛水翔で取れる。 (アニコレ版ならかけだしハンターモードをONにすれば無強化でも取得可能) |
○ | ○ |
| マッコイーンステージ | ファルコンアーマー or ガイアアーマー 電刃 |
水の引いた船の右端から天井裏に行ける。 ゼロの場合は別の場所に電刃で壊せるブロックがあるのでそこから天井裏へ入る。 アニコレ版でかけだしハンターモードをONにしても、見えない頭上の壁みたいなものに阻まれ棘トラップの上を登ることはできない |
○ | ○ |
| ペガシオンステージ | なし | 上に登るリフトの２つ目の停止地点にある。 右に行き時限爆弾を壊す。 |
○ | ○ |
| ローズレッドステージ | ガイアアーマー | ”Ｖ”と書かれたブロックをガイアアーマーのチャージショットで壊して進み、 そこでダッシュでブロックを動かし足場を作って取る。 |
○ | × |
| ネクロバットステージ | 重力が変化するステージにある。 | ○ | ○ | |
| ディノレックスステージ | マグマが流れているステージの一番左端に行き、下に降りるとある。 | ○ | ○ |
サブタンク（2つ）
| 入手ステージ | 必須要素 | 解説 | X | Z |
| グリズリー | なし | 時間制限で進むところの途中においてある。 | ○ | ○ |
| ネクロバット | なし | 足場に乗って移動するステージの最後にある。 | ○ | ○ |
EXアイテム（1つ）
| 入手ステージ | 必須要素 | 解説 | X | Z |
| ホタルニクスステージ | グランドファイア | つり天井のある場所で木でふさがれた場所の上にある。 グランドファイアで燃す。 |
○ | × |
武器エネルギータンク（1つ）
| 入手ステージ | 必須要素 | 解説 | X | Z |
| ペガシオンステージ | なし | リフトに乗って下に行く所でリフトより先に下におりるとある。 | ○ | ○ |
アーマー
プログラム制。4つのプログラムを集めなければ完成しない。
| 名前 | 解説 | アイテム枠 |
| ノーマル | 何も装備していない状態。エックスの基本形態。特殊武器のチャージはできないがチャージショットの攻撃範囲が広い。 | 4 |
| フォースアーマー | 前作から登場したアーマー。全体的に弱体化しているがダメージ軽減・特殊武器チャージ等の最低限の機能は維持している。 フルチャージショットはプラズマチャージショット。プラズマチャージショットは敵に当たると一定時間プラズマが残る。一部の敵弾をかき消すことが出来るため、盾の様に使うことも出来る。 |
2 |
| ファルコンアーマー | 機動力に長けたアーマー。一定時間飛行できるが特殊武器をチャージできない。 本作から壁貫通がほとんどできなくなった攻撃手段の中で壁貫通可能のチャージショットを打てる。ただしノーマルや他のアーマーと比べて上下の攻撃範囲が狭い |
2 |
| ガイアアーマー | 重厚な試作型アーマー。特殊武器の使用ができず、ダッシュ速度が非常に遅くその範囲も短いが特殊なブロックを押せる。 トゲが無効化され、壁にひっつく様になる。 セミチャージの段階でフルチャージショット(射程は短いが攻撃力が高い)が打てる |
0 |
| アルティメットアーマー | フォースアーマーを元に製作されたアーマー。 実質フォースアーマーの上位互換であり、チャージショットのプラズマが無数に残る上、ギガアタック(ノヴァストライク)を無限に打てる |
2 |
ファルコンアーマー
| パーツ | 必須要素 | ステージ | 備考 | X | Z |
| フットパーツ | なし | グリズリーst | 暴走トラックから飛び降りてすぐ上の岩を壁蹴りで登る。 | ○ | ○ |
| アームパーツ | クレッセントショット or 三日月斬 |
ホタルニクスst | プラズマ砲台の画面最上部の砲台の裏。 砲台をクレッセントショットか三日月斬で壊すとある。 |
○ | ○ |
| ヘッドパーツ | なし | クラーケンst | ライドチェイサーでエネルギーを全部（８個）取る。 | ○ | ○ |
| ボディーパーツ | ジェルシェイバー | マッコイーンst | 水の引いた船の中にある。 ジェルシェイバーで扉を破壊。 |
○ | × |
ガイアアーマー
| パーツ | 必須要素 | 入手ステージ | 解説 | X | Z |
| フットパーツ | ファルコンアーマーorハイジャンプ | ローズレッドst | ロープ掴みの連続で横に進む途中の岩の間をフリームーブ上にいくとある。 ゼロならハイジャンプを装備してロープから２段ジャンプし、左の壁に掴まってから少しずり落ちて右にジャンプ→２段ジャンプでさらに上の左側の壁を掴みそのまま上に進む |
○ | ○ |
| アームパーツ | なし | ディノレックスst | ライドアーマーでマグマの中を進み 一番奥に進むとある。 | ○ | ○ |
| ヘッドパーツ | ウィルレーザー | ネクロバットst | ボスのシャッターの手前の穴を下に降りる。 ウィルレーザーを入り組んだ壁に沿って操作し扉に内側から爆弾に当てる。 |
○ | × |
| ボディーパーツ | ファルコンアーマー ゼロ |
ペガシオンst | 斜めリフトに乗るステージの最初の真上にある。 エックスならファルコンアーマーのフリームーブ。 ゼロならばシグマウィルス感染による無敵を利用し、 針障害物の上からダッシュジャンプ。 |
○ | ○ |
アルティメットアーマー（エックスのみ）
ゲーム中
零空間ステージ３「覚醒」の動く足場を飛び移り進むステージの途中に大きな穴があり、そこの右側の壁を下におりた部屋。かならずアーマー無しで行くこと。
ゲーム開始時
キャラクター選択画面でカーソルをエックスに合わせ『↑×２ ↓×９』を押す。ただし、フォースアーマーが使用できなくなる。(実質デメリットはないが)
黒ゼロ
ショックアブソーバー・ショットイレイザー・ウイルスバスターの能力が最初から備わっている。
新たにショックアブソーバー・ショットイレイザー・ウイルスバスターを装備しても効果は重複しない。
新たにショックアブソーバー・ショットイレイザー・ウイルスバスターを装備しても効果は重複しない。
ゲーム中
零空間ステージ３「覚醒」の動く足場を飛び移り進むステージの途中に大きな穴があり、そこの右側の壁を下におりた部屋。
ゲーム開始時
キャラクター選択画面でカーソルをゼロに合わせ『↓×２ ↑×９』を押す。
効率の良いステージ攻略の流れ
グリズリー→マッコイーン→クラーケン→ホタルニクス→ネクロバット→ペガシオン→ディノレックス→ローズレッド
※ゼロにショックアブソーバーが欲しい場合
マッコイーン→ホタルニクス→グリズリー→クラーケン→後適当
マッコイーン→ホタルニクス→グリズリー→クラーケン→後適当
ゼロの初期ランクを下げないようにエックスでマッコイーン、ホタルニクスを撃破。
ハンターランクSA以上のキャラ(ゼロが簡単)で3番手以降にグリズリーと戦うとLV8で戦えるためショックアブソーバーが手に入る。
ホタルニクスとクラーケンは欲しい装備によっては逆でもいい。
ハンターランクSA以上のキャラ(ゼロが簡単)で3番手以降にグリズリーと戦うとLV8で戦えるためショックアブソーバーが手に入る。
ホタルニクスとクラーケンは欲しい装備によっては逆でもいい。
パーツ開発
ボスのレベルが高い時のみ開発可能。
難易度かんたんだとボスのレベルが上がらないのでどうあがいても取得できなくなる。
ライフorエナジーはLv5以降からパーツはLv9以降から
初期で取りたい場合は8時間にして(ボルトクラーケンステージで死んでステージセレクトを繰り返すのが楽)からボスを倒すと8種取れる
ライフかエナジーを選択して、2時間（ゲーム内時間）後に完成。
難易度かんたんだとボスのレベルが上がらないのでどうあがいても取得できなくなる。
ライフorエナジーはLv5以降からパーツはLv9以降から
初期で取りたい場合は8時間にして(ボルトクラーケンステージで死んでステージセレクトを繰り返すのが楽)からボスを倒すと8種取れる
ライフかエナジーを選択して、2時間（ゲーム内時間）後に完成。
【X専】…エックス専用パーツ、【Z専】…ゼロ専用パーツ
| ボス | ライフ | エナジー |
| クレッセント・グリズリー | ショックアブソーバー （ダメージ半減） |
ハイパーダッシュ （ダッシュの距離・速度向上） |
| タイダル・マッコイーン | スーパーリカバー （回復アイテムの効果倍増） |
エナジーセイバー （特殊武器のエネルギー消費半減） |
| ボルト・クラーケン | 【X専】ハイパーチャージ （チャージ時間短縮） |
【Z専】ゼットセイバーエクステンド （セイバーの攻撃範囲拡張） |
| シャイニング・ホタルニクス | 【X専】ラピッド５ （バスター最大弾数増(3→5)） |
【Z専】ショットイレイザー （敵弾の破壊効果付与） |
| ダーク・ネクロバット | ウィルスバリアー （ウイルスのダメージ半減） |
ウィルスバスター （ウイルスへの攻撃効果付与） |
| スパイラル・ペガシオン | ハイジャンプ （ジャンプ力1.25倍） |
スピードムーブ （移動速度1.5倍） |
| バーン・ディノレックス | スピードショット （バスターの弾速倍増） |
バスタープラス （バスターの威力増） |
| スパイク・ローズレッド | 【X専】アルティメットバスター （特殊武器含め常時チャージショット） |
【Z専】ゼットセイバープラス （セイバーの威力増） |
