ボスとその弱点
| ボス | 弱点武器（エックス） | 弱点武器（ゼロ） |
| シャイニング・タイガード | トルネードファング | ドリルクラッシュ |
| ランチャー・オクトパルド | トライアードサンダー,レイクロー | トライアードサンダー,ライトニング |
| エレキテル・ナマズロス | レイクロー | ライジング |
| バーニン・ナウマンダー | マリントルネード | フイッシュファング |
| ワイヤー・ヘチマール | ファイアーウェーブ | ファイアーウェーブ,ドリルクラッシュ |
| エクスプローズ・ホーネック | ソニックスライサー | ダッシュ,ライジング |
| ソニック・オストリーグ | ストライクチェーン | トライアードサンダー,ライトニング |
| スクリュー・マサイダー | ボムビー | アースゲイザー |
| ベルガーダー | レイクロー,トルネードファング | ライジング,ドリルクラッシュ |
| イーサ＆ソウェル | トルネードファング | フイッシュファング,ライトニング ドリルクラッシュ |
| ベルカナ | ソニックスライサー | |
| ガレス | エアダッシュ斬り | |
| シグマ（第一形態） | マリントルネード,ソニックスライサー | フイッシュファング,ダッシュ |
| シグマ（第二形態） | マリントルネード,ソニックスライサー トルネードファング |
ライジング,エアダッシュ斬り |
| マグネ・ヒャクレッガー | ボムビー | アースゲイザー |
| アーマー・アルマージ | トライアードサンダー | トライアードサンダー,ライトニング |
| ストーム・イーグリード | ソニックスライサー | ダッシュ,ライジング |
| アイシー・ペンギーゴ | ファイアーウェーブ | ファイアーウェーブ,ドリルクラッシュ |
| スパーク・マンドリラー | ストライクチェーン | トライアードサンダー,ライトニング |
| フレイム・スタッガー | マリントルネード | フイッシュファング |
| メタモル・モスミノース | レイクロー | ライジング |
| ホイール・アリゲイツ | トルネードファング | ドリルクラッシュ |
ライフアップ
今作では、ライフアップを取った後、セーブ地点にたどりつく前にミスしてしまうと、ライフアップが反映されず、消えてしまう。
ナマズロスステージとオストリーグステージでは特に注意。クリアした後に訪れて、取ったらすぐステージを脱出するのが確実。
ナマズロスステージとオストリーグステージでは特に注意。クリアした後に訪れて、取ったらすぐステージを脱出するのが確実。
| ステージ | 必須要素 | 解説 |
| タイガード | ライドアーマーに乗って右へ進み、最後の木の上の方のブロックを破壊する。 | |
| オクトパルド | フットパーツ or ゼロ | ３匹目のガルプファー（フグ）の後の水流に乗り、左の壁から右にエアダッシュ。 |
| ナマズロス | 後半。すぐ取りに行って戻ってこなければ死んでしまい、ライフアップが反映されない。 | |
| ナウマンダー | ３つ目の溶鉱炉の池の上。ＳＦＣ版と同じ。 | |
| ヘチマール | スタート左の壁。ＳＦＣ版と同じ。 | |
| ホーネック | 第１セーブ地点の後、右に降りると画面が下にスクロールするので、はしごを下りて右へ。 | |
| オストリーグ | ２度目のライドチェイサーに乗るところ。坂道の後、穴でジャンプしなければよい。 | |
| マサイダー | ライドアーマーに乗って右へ進み、段差を２段ほど降りてからホバリング→乗り捨て(上+Ａ） |
アーマー
エックスのみアイリスに製作してもらうこともできるが、ナイトメアソウルを2000集めなければならない。
| パーツ | ステージ | 必須要素 | 解説 |
| エックスフット | ナマズロス | 第１セーブポイントの後、右へ進まず上に昇る。 | |
| エックスヘッド | タイガード | エックスでナウマンダーを倒す | 左の壁をエックスのファイアーウェーブで壊す。（ゼロは不可） |
| エックスアーム | ナウマンダー | フットパーツandヘッドパーツ （ゼロでもよい） |
３つ目の溶解炉の池の前にあるブロックの所で上にエアダッシュし、頭突きでブロックを壊して上がっていった所。 |
| エックスボディ | オクトパルド | 渦で上がる→大型メカニロイドのクルージラー（船）を倒す。 →下へ開拓 →中ボスのウツボロス（ウツボ型）を倒して奥へ。 | |
| ゼロフット | ヘチマール | リフトがある所の右下。 | |
| ゼロヘッド | オストリーグ | 第2セーブポイントの前、左へエアダッシュして梯子をつかむ。 | |
| ゼロアーム | マサイダー | ゼロでヘチマールを倒す | ライドアーマーで下に降りて左、ライトニングでブロックを壊す。 |
| ゼロボディ | ホーネック | ゼロでマサイダーを倒す | 第2セーブポイントの後、ドリルクラッシュでコンテナを破壊。 |
サブタンク
| ステージ | 必須要素 | 解説 |
| ヘチマールステージ | 最初に雨が降る屋内エリアの一番上、エレベーターの手前。置いてある。SFC版と同じ。 | |
| ナウマンダーステージ | フットパーツ | ３つ目の溶解炉の大広間の所の左上。 |
