上層
- 逆さ森-大断層-浄水層の存在する層。
アルカンド（Alqand）
- 上層の大半を支配下に置くコロニー連邦。宗教国家でもある。
- ラズリス造兵廠（Lasで始まるパーツの製造元）やサイサス造兵廠（Sysで始まるパーツの製造元）といった工廠がいくつか存在するらしい。Alv、Tls、Shlについては名前不明。
バウカーン（Bau-Khan）
- 上層の小コロニー。高い技術力と技術開発にかける情熱で知られる。
- 一方で、主客の転倒が「ありがち」と称されたり、「生産元がバウカーンである以上」と前置きされるなど、その素行にはあまり信用がないらしい。
いわゆる変態企業枠。
中層
- 大森林-樹窟-大橋の存在する層。
ガーディナ（Gardina）
- 中層最大のコロニー。
- その女王はギプロベルデの生まれらしい。
へロス（Herros）
- 中層の小コロニー。高い技術力と交易を主な産業としている。
- 主な顧客はガーディナのようだが、アルカンドとも交易があるらしい。
ギプロベルデ（Gypro-Verde）
- かつて中層に君臨したコロニー。内から生まれたガーディナの反乱により滅亡した。
下層
- 降積地帯-禁域-聖智廟の存在する層。
- かつてはニンフのコロニーが存在したが、今は異形の巣窟。
ナガラ（Nagara）
- かつて下層に存在したコロニー。近接白兵戦闘を戦闘教義の中核に位置付けていた。
- 銃火器とは近接白兵突撃を支援するためにある。
ファブラー（Favlar）
- かつて下層に存在したコロニー。堅実な兵器開発で知られる。
- 汚染された下層での生存を目指したらしい。なぜなら女王はそこを動けないから。
ポロッカ（Porokka）
- かつて下層に存在したコロニー。速度の追求に全てを懸けていた。
- 主な敵は空気抵抗と熱。末期には異形も追加された。
- 大量発生した異形との戦いの末、本拠地ごと自爆し光とともに消えたらしい。
- 異説では、超大型熱塵推進器により女王ごと中層へ脱出を図った結果だとか。
- さらに異説では、自爆ではなく実際に中層はおろか上層、そして上層を閉ざす偽りの空さえも突破して、ホドそのものから脱出したとか。
- 異説では、超大型熱塵推進器により女王ごと中層へ脱出を図った結果だとか。
???
アーヴド（Arvud）
- 原初のコロニー。かつてホド全域を制覇したとされる。
- 下層エリアの最終ボス撃破後、その所在を聞くことができる。
