| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| SMILE AGAIN | ゴエモン制作委員会 | テーマソング 歌：影山ヒロノブ |
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| 白いブラウス | 旅日記＆キャラセレクト | ||
| 寿 | エリアタイトル | ||
| 地図夫 | エリアマップ（ステージセレクト） 原曲：ふじやま道中は旅のはじまり(ネオ桃山幕府のおどり) |
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| ウマ夫 | はぐれ街道 | ||
| 夜露に濡れて... | 大江戸エリア道中夜 | ||
| 楽勝 Get a Way | 手形ゲット | ||
| 犬も歩けばはぐれ町 | はぐれ町 | ||
| こころの電池PART II | サスケ登場 | ||
| ちぇっきらう | ビートマニアの依頼 | ||
| ポンポンのおいしい水 | ほれほれ金山 | ||
| 骨身に染みるナァ | がしゃどくろ（中ボス）戦 | ||
| 次いってみよう | 依頼挑戦中 | ||
| 人類への警鐘 | かねつき峠 | ||
| タヌ夫 | ゴールタヌキ（ステージ再クリア） 原曲：『たぬきでがっぽり』（SFC版2） |
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| ビザが必要です | 関所 | ||
| ぷーぷぷっぷっぷ | インパクト暴走（エリア1中間デモ） | ||
| Burning My Soul | 大江戸城 夢幻城その１ | 第5回782位 第6回586位 第7回353位 和風39位 横スクロール94位 N64 18位 | |
| 孤高の戦士 | 城ステージボス戦 | ||
| お前のものも俺のもの | おみっちゃん救出（エリア1中間デモ２） | ||
| 物知りジジイの野望 | 物知りじいさん（エリア1中間デモ２） | ||
| ダブル・インパクト | ゴエモン制作委員会 | インパクト搭乗ムービー 歌：水木一郎＆丹下桜 |
第2回ゲームソング448位 |
| デカイ！デカすぎる！ | インパクトvs巨大ボス戦 | ||
| トゥービーコンティニュードザマス | シスタービスマル敗走 | ||
| やったぜ！ジュテーム | エリアクリア | ||
| さすらい道中カッパ旅 | カッパ街道 | ||
| 再見！ | カエル山 | 和風289位 横スクロール127位 第2回掘り出し90位 N64 106位 | |
| カエルそしてカエル | 竜宮エリア道中夜 | ||
| リゾート気分でいらっしゃい | 乙姫町 | ||
| くノ一たはむれ | ヤエ登場 | ||
| これもプラズマで説明できます | 占い屋 | ||
| ライバルよ永遠に！ | オビス丸と競争 | ||
| 愛ゆえに... | ナルト街道 | ||
| 人は水から生まれました | ナルト街道水中 | ||
| 亀上的竜宮生活 | 竜宮城 夢幻城その２ | 第3回593位 第4回492位 第6回541位 第7回712位 第9回766位 第11回682位 第13回692位 和風40位 横スクロール33位 夏67位 1990年代63位 N64 16位 | |
| 電動地獄 | こけし道中 | N64 137位 | |
| ナイトクラブへようこそ | 魔封島エリア道中夜 | ||
| こりゃやべーよ！ | 人食い街道 | ||
| 洞窟探検隊は見た | ぽちゃん湖 | ||
| 怪しの人情模様 | 怪奇村 | ||
| 大車輪を駆け抜けて | お墓峠 | ||
| サンシロウ | 魔人城 夢幻城その３ | 第6回661位 第7回589位 第9回834位 第14回781位 第15回977位 第16回841位 第17回772位 KONAMI188位 和風78位 横スクロール64位 1990年代255位 N64 26位 | |
| 酒よ | 魔封島エリアクリア～ドウチュウ鬼復活 | ||
| オニ127％ | ゲームオーバー | ||
| 生えてきちょる | かいわれ道中 | ||
| あたしのとなりはトロロくん | もけけの森 | KONAMI188位 和風300位 癒し205位 | |
| 幻想七転八起 | 地底界エリア道中夜 | ||
| 当社比2.2倍の難度～ガンコオヤジ～ | 迷い谷 | ||
| 3500両の恐怖 | キリカブ村 | ||
| 地図に載ってないで | でろでろ村 | ||
| 地底の落園 | 地底城 夢幻城その４ | 第15回636位 第16回492位 KONAMI92位 掘り出し22位 1990年代223位 N64 115位 | |
| 次期主役候補 | 地底界エリアクリア | ||
| 熱烈ホーニーマン | 雲のとりで | 第3回305位 第7回585位 和風140位 横スクロール145位 掘り出し93位 N64 56位 | |
| ぬるぬるマンドリル | 浮遊城エリア道中夜 | ||
| 水にも潜れます | 空中庭園 | ||
| ウキウキラプソディ | 浮世町 | ||
| ときめきの予感 | 電話相談室 | ||
| うなれ！疾風のわらじ | 風の城壁 | ||
| DEATHです。 | デヴィル死神戦 | ||
| なんじゃこりゃ！？ | ドウチュウ鬼戦前半 | ||
| ちんちん・こうしちゃん | ドウチュウ鬼戦後半（ファイナルバトル） | KONAMI188位 | |
| キショー天ケツ | 浮遊城エリアクリアその1 | ||
| THE POWER OF NICE SMELL | 浮遊城エリアクリアその2 | ||
| ザ・たそがれ’98 | エンディング | ||
| こまったさん | エピローグその1 | ||
| くそがき | エピローグその2 | ||
| 悪戯 | エピローグその3 | ||
| やったぜ天晴れ日本晴れ | スタッフロール | 第2回エンディング206位 |
| + | 未収録曲 |
