| BGM No. | 曲名 | 備考 | 順位 |
| 1 | はじめよう! | タイトル画面 | |
| 2 | たのしいネーミング | キャラクター名決定画面 | |
| 3 | VOICE1101 | 名前決定 前作からの流用 |
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| 4 | WELCOME! | OP | |
| 5 | アレックのログハウス | 序章 アレックの家 | |
| 6 | ママのふるさと | 序章 フィールド | |
| 7 | セーブ | セーブ画面 | |
| 8 | おれはオケラだ! | オケラ戦直前の会話 | |
| 9 | 敵にぶつかった! | エンカウント | |
| 10 | こまったやつら | オケラ戦など | |
| 11 | たたかいに かった! | YOU WIN! | |
| 12 | きみよ立ちあがれ | ゲームオーバー | |
| 13 | お気に召すまま | グッズ･そうび･ステータス画面 | |
| 14 | あなたへの手紙 | ヒナワの手紙 | |
| 15 | 伝書バトよ | 伝書バトが飛び立った | |
| 16 | なぞの飛行物体 | ブタマスクの飛行船が空を飛んでいる時 | |
| 17 | LOG－O－TYPE | 伝書バトが飛び立った後に出てくるタイトルテロップ | |
| 18 | か か 火事だーっ! | 火事の時のタツマイリ村 | |
| 19 | 第1章 | 第1章開始 | |
| 20 | サウンド･オブ･サイレン | トマスがフリントを呼ぶとき | |
| 21 | いっしょに | NPCが仲間になったとき | |
| 22 | テリの森へ | トマス加入後 | |
| 23 | 森のイノリバ | イノリバ | |
| 24 | 炎の森 | 火事のときのテリの森 | |
| 25 | 敵におそわれた! | 背後からエンカウント | |
| 26 | こうもりさんツイスト | こうもりさん戦 | RPGバトル387位 通常戦闘曲191位 |
| 27 | いい湯かな | 温泉 | |
| 28 | ブタマスク参上! | ブタマスク登場時など | |
| 29 | やっかいなやつら | さつまいモンスター戦など | |
| 30 | めいわくなやつら | ひつけむし戦など | |
| 31 | なに? | 火事の中でブタマスク発見時など | |
| 32 | バックビートバトル | トビマウス戦など | |
| 33 | ジェントルレイン | 怪我ライタのイベント | ピアノ61位 夜117位 |
| 34 | そぼくなYADO | YADO | |
| 35 | きみからの手紙 | ヒナワの手紙を読む、4章以降･ヒナワの墓での回想 | |
| 36 | ハードレイン | ヒナワ捜索時 | |
| 37 | いっしょに行こう! | 仲間加入時 | |
| 38 | 走れマイドッグ! | ボニーのダスター引き連れイベント | |
| 39 | きっとどこかで | 崖を登り雨が止んだあと | |
| 40 | 手にしたものは… | 不吉なアイテム入手 | |
| 41 | おそるおそる | 日本地図の洞窟など | |
| 42 | やんちゃなブルース | やんちゃなモグラ戦など | |
| 43 | 哀しき改造 | かいぞうカリブー戦など | |
| 44 | コンフュージョン | ヒナワの訃報 | トラウマ175位 |
| 45 | MOTHER3 愛のテーマ | フリント投獄直前の回想シーン | 癒し228位 GBA175位 泣き曲19位 |
| 46 | 悲しみのタツマイリ | フリント釈放後のタツマイリ村 | |
| 47 | さみしい部屋 | ヒナワ捜索時の自分の家 | |
| 48 | イン･ザ･ルーム | 民家 | |
| 49 | ひとりで行く | クラウス失踪後 | |
| 50 | たのしいバザール | トマスのバザール レジーのテント | |
| 51 | パンがやけたよ! | カロリーヌのパン焼き | |
| 52 | テリの森を抜けて | テリの森 | |
| 53 | もっとやんちゃなブルース | こいもむし戦など | |
| 54 | じゃまなやつら | カマキリ戦など | |
| 55 | マンボ･デ･バトレ | よくばりマウス戦など | |
| 56 | おしゅうとさんといっしょ | アレックと行動中 | |
| 57 | ぶったまげマーチ | いわトカゲ戦など | |
| 58 | マジプシーのパーティー | マジプシーの家 | |
| 59 | ハイげんき! | パーティー回復 | |
| 60 | DANGER | ドラゴ台地 | |
| 61 | もっとめいわくなやつら | ハゲターカー戦など | |
| 62 | つんのめりマーチ | き戦など | |
| 63 | でかい敵にぶつかった! | ボス戦突入 | |
| 64 | メカドラゴとのたたかい | メカドラゴ戦 | |
| 65 | たたかいに かった… | ボス撃破 | |
| 66 | レベルアップ! | LVUP | |
| 67 | 長い影 | 第1章終了テロップ | |
| 68 | 第2章 | 第2章開始 | |
| 69 | 一子相伝 | ウエスとダスターのイベント時 | |
| 70 | ドロボー･マインド | ダスター1人の時のタツマイリ村 | フィールド199位 GBA38位 夜90位 |
| 71 | あやしい飛行物体 | ブタマスク飛行船の空爆 | |
| 72 | ん? | ゾンビ出現 | |
| 73 | ゾンビート | ゾンビ戦など | |
| 74 | きっついゾンビート | つつぬけドラム戦など | |
| 75 | 運命(さだめ) | いぬゾンビ戦など | |
| 76 | アッチェレランド | あるくはかいし戦など | |
| 77 | もっとじゃまなやつら | まっかんち戦など | |
| 78 | オソヘ城 | オソヘ城 | |
| 79 | もっとやっかいなやつら | くっさ～いオバケ戦など | |
| 80 | バックビートバトル･ハード | スパイダー!戦など | |
| 81 | そしてエル･マリアッチ | タルマン戦など | |
| 82 | ドライなやつら | アニアニ戦など | |
| 83 | オバケのためのエチュード | げいじゅつなオバケ戦など | ピアノ46位 |
| 84 | いいもの手に入れた! | ヒモヘビ入手時など | |
| 85 | ラグタイム･オソヘ | オバケのパーティー | |
| 86 | マンボ･デ･バトレ･モット | あれ戦など | |
| 87 | 真剣(まじ) | カーペットモンスター戦など | |
| 88 | いわれなきリベンジ | コワモテブタマスク戦など | GBA161位 RPGバトル240位 |
| 89 | ポルターガガガガイスト | パッションさんの部屋 | |
| 90 | 家庭の事情･第2楽章 | パッションさん戦 ベートーヴェン「交響曲第5番 第1楽章 (「運命」)」 オバケのためのエチュード チャイコフスキー「ピアノ協奏曲第1番 第1楽章」 ベートーヴェン「交響曲第6番 第1楽章 (「田園」)」 モーツァルト「交響曲第40番 第1楽章」 |
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| 91 | 不思議すぎる部屋 | 気高きタンつぼの部屋 | |
| 92 | 気高きタンつぼのファンファーレ | 気高きタンつぼ入手,5章でハミングバードの卵入手 | |
| 93 | もう朝だった | 気高きタンつぼ入手後城外に出る(70と併奏) | |
| 94 | 師匠で父でドロボーで | ウエスと行動中 | |
| 95 | ブタ的なやつら | ブタマスク戦 | 通常戦闘曲234位 |
| 96 | ブタ的ななにか | ていさつメカ戦 | |
| 97 | ひらけゴマあぶら! | ウエスの踊り準備中 | |
| 98 | ひらけゴマどうふ! | ウエスの踊り | |
| 99 | PSIおぼえた! | PSI習得 | |
| 100 | 先祖のおかげ･第8楽章 | パッションさま戦 ベートーヴェン「交響曲第5番 第1楽章 (「運命」)」 バッハ「トッカータとフーガニ短調」 ヘンデル「メサイア 第2部第44曲「ハレルヤ」」 ヴィヴァルディ「四季 協奏曲第1番ホ長調 (「春」)」 |
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| 101 | 手ごわいやつ | オソヘビ戦 | |
| 102 | ブッチと村人たち | 第2章終了テロップ | |
| 103 | 第3章 | 第3章開始 | |
| 104 | サルにはサルのラブソング | デス砂漠 | |
| 105 | いっしょに行くのか… | ヨクバが仲間になった,しあわせのハコ入手 | |
| 106 | ビンビン･ポークビーン | ポークビーンで移動中 | |
| 107 | 夢の中でもビリビリビリ! | サルサの夢の中 | |
| 108 | 行商人の大演説 | ヨクバの演説 | |
| 109 | おサルの宅配便 | しあわせのハコ配達イベント以後タツマイリ村 | |
| 110 | おどれ! | ヨクバの命令 | |
| 111 | なにがどうした?! | ヨクバの命令に従わない | |
| 112 | わらえ! よろこべ! | サルサの踊り | |
| 113 | 手ごわいやつら | 未使用 | |
| 114 | ずうずうしいマーチ | ブタせんしゃ戦 | |
| 115 | ドラゴ!? | ドラゴが加勢 | |
| 116 | ドラゴありがとう! | ヨクバ撃退後 | |
| 117 | 何かがおかしくなっている | 第3章終了テロップ | |
| 118 | 愛のテーマ(リプライズ) | 第4章冒頭回想シーン | |
| 119 | 第4章 | 第4章開始 | |
| 120 | 鉄道がこの村に! | 4章OP&タツマイリ村(ヨクバに話しかける前) | |
| 121 | おはよう | 目覚め | |
| 122 | おもかげ | 着替え中の回想 | |
| 123 | ホテルなYADO | YADO(4章以降) | |
| 124 | すてきなマイルーム | 民家(4章以降) | |
| 125 | たのしいショッピング | トマスのみせなど | |
| 126 | ハッピータウン? | タツマイリ村(ヨクバに話しかけた後) | |
| 127 | いささかエレジー | とくべつようご シルバーハウス｢オールドマンズ・パラダイス｣ | |
| 128 | トンネルを抜けると? | 線路 | |
| 129 | もっとドライなやつら | ぶんちょうぼう戦など | |
| 130 | ムラサキの森 | コーバとその周辺 | |
| 131 | 運んだ運んだ | ネンドじんを1体運んだ後のファンファーレ | |
| 132 | おつかれさま | ネンドじんを3体全部運んだ後のファンファーレ | |
| 133 | ストリンジェンド | コウモウータン戦など | |
| 134 | ロープウェイに乗って | チチブー山 | |
| 135 | クラブ･チチブーのテーマ | クラブ・チチブー | |
| 136 | おえらいさんのテーマ | DCMCライブ | |
| 137 | ガールズ･ルーム | ヨシコシの部屋 | |
| 138 | シャワー浴びながらのバラード | ヨシコシ入浴時 | |
| 139 | ヤネウラがダンジョン?! | クラブ･チチブー屋根裏 | ダンジョン243位 2000年～2007年212位 |
| 140 | はげしいやつら | コウモリさま戦など | |
| 141 | 16ビートでこうげきだ! | つつぬけドラム戦 | |
| 142 | マーチングでこうげきだ! | つつぬけドラム戦 | |
| 143 | ロックンロール(あまくち) | むせびなくギター戦など | |
| 144 | ロックンロール(からくち) | しっとにくるうベース戦など | |
| 145 | タメキチズ･ルーム | タメキチの部屋 | |
| 146 | ボンボヤージュ･アミーゴ | 第4章終了テロップ | ゲーム未収録317位(MOTHER3+) |
| 147 | あれはなんだ?! | 第5章冒頭イカヅチタワー見上げシーン 針が抜かれた後のシログネ山中腹･ゴマフ火山 仮面の男登場時など |
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| 148 | 第5章 | 第5章開始 | |
| 149 | ヤバイ! | ゴミ収集車出発時 | |
| 150 | デンジャラス･ハイウェイ | ハイウェイ | |
| 151 | ガスケツ･ポークビーン | 充電せずに鉄橋を渡ろうとした時 | |
| 152 | パーキングエリアのキタナカフェ | ハイウェイのキタナカフェ | |
| 153 | 白銀(PAのママいちおし曲) | キタナカフェのジュークボックス スノーマンの存在をわすれて酒井省吾がシログネやま用に作った曲 |
冬・雪・氷209位 |
| 154 | 妖精(クマヒゲいちおし曲) | キタナカフェのジュークボックス/幻の64版で使用予定だった曲 | |
| 155 | 決意(ガムの兄さんいちおし曲) | キタナカフェのジュークボックス/幻の64版で使用予定だった曲 | |
| 156 | 祝福(スキンヘッドいちおし曲) | キタナカフェのジュークボックス/幻の64版で使用予定だった曲 | |
| 157 | 青春(トイレ待ち牛いちおし曲) | キタナカフェのジュークボックス/幻の64版で使用予定だった曲 | |
| 158 | モッタイナイ賛歌 | かなしきよせあつめ戦など | |
| 159 | あのお方のプレイルーム | キングPの部屋 | |
| 160 | あのお方のメモリー･2S | キングPの部屋のジュークボックス MOTHERのHUMORESQUE OF A LITTLE DOGのアレンジ |
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| 161 | あのお方のメモリー･2H | キングPの部屋のジュークボックス 前作の白蝶貝のネックレスのアレンジ |
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| 162 | MROB-6720M | マシュマロちゃん戦など | |
| 163 | GENE163-1425 | ジェネッタくん戦など | |
| 164 | 胸さわぎのアリア | 第5章終了テロップ | |
| 165 | 第6章 | 第6章開始 | |
| 166 | ひまわりとまぼろし | ひまわり畑 | |
| 167 | この子たちに名前を | 回想イベント | |
| 168 | おかあさん?! | ヒナワ登場 | |
| 169 | 小さくて大きな奇跡 | リュカ&ボニー落下時,オソヘ城中庭など | |
| 170 | 第7章 | 第7章開始 | |
| 171 | みぎ ひだり みぎ ひばり | タツマイリ訓練場,7章冒頭のオソヘ城 | |
| 172 | なかなかのリバー | ボートに乗った時 | |
| 173 | マジプシーの お･へ･や | マジプシーの家 | |
| 174 | マジプシーは お･る･す | マジプシー不在時のマジプシーの家 | |
| 175 | ヒゲそりと くちべに | 形見入手 | |
| 176 | それなのにエル･マリアッチ | ミイラキャット戦など | |
| 177 | クローズユア お･め･め | イオニアから伝承を聞く | |
| 178 | ひまわりのような人だった | オソヘの針を抜いた後のヒナワの墓でのイベント | |
| 179 | 電車に乗って行こう! | 電車 | |
| 180 | たまにはいいでしょグリーン車! | グリーン車 | |
| 181 | キマイラの研究なのだ | キマイラ研究所 | |
| 182 | ピンクのシェル | エオリア･ミクソリディア以外のマジプシーの家周辺 | |
| 183 | ハリを抜くということ | 針を抜いたとき | |
| 184 | もっとずうずうしいマーチ | ブタマスクちゅうさ戦など | |
| 185 | オケラの長老 | オケラホール | |
| 186 | スノーマン | シログネやま | 冬・雪・氷206位 |
| 187 | あのお方のテーマ | 針の場所にブタマスク登場時 | |
| 188 | ブッコワシ賛歌 | メカゴリラ戦 | |
| 189 | ソラトブナニーカ | 冷蔵庫、飛ぶ鳥かごで飛行中 前作のThe Sky Runnerのアレンジ |
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| 190 | なんとかさん | どせいだに近辺の洞窟 | |
| 191 | どせいさんのテーマ･Z | どせいだに | |
| 192 | 哀しき警備 | けいびロボ戦など | |
| 193 | プライドかけたハッスル | ブタマスクしょうさ戦など | |
| 194 | ことばぜめ | どせいさん拷問中 | |
| 195 | はみんぐ するです | どせいだに民家 | |
| 196 | ボルケーノ! タギリーノ! | ゴマフ火山 | |
| 197 | ヨクバ&ツーヤク | ニューヨクバ,ミラクルヨクバ出現の時 | |
| 198 | コーヒーブレイク | 温泉でコーヒー 前作のYou've Come Far, Nessのアレンジ |
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| 199 | すごいもの手に入れた! | どせいだに脱出の際のヒモヘビ登場時 ピクルス探しでおーいしいピクルスを発見時 |
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| 200 | ビーチ･コーミング | 4章でヨクバと話した後～針が5本抜かれるまで オオウロコ海岸 |
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| 201 | 恋する酸素 | 海の中 | |
| 202 | タネヒネリ島 | タネヒネリ島 | |
| 203 | あかみどりきいろきいろ♪ | 幻覚状態のタネヒネリ島 | ダンジョン468位 トラウマ160位 |
| 204 | キミがキレイだキのせいか | 幻覚状態のミクソリディアの家 | |
| 205 | つよきもの | けっかいトリオ戦など | |
| 206 | そして誰もいなくなった | 5つの針の場所へ行った後のタツマイリ村全域 | |
| 207 | 誰かいないのか? | 4章以降のリュカの家 | |
| 208 | 落ちたピクルス探すようなものさ | ピクルス探しイベント | |
| 209 | チュピチュピョイを世界遺産に | チュピチュピョイ神殿 | |
| 210 | WHO? | チュピチュピョイ神殿でのブタマスク大佐戦突入直前 | |
| 211 | つよきもの(仮面の男) | かめんのおとこ(一回目)戦 | |
| 212 | ホントのWELCOME! | 運転手登場時,ポーキービル･ミニゲームの部屋 | |
| 213 | 内輪差だよ人生は | リムジン内部 | |
| 214 | NPC LOVES YOU! | ニューポークシティ到着 | |
| 215 | 第8章 | 第8章開始 | |
| 216 | ユートピアでしょ?! | ニューポークシティ | |
| 217 | ピコピコ･ハイスコア | ゲームセンター｢ワンナップ｣(リダと話す前) | |
| 218 | 映画館でせんべいは食べないで | 映画館(※ロビー) | |
| 219 | ビューティ･アンド･テイスティ | カフェ | |
| 220 | ニューポーク･ボッサ | エンパイアポーキービル ロビー,階段 | |
| 221 | 汚れきったアパートメント | リダが拉致監禁されているむじんアパート | |
| 222 | リダのジムノペディ | リダの会話中 エリック・サティ「ジムノペディ第1番」 |
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| 223 | アフロでボンバボン | DCMCライブ直前の24階 | |
| 224 | ヘイブラザー! Aをくれ! | DCMCライブ直前 | |
| 225 | DCMCのテーマ | ビル24階でのDCMCライブ1曲目 | ゲーム未収録214位(MOTHER3+) |
| 226 | サンバ･デ･カンボ | ビル24階でのDCMCライブ2曲目 | |
| 227 | かば | カバランチャーの部屋 | |
| 228 | 雨のちハーレム | ファンの部屋 | |
| 229 | さわやかトイレット | トイレダンジョン | |
| 230 | つくりかけの… | 工事現場 | |
| 231 | 機械じかけの… | 機械ダンジョン | |
| 232 | もっとはげしいやつら | サイブースター戦 | |
| 233 | プチポーキー選手の入場です | プチポーキー出現 | |
| 234 | ほどほどにガンバレ! | ミニゲーム | |
| 235 | ハイそこまで! | ミニゲーム終了 | |
| 236 | ナチュラルキラー･サイボウグ | NKサイボウグ戦 | GBA98位 |
| 237 | タイム･パッセージ | エンパイアポーキービル 長いじゅうたんの部屋 | |
| 238 | だれかさんのおもいで | エンパイアポーキービル 前作の色々な物が展示されている部屋 MOTHER1のPOLLYANNAのアレンジ |
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| 239 | ぼくはポーキー | エンパイアポーキービル エレベーター,ポーキーがいる部屋 | |
| 240 | ポーキーのポーキー | ポーキー01～10戦 | GBA120位 |
| 241 | 乱入ロックンロール | ポーキー01～10戦でのDCMC乱入時 | |
| 242 | ポーキーさまのテーマ | ポーキー戦 | 第3回406位 ラストバトル146位 RPGバトル214位 第2回ラストバトル369位 2000年～2007年96位 |
| 243 | 絶対安全カプセル | ポーキー戦(絶対安全カプセル) | |
| 244 | 仮面の男とのたたかい | かめんのおとこ(二回目)戦 | トラウマ99位 |
| 245 | メモリー･オブ･マザー | かめんのおとこ(二回目)戦中･ヒナワの声が聞こえた時 | |
| 246 | おわった | かめんのおとこ(二回目)戦終盤 | GBA199位 RPGバトル487位 泣き曲27位 第2回ラストバトル223位 |
| 247 | 走馬灯のように | 最後の針を抜いた後 | |
| 248 | カーテンコール | キャストロール | エンディング217位 第2回エンディング348位 |
| 249 | 16メロディーズ(はじまり) | スタッフロール | 第10回606位 第11回760位 エンディング30位 第2回エンディング86位 GBA82位 泣き曲260位 |
| 250 | いのちの記憶 | END画面 | エンディング284位 GBA141位 |
| - | We miss you ～愛のテーマ～ | サントラのみ収録 | ゲーム未収録77位(MOTHER3+) |
| - | 3年後のテリの森 | テリの森 (第4章～) サウンドプレイヤー未収録 |
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| - | きゅうきょくキマイラ | きゅうきょくキマイラに襲われた時 サウンドプレイヤー未収録 |
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| - | ネンドじん工場(閉鎖後) | 閉鎖後にハイウェイ側の裏口から入る サウンドプレイヤー未収録 |
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| - | 映画館でせんべいは食べないで (8bit) | 映画館 (館内) サウンドプレイヤー未収録 |
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| - | 最後の温泉 | 温泉 (エンパイアポーキービル地下) サウンドプレイヤー未収録 |
