| サントラによる正式な曲名 | 英名（通称） | 作・編曲者 | 使用シーン | 順位 |
| 逆襲 | The Evil Giygas Attacks! | 田中宏和 | タイトル画面（UFO襲撃） | |
| Title Screen | 鈴木慶一 | タイトル画面（メイン） | ||
| Opening Credits | 鈴木慶一 | タイトル画面後のデモ | ||
| Choose a File | 田中宏和 | データセレクト 前作のTWINKLE ELEMENTARY SCHOOLのアレンジ |
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| Your Name, Please | 上野利幸 | ネームエントリー | ||
| One Fateful Night... | 田中宏和 | オープニング | ||
| Unidentified Falling Object | 田中宏和 | 隕石落下 | ||
| 眠ってる場合じゃない | Rude Awakening | 田中宏和 | 隕石落下直後・夜のオネット屋内 | |
| Alien Invasion | 田中宏和 | オネット夜 オネット侵略後 ストーンヘンジ秘密基地 |
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| Pokey's at the Door | 田中宏和 | ポーキーのノック | ||
| Pokey | ポーキー登場 | |||
| Onett Night | 田中宏和 | オネット深夜 ルミネホール |
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| Battle Against a Weird Opponent | 田中宏和 | 戦闘（まきへび はねっかえりキッド 他） | 通常戦闘曲266位 | |
| Battle Against a Weak Opponent | 田中宏和 | 戦闘（おんしらずなイヌ にくいカラス 他） | ||
| You Win! | 戦闘勝利 | |||
| You Gained a Level! | レベルアップ | |||
| Challenge | ボス戦前会話シーン | |||
| Otherworldly Foe | 田中宏和 | 戦闘（スターマンのむすこ カーペインターさん 他） | ||
| Pokey's House | ミンチ家 | |||
| Buzz Buzz's Prophecy | ブンブーンの遺言 | |||
| 冒険をはじめよう | Sunrise & Onett Theme | 鈴木慶一 | 夜明け ～ オネット Sunriseの部分は前作のPOLLYANNAのアレンジ |
町曲72位 フィールド327位 一面171位 |
| What a Great Picture! | 田中宏和 | 天才写真家 | ||
| Home Sweet Home | 鈴木慶一 | マイホーム 前作のPOLLYANNAのアレンジ |
第3回371位 癒し126位 | |
| Friendly Neighbors | 田中宏和 | 民家の中 | ||
| Buy Somethin' Will Ya! | 田中宏和 | 商店 前作のショップ(HUMOREAQUE OF A LITTLE DOG)のアレンジ |
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| 白蝶貝のネックレス | Enjoy Your Stay | 田中宏和 | ホテル | |
| Bed and Breakfast | 宿泊後・朝 | |||
| ホスピタル・タブ(名医と呼ばれたい) | Hospital | 鈴木慶一 | 病院 | |
| Onett's Arcade | 田中宏和 | ゲームセンター | ||
| Battle Against a Mobile Opponent | 田中宏和 鈴木慶一 |
戦闘（なまいきボーダー、おちょうしものキッド、むこうみずなナメクジ他） | ||
| Franky | 戦闘（フランクさま、きままなにいさん 他） 前作のお兄さん戦闘曲アレンジ |
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| Battle Against an Unsettling Opponent | 田中宏和 | 戦闘（フランキースタイン２ごう、ストロング署長、ばけテント 他） | ||
| You Defeated the Boss! | ボス戦勝利 | |||
| Dangerous Caves | 田中宏和 | ジャイアントステップ | ||
| Sanctuary Guardian's Challenge | 田中宏和 | おまえのばしょの光との対話 | ||
| Sanctuary Guardian | 田中宏和 | 戦闘（おまえのばしょボス戦） 前作のBattle with a Dangerous Opponentのアレンジ |
ボス戦340位 | |
| Welcome to Your Sanctuary | 田中宏和 | おまえの場所 | ||
| A Flash of Memory | 田中宏和 | 音入手後 前作のエイトメロディーズアレンジ |
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| ボーイ・ミーツ・ガール | Boy Meets Girl (Twoson) | 鈴木慶一 | ツーソン ハッピーハッピー村（イベントクリア後） | 任天堂98位 町曲15位 スーパーファミコン102位 |
| くるくるペダル | Ness' Bike | 鈴木慶一 | 自転車 | |
| Paula's Theme | 田中宏和 | ポーラスター幼稚園 前作のイースターのアレンジ |
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| Apple Kid's Theme | 田中宏和 | 警察署/アップルキッドの家の中ほか | ||
| Dead-End Chaos Theatre | 田中宏和 | カオスシアター | ||
| 洞窟(汎用)/幽霊トンネル 前作のマジカントへの洞窟のアレンジ |
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| Escargo Express at Your Service! | デリバリー(エスカルゴ運送、マッハピザ、どうぐやのかんばん来客） | |||
| Peaceful Rest Valley | グレートフルデッドの谷 | |||
| Happy-Happy is Blue | ハッピーハッピー村（イベントクリア前） | |||
| Caverns | 田中宏和 | リリパットステップへの洞窟 ミルキーウェルへの洞窟 ウィンターズの洞窟 |
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| ラッキー・ナイス・ブルース | Runaway Five ~ The Daily Show | 田中宏和 | トンズラブラザーズの演奏 | |
| Runaway Five's Final Performance | 田中宏和 | トンズラブラザーズの最後の演奏 | ||
| Runaway Five Left the Building! | トンズラブラザーズ解放イベント | |||
| Runaway Five on the Move! | トンズラブラザーズトラベリングバス | |||
| Threed, Zombie Central | 田中宏和 | スリーク（解放前） | ||
| Heartless Hotel | ホテルの罠 | |||
| スノーマン | Snowman(Snow Wood Boarding House) | 田中宏和 | スノーウッド寄宿舎 前作のスノーマンのアレンジ |
町曲106位 冬・雪・氷56位 |
| ウィンターズホワイト | Winters White | 鈴木慶一 | ウィンターズ | フィールド157位 冬・雪・氷7位 |
| Winters' Wake Up Call | タス湖畔テントの中・朝 | |||
| 風が吹く | Tessie Has Been Sighted! | 鈴木慶一 | タッシー出現時の湖畔 | |
| タッシー! | Tessie! | 鈴木慶一 | タッシー搭乗 | |
| Dr. Andonuts' Lab | アンドーナッツ研究所、フォーサイド博物館他 | |||
| The Sky Runner | 田中宏和 | スカイウォーカー | ||
| Zombie Paper | ゾンビ対策テント(スリーク解放前) モノトリービル |
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| Saturn Valley Caverns | 鈴木慶一 | 洞窟/サターンバレーへ | ||
| こんにちわ | Hi Hi Hi | 鈴木慶一 | サターンバレー 前作の砂漠の遺跡のアレンジ |
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| Belch's Factory | ゲップーの秘密基地 前作のダンカン工場のアレンジ |
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| Battle Against Belch | 田中宏和 | 戦闘（オエップ ゲップー 他） | ||
| You've Come Far, Ness | コーヒーブレイク | 第3回任天堂206位 | ||
| Save the Miners! | ミルキーウェル、マグネットヒル、埋蔵金発掘現場 前作のホーリーローリーのどうくつのアレンジ |
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| いつかきっと | Threed, Free at Last | 鈴木慶一 | スリーク/解放後 | |
| Get on the Bus | 鈴木慶一 | バス | ||
| 乾いたダンス(スーパー・ドライ・ダンス) | Super Dry Dance | 田中宏和 | ドコドコ砂漠 前作のアドベント砂漠のアレンジ |
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| 摩天楼に抱かれて | The Metropolis of Fourside | 鈴木慶一 | フォーサイド | 町曲9位 スーパーファミコン150位 第3回任天堂140位 |
| Topolla Theatre, Home to the One & Only Venus | トポロ劇場 | |||
| Venus Live! | ビーナスライブ | |||
| ボルヘスのカクテル | Boris' Cocktail | 田中宏和 | ボルヘスの酒場 | |
| ムーンサイドスウィング | Moonside Swing | 田中宏和 | ムーンサイド | トラウマ161位 |
| Moonside Hotel Morning | ムーンサイド（宿泊時の目覚め） | |||
| The Monkeys' Maze | 田中宏和 | サルの洞窟/タライ・ジャブの穴 | ||
| Runaway Five to the Rescue! | 戦闘/トンズラブラザーズ乱入 | |||
| プライヴェートな風 | Summers, Eternal Tourist Trap | 金津宏 | サマーズ&トト | 町曲148位 夏8位 |
| マジックケーキを食べた時のデモ | ||||
| 東の果て | In Dalaam, There is a Warrior | 鈴木慶一 | ランマ導入デモ | |
| 旅人に聴かせる唄 | The Floating Kingdom of Dalaam | 鈴木慶一 | ランマ | |
| ムの修行 | Mu Training | 田中宏和 | ムの修行 | |
| Pink Cloud Shrine | 鈴木慶一 | ピンククラウド | ||
| Sailing to Scaraba | 鈴木慶一 | 船旅 | ||
| Kraken of the Sea | 鈴木慶一 | 戦闘（わらいボール エナジーロボ クラーケン 他） | 第3回310位 第14回940位 第2回任天堂93位 第3回任天堂280位 スーパーファミコン101位 RPGバトル259位 1990年代94位 通常戦闘曲89位 | |
| The Voyage Continues | 鈴木慶一 | 船旅/クラーケン戦闘後 | ||
| バザール | Bazaar | 田中宏和 | スカラビ | |
| Morning in the Desert | スカラビ/朝 | |||
| カラビナスカ(サソリの毒) | The Unforgiving Desert | 鈴木慶一 | スカラビ南 | |
| ピラミッド | Pyramid | 田中宏和 鈴木慶一 金津宏 |
ピラミッド内部 | |
| エンジョイ・ザ・ダンジョン | Inside the Dungeon | 田中宏和 | ダンジョン男内部 | ダンジョン253位 |
| メガトンウォーク | Megaton Walk | 田中宏和 | スカラビ(ダンジョン男同行中) | |
| 黄色っぽいサブマリン | The Submarine | 田中宏和 | イエローサブマリン | |
| ジャングルが目をさます | The Deep Darkness | 鈴木慶一 | 魔境 | |
| きけおまえ | The Tendas' Cave | 田中宏和 鈴木慶一 |
グミ族の村 | |
| Battle Against a Machine | 田中宏和 | 戦闘（クルーン スターマン 他） | RPGバトル379位 通常戦闘曲247位 | |
| 落ちる落ちる | 田中宏和 鈴木慶一 |
地底大陸への落下 | ||
| 大地のラブソング | The Lost Underworld | 鈴木慶一 | 地底大陸 | |
| Lava Springs | 田中宏和 | ファイアースプリング | ||
| エイトメロディーズ(記憶の底に) | Eight Melodies | 田中宏和 | マジカント導入デモ | 第2回24位 第3回202位 第5回603位 第6回914位 泣き曲85位 |
| The Nightmare Begins... | 田中宏和 | マジカントの入り口 | ||
| ウェルカムぼく | Welcome Home | 田中宏和 | マジカント | |
| The Jolly Flying Man | 鈴木慶一 | フライングマンの家 前作CDのFLYING MANのアレンジ(前作未使用曲) |
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| 夢の迷路 | Deeper into Ness' Subconscious | 田中宏和 | マジカント/深部 | |
| エデンの海 | Sea of Eden | 田中宏和 | エデンの海 | |
| パワー | The Power | 田中宏和 | ネスの真の力覚醒 | |
| Ness Awakens from the Nightmare | 田中宏和 | ネスの目覚め | ||
| 時空を越えろ | The Cliff that Time Forgot | 田中宏和 | 現在の最低国 | |
| ロボットになる | Mechanical Tinkering | 田中宏和 | ロボット改造時の器械の効果音 | |
| スペーストンネル | Spacetoneer | 田中宏和 | スペーストンネルの効果音 | |
| ザ・プレイス(その場所) | The Place | 田中宏和 | 過去の最低国 | |
| イナクナリナサイ | Giygas' Lair | 田中宏和 | ギーグへの道 | |
| Giygas' Intro | 田中宏和 | ギーグ戦前イベント | ||
| Pokey Means Business! | 田中宏和 | 戦闘/ギーグ&ポーキー | 第2回24位 第3回172位 第4回202位 第5回721位 第6回332位 第7回709位 第8回838位 第9回882位 第11回562位 任天堂26位 第2回任天堂58位 ラストバトル19位 第2回ラストバトル30位 スーパーファミコン42位 RPGバトル43位 トラウマ14位 | |
| イナクナリナサイ | Giygas Stirs | 田中宏和 | 戦闘中イベント/ポーキー会話シーン | |
| Giygas' Intimidation | 田中宏和 | 戦闘/ギーグ序盤 | ||
| Giygas is Wounded! | 田中宏和 | 戦闘/ギーグ中盤 | ||
| Prayer for Safety | 田中宏和 | いのるイベント | ||
| Giygas is Fatally Wounded! | 田中宏和 | 戦闘/ギーグ終盤 | ||
| Giygas Disintegrates | 田中宏和 | ギーグ撃破後イベント | ||
| いのちのひかり | The Heroes Return/The Power (Alternate) | 田中宏和 | 魂の帰還 | |
| ビコーズ・アイ・ラブ・ユー | Because I Love You | 鈴木慶一 | エピローグ | 泣き曲62位 |
| グッドフレンズ/バッドフレンズ | Good Friends/Bad Friends | 田中宏和 鈴木慶一 |
エンディング/キャラクター紹介 | エンディング217位 |
| スマイルズ・アンド・ティアーズ | Smiles and Tears | 田中宏和 鈴木慶一 |
エンディング/スタッフロール サントラでは『スマイル・アンド・ティアーズ』 MOTHERサントラに「SMILES AND TEARS (DEMO TRACK)」収録 |
第1回20位 第2回24位 第3回179位 第4回250位 第5回603位 第6回180位 第7回163位 第8回158位 第9回280位 第10回221位 第11回164位 第12回148位 第13回128位 第14回839位 第15回232位 第16回96位 第17回77位 任天堂48位 第2回任天堂30位 第3回任天堂54位 エンディング3位 第2回エンディング7位 癒し54位 スーパーファミコン8位 歴代43位 泣き曲1位 1990年代24位 |
| A Bad Dream | ゲームオーバー 前作CDのFLYING MANのアレンジ |
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| Hidden Track | 未使用曲/前作の地下大河のアレンジ | |||
| サントラのボーナストラック | ||||
| ルームナンバー (PSI MIX) | 田中宏和 坂元俊介 |
建造物系音楽ミックス | ||
| フラフープ (PSI MIX) | 田中宏和 松前公高 |
スリーク系音楽ミックス | ||
| ANOTHER 2 (PSI MIX)～and goes on | 田中宏和 坂元俊介 |
戦闘曲系音楽ミックス | ||
*1 クレジットによると演奏は「M.D.SEEGER」なる人物が担当しているようだが、彼の正体はマリオの生みの親で知られる「宮本茂」その人である。
