| 曲名 (サウンドトラック) | 曲名 (Nintendo Music) | 補足 | 順位 | |
| 01 | 「マリオだよ」 | "It's a Me,Mario!" | It's Me Mario! | |
| 02 | タイトル | タイトル画面 | ||
| 03 | ピーチのメッセージ | Dear Mario... | ||
| 04 | オープニング | オープニングムービー(ジュゲム) | ||
| 05 | メインテーマ | ボムへいのせんじょう バッタンキングのとりで たかいたかいマウンテン ちびでかアイランド 『スーパーマリオギャラクシー2』で「なつかしの砦」、 『ベヨネッタ2』で「天使の歌声：Super Mario 64」としてアレンジ有り |
マリオ88位 一面51位 1990年代261位 第3回任天堂261位 N64 5位 | |
| 06 | スライダー | 各所スライダーゾーン レインボークルーズ チックタックロック にじかけるはねマリオ びっくりひみつきち(64DS) |
第14回496位 マリオ30位 1990年代179位 第3回任天堂37位 N64 3位 | |
| 07 | ピーチのお城 | ピーチ城内部 『New スーパーマリオブラザーズ Wii』『スーパーマリオ オデッセイ』他でアレンジ有り |
フィールド360位 N64 108位 | |
| 08 | 無限階段 | ピーチ城最上階の階段 | トラウマ26位 | |
| 09 | ウォーターランド | かいぞくのいりえ ウォーターランド おさかなといっしょ |
第3回445位 第4回174位 第5回296位 第6回345位 第8回816位 第9回470位 第11回912位 第14回499位 任天堂94位 第2回任天堂22位 第3回任天堂52位 癒し7位 夏6位 マリオ13位 N64 6位 | |
| 10 | ファイアーバブル | ファイアーバブルランド あっちっちさばく |
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| 11 | さむいさむいマウンテン | さむいさむいマウンテン スノーマンズランド どつけ!キングアイスどんけつ(64DS) |
冬・雪・氷19位 N64 92位 | |
| 12 | テレサのホラーハウス | テレサのホラーハウス きょうふ!キングテレサ(64DS) |
トラウマ110位 | |
| 13 | メリーゴーランド | テレサのホラーハウス地下 (テレサのメリーゴーランド) |
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| 14 | どうくつ | やみにとけるどうくつ みずびたシティー おこりんぼクリキング(64DS) |
ダンジョン449位 | |
| 15 | パックンフラワーの子守歌 | 眠るパックンフラワーに近づくと流れる | 癒し103位 | |
| 16 | 無敵マリオ | 羽根マリオ・無敵マリオ | はねマリオ スケスケマリオ |
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| 17 | メタルマリオ | メタルマリオ | マリオ195位 N64 68位 | |
| 18 | ファイルセレクト | ファイルセレクト画面 | ||
| 19 | 謎解き正解音 | あっちっちさばく/柱の謎を解く お城の地下/水を抜く など |
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| 20 | キノピオのメッセージ | キノピオ会話SE | ||
| 21 | パワースター出現 | スター出現SE | ||
| 22 | レースファンファーレ | ノコノコレースでゴールSE | ||
| 23 | パワースターキャッチ | コースクリアSE | ||
| 24 | ゲームスタート | ゲームスタートSE | ||
| 25 | コースクリア | スター入手ファンファーレ | ||
| 26 | ゲームオーバー | ゲームオーバー | ||
| 27 | 中ボス | 対中ボス戦 『スーパーマリオブラザーズ3』より「マップ8ワールド」のアレンジ |
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| 28 | クッパのメッセージ | クッパのメッセージSE | ||
| 29 | クッパへの道 | やみのせかいのクッパ ほのおのうみのクッパ てんくうのたたかい！ |
マリオ41位 1990年代278位 N64 36位 | |
| 30 | クッパのテーマ | クッパ戦 | ||
| 31 | クッパクリアファンファーレ | 鍵ゲットSE | ||
| 32 | クッパ3号 | 最終戦 | ラスボス戦 | ラストバトル287位 第2回ラストバトル287位 マリオ144位 N64 99位 |
| 33 | クッパ3号クリア | 最終戦クリア | ラスボス撃破デモ～飛行デモ | |
| 34 | エンディング | お城にスターが戻ったデモ 「ピーチのお城」、『スーパーマリオブラザーズ』より「エンディングBGM」のアレンジ |
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| 35 | スタッフロール | スタッフロール | 第1回76位 第3回237位 第4回570位 第5回721位 第6回919位 第8回601位 第9回575位 第10回637位 エンディング16位 第2回エンディング4位 癒し219位 歴代154位 泣き曲41位 マリオ9位 1990年代33位 第3回任天堂137位 N64 8位 | |
| 36 | パックンフラワーの子守歌(ボーナストラック) | |||
| スーパーマリオ64DS追加曲(仮曲名) | ||||
| たからさがしアイランド | 『スーパーマリオサンシャイン』・「ドルピック」のアレンジ | |||
| 炎を吐くヨッシー | ||||
| 風船マリオ | ||||
| 巨大化 | ||||
| ウサギ捕獲 | ||||
| フクロウに掴まって飛ぶ | ||||
| ミニゲームメニュー | ||||
| アミダス | 『スーパーマリオブラザーズ3』・「絵合わせBGM / 神経衰弱BGM」のアレンジ | |||
| はなうらない | 『スーパーマリオブラザーズ』・「水中BGM」のアレンジ | |||
| パズルパネル | ||||
| ボムへいをわけろ! | ||||
| トランポリンマリオ | 『スーパーマリオサンシャイン』・「ヒミツコース」のアレンジ | |||
| ルイージのミニゲーム | 『スーパーマリオサンシャイン』・「カジノ」のアレンジ | |||
| ワリオのコインゲーム | 『スーパーマリオブラザーズ』・「地下BGM」のアレンジ | |||
| ビンゴボール | 「メリーゴーランド」のアレンジ | |||
| ハテナカード | 「ウォーターランド」のアレンジ | |||
*1 オリジナル版に加え、振動パック対応バージョンも後に発売された。
*2 「スーパーマリオ64DS」として発売。
*3 「スーパーマリオ 3Dコレクション」として発売、「スーパーマリオサンシャイン」「スーパーマリオギャラクシー」と同時収録。
