| No. | 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| ドクターマリオ | ||||
| 11 | タイトル | FC版「タイトルBGM」のアレンジ | ||
| 12 | メニュー | FC版「セレクト」のアレンジ | ||
| 13 | きろく | |||
| 10 | ストーリーモード：ストーリー1 | ストーリーモード STAGE1の幕間BGM | ||
| 20 | ストーリーモード：ストーリー2 | ストーリーモード STAGE2、4、6、9の幕間BGM | ||
| 19 | ストーリーモード：ストーリー3 | ストーリーモード STAGE3、5、7の幕間BGM | ||
| 21 | ストーリーモード：ストーリー4 | ストーリーモード STAGE8の幕間BGM | ||
| 08 | ストーリーモード：謎の像戦 | ストーリーモード STAGE8 ウイルスが残り3つになるとテンポが速くなる (テンポアップ時のBGMの番号は下段に表記) |
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| 09 | ||||
| 22 | スタッフロール | |||
| 23 | クリアおめでとう | ストーリーモードクリア後のメッセージ | ||
| 00 | FEVER | 対戦BGM CUBEとQUEQUEはDr. Mario 64で使用された曲 誰かの残りウイルス数が3つになるとテンポが速くなる (テンポアップ時のBGMの番号はそれぞれの下段に表記) |
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| 01 | ||||
| 02 | CHILL | |||
| 03 | ||||
| 04 | CUBE | |||
| 05 | ||||
| 06 | QUEQUE | |||
| 07 | ||||
| 14 | 勝利 | FC版「Fever クリア」のアレンジ | ||
| 15 | 勝利(対戦) | |||
| 16 | 勝利(対戦・ショート) | 「勝利(対戦)」の前奏部のみ | ||
| 17 | 敗北 | FC版「ゲームオーバー」のアレンジ | ||
| 18 | 敗北(ショート) | 「敗北」の前奏部のみ | ||
| ヨッシーのクッキー | ||||
| 0 | タイトルBGM | コンティニュー画面にも使用 FC版の同名曲のアレンジ |
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| 1 | メニュー | |||
| 2 | [1P] MUSIC TYPE A | オリジナルでのBGM FC版の同名曲のアレンジ |
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| 3 | [1P] MUSIC TYPE B | |||
| 4 | [1P] MUSIC TYPE C | |||
| 5 | ROUND START | |||
| 6 | STAGE CLEAR | |||
| 7 | GAME OVER | |||
| 8 | ROUND CLEAR | オリジナル、ワールドクリア後のデモ FC版の同名曲のアレンジ |
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| 9 | スタッフロール | FC版「L10 CLEAR」のアレンジ | ||
| 18 | ストーリーモード：レベルの設定 | 対戦のキャラクターセレクトやオプションにも使用 | ||
| 19 | ストーリーモード：ストーリー | ストーリーモード 幕間BGM | ||
| 20 | ストーリーモード：対戦 | ストーリーモード STAGE1～6 | ||
| 25 | ストーリーモード：クッパ登場 | ストーリーモード STAGE7 幕間BGM | ||
| 21 | ストーリーモード：クッパ戦 | ストーリーモード STAGE7 | ||
| 22 | ストーリーモード：エンディング | クリア後のメッセージにも使用 | ||
| 10 | [VS] MUSIC TYPE A | 対戦用BGM FC版の同名曲のアレンジ |
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| 11 | [VS] MUSIC TYPE B | |||
| 12 | [VS] MUSIC TYPE C | |||
| 13 | [VS] SLAVE | 対戦、ワザ「SLAVE」発動中 FC版の同名曲のアレンジ |
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| 14 | [VS] PANIC | 対戦、ワザ「PANIC」発動中 FC版の同名曲のアレンジ |
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| 15 | [VS] BLIND | 対戦、ワザ「BLIND」発動中 FC版の同名曲のアレンジ |
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| 16 | [VS] POINT GET | ストーリーモードでのポイントゲット時にも使用 FC版の同名曲のアレンジ |
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| 17 | [VS] CONGRATULATION | 対戦の決着が付いた時の表彰BGM FC版の同名曲のアレンジ |
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| 23 | ヒントメニュー | |||
| 24 | ヒント解説中 | |||
| その他 | ||||
| NINTENDOパズルコレクション：タイトル | マリオ3「スロット面BGM」のフレーズあり | |||
| 転送ゲーム選択：ドクターマリオ | 田中宏和 | 該当作品の「タイトルBGM」原曲 | ||
| 転送ゲーム選択：ヨッシーのクッキー | ||||
| 転送ゲーム選択：パネルでポン | GC版パネルでポン「オープニング」アレンジ | |||
| グランドスタッフロール | 各種ゲームのストーリーモードクリア後 ゲーム選択画面に戻ると流れる ドクターマリオ「FEVER」「CHILL」 ヨッシーのクッキー「[1P] MUSIC TYPE A」「タイトルBGM」 パネルでポン「オープニング」「花の妖精フリルのテーマ」 のアレンジメドレー |
エンディング123位 第2回エンディング128位 第2回任天堂127位 第3回任天堂159位 | ||
