| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| オープニングムービー | |||
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| チュートリアル | |||
| ポケモンセレクト | バトルポケモン・サポートポケモン選択 アーケード版はモードセレクトの曲 |
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| マイタウン | WiiU版のみ | ||
| フェルムリーグ | WiiU版のみ | ||
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| テルルタウン | |||
| フェルムスタジアム | 景山将太 | ||
| フェルム道場 | |||
| トレーニングジム | |||
| フォス火山 | |||
| ネオスシティ | |||
| ネオスシティ(夜) | |||
| レジ遺跡 | |||
| コイキング祭り | 井上拓 | 第2回ポケモン204位 | |
| お化け屋敷 | |||
| 竜の巣 | |||
| ミステリーカーニバル | 第13回934位 第2回ポケモン180位 | ||
| フェルム旧市街 | |||
| フェルム旧市街(冬) | |||
| ブルードーム | |||
| テルルタウン(秋) | 景山将太 | WiiU版のみ | 第10回704位 2016年162位 第2回ポケモン107位 |
| ホルードランド | |||
| 共鳴バースト | 共鳴バースト発動時 | ||
| ダークミュウツー戦 | シングルプレイ乱入時・ダークミュウツー戦 | ||
| ダークミュウツー最終決戦 | フェルムリーグ・ダークミュウツー戦 | ||
| ダークミュウツー最終決戦2 | フェルムリーグ・ダークミュウツー戦 共鳴エネルギー吸収時 |
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| ダークミュウツー最終決戦3 | フェルムリーグ・ダークミュウツー戦 共鳴バースト発動時 |
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| バトル終了 勝利 | |||
| バトル終了 引き分け | |||
| バトル終了 敗北 | |||
| スタッフロール |
