| 曲名 | 補足 | 順位 |
| ポケモンXDメインテーマ | 正式曲名 タイトル画面 | |
| ポケモンXD序曲 | 正式曲名 オープニング後のデモムービー | |
| バトルスタンバイ | ポケモン選択 | |
| 対戦モード：バトル1 | 原曲：戦闘！トレーナー | |
| 対戦モード：バトル2 | 原曲：戦闘！ジムリーダー | |
| 対戦モード：バトル3 | 原曲：決戦！ダイゴ | |
| プロローグ | シナリオモードプロローグ | |
| バーチャルバトル | ||
| ポケモン総合研究所 | ||
| ONBSニュース | ||
| 続・荒野を旅するもの | 正式曲名 マップ画面 | |
| バトル日和 | 通常戦闘曲 | ポケモン432位 |
| 嵐の予感 | カミンコ博士の屋敷 前庭 | |
| カミンコ博士 | 正式曲名 カミンコ博士の屋敷内 | |
| マナ登場のテーマ | 正式曲名 | |
| 緊急 | ||
| さあ。バトルしよう！ | 正式曲名 シャドー戦闘員戦など | 通常戦闘曲219位 |
| 決意 | クレイン誘拐後のイベント曲 | |
| 決意を胸に | クレイン救出までのポケモン総合研究所 | |
| 潮風の薫り | アイオポート | |
| ポケモンセンター | ||
| リライブボール | ||
| 富豪メチャリッチ | メチャリッチのテーマ | |
| Hey Now | クラブ亭 | ピアノ285位 |
| 穏やかな暮らし | アゲトビレッジ | |
| 時を渡りしもの | アゲトビレッジ内聖なる祠 | ポケモン480位 |
| 受付 | バトル山受付 | |
| そびえ立つ山 | バトル山 | |
| ブレイクルーム | バトル山ブレイクルーム | |
| オレたち六つ子ブラザーズ | 六つ子ブラザーズのテーマ | |
| 闇を生みし所 | シャドーのラボ | |
| 影の足音 | シャドー幹部登場のテーマ | |
| 強敵をたおせ！ | 正式曲名 シャドー幹部戦 | 第15回870位 ポケモン480位 ボス戦224位 |
| ホログラム：BAD | ||
| ホログラム：GOOD | ||
| ホログラム：VERY GOOD | ||
| ホログラム：PERFECT | ||
| リライブセレモニー | ||
| 土と風と愚かな金 | パイラタウン | |
| 神秘 | ビーディの占いの館 | |
| オーバーグラウンド・ステーション | ONBSビル内 | |
| ポケポケポケモン♪ | チリルの歌 | |
| ポケスポット | 岩場・オアシス・洞窟 | |
| 戦闘！野生ポケモン | 野生ポケモン戦 | ポケモン504位 |
| ダンシング・ワンダラー | ミラーボのテーマ | |
| ファンタスティック☆ファンキー | ミラーボ戦 | 第2回任天堂86位 ポケモン504位 第2回ポケモン124位 |
| 不安 | ||
| 白亜の塔 | ラルガタワー | |
| バトルDEビンゴ | ||
| バトルDEビンゴDEバトル | バトルDEビンゴ戦闘曲 | |
| 勝つのはどっちだ | コロシアム戦バトル ポケモンコロシアムの曲 |
夏135位 |
| ノーリミット | ||
| 君は戦いに何を見るか | ||
| コロシアム ファイナル | コロシアム戦ファイナル | |
| 水面下に揺れる影 | フェナスシティ(乗っ取られ時) | |
| 恋してルンバ | 正式曲名 | |
| 水の都 | フェナスシティ | |
| トレーナーズトレーニングセンター | ||
| メカグラードン発進！ | 正式名称 メカグラードン登場のテーマ | |
| 砂に沈む船 | リブラ号 | |
| 旅人たちの休息 | 町はずれのスタンド | |
| 青空の下で | ウイリー戦 ポケモンコロシアムの曲 |
|
| 峡谷の廃墟 | スナッチ団アジト | |
| オレはヘルゴンザさまだ！ | ヘルゴンザのテーマ | |
| シャドーの秘密工場 | ||
| ニケルダーク島 | 正式曲名 | ポケモン378位 |
| 総統デルゴルド | デスゴルドのテーマ | |
| 咆哮！ダーク・ルギア | 正式名称 ダーク・ルギア登場デモ | |
| XD001 | ダーク・ルギア戦 | |
| 最後の闘い | 正式名称 デスゴルド戦 | ポケモン292位 第2回ラストバトル410位 |
| エピローグ1 | ||
| エピローグ2 | ||
| エンディング | エンディングムービー | |
| スタッフロール | ||
| オーレコロシアム | ポケモンコロシアムの曲 （マップ画面・移動） |
