| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| MYSTIC RE-QUEST I | 笹井隆司 | （ゲーム未使用曲） アレンジメドレー "最後の城～溶岩ドーム～最後の城" | |
| MYSTIC RE-QUEST II | 笹井隆司 | （ゲーム未使用曲） アレンジメドレー "バトル3～バトル1～バトル2～バトル3～バトル1" | |
| ミスティック クエスト | 笹井隆司 | タイトル画面で使用 | |
| 運命の丘 | 笹井隆司 | オープニングイベントで使用 | |
| ワールド | 笹井隆司 | ワールドマップで使用 | |
| 麓の森 | 川上泰広 | ふもとの森、生きている樹海、巨大老木で使用 | |
| バトル1 | 笹井隆司 | 通常バトルで使用 | スクエニ271位 FF93位 通常戦闘曲348位 |
| 勝利のファンファーレ | 川上泰広 | バトル勝利時に使用 | |
| 森の町（フォレスタ） | 川上泰広 | フォレスタなど通常町で使用 | |
| 化石の迷宮 | 笹井隆司 | 化石の迷宮で使用 | |
| バトル2 | 笹井隆司 | ボスバトルで使用 | 第3回299位 第5回986位 第7回516位 第8回879位 第10回978位 第12回718位 第17回570位 スクエニ138位 第2回スクエニ114位 FF22位 スーパーファミコン77位 1990年代99位 ボス戦54位 |
| 中央の塔 | 笹井隆司 | フォーカスタワーで使用 | |
| 光のほこら | 川上泰広 | 各種ほこら、ジャックの地下道最深部で使用 | |
| ロックのテーマ | 川上泰広 | ロック登場時に使用 | |
| 友情のファンファーレ | 笹井隆司 | 仲間加入時に使用 | |
| 氷の洞窟 | 川上泰広 | 氷の洞窟、氷のピラミッドで使用 | |
| 洞窟と滝 | 川上泰広 | ジャックの地下道の滝部分、凍った滝つぼ、廃坑で使用 | |
| 火の町（フェイリア） | 川上泰広 | フェイリアで使用 | |
| ロックンロール | 笹井隆司 | フェイリアのホテルにいるバンドグループの演奏時に使用 | |
| 溶岩ドーム | 笹井隆司 | 火山、溶岩ドームで使用 | ダンジョン288位 |
| 風の町（ウインディア） | 川上泰広 | クリスタル解放前のウインディア、アクエリアで使用 | |
| 疾風の山脈 | 笹井隆司 | 吊り橋、疾風（かぜ）の山脈、パズズの塔で使用 | |
| クリスタル登場 | 笹井隆司 | クリスタル出現時に使用 | |
| 最後の城 | 笹井隆司 | ラストダンジョン・最後の城で使用 | 第3回308位 スクエニ187位 第2回スクエニ266位 FF41位 ダンジョン111位 |
| バトル3 | 笹井隆司 | ラストバトルで使用 | 第3回397位 第2回スクエニ157位 ラストバトル100位 FF79位 スーパーファミコン249位 |
| ミスティック バラード | 川上泰広 | バトル敗北時に使用 | |
| エンディング | 笹井隆司 | スタッフロール時に使用 | |
| RE-MIXTIC QUEST | 川上泰広 | （ゲーム未使用曲） アレンジメドレー "麓の森～洞窟と滝～光のほこら～ミスティック バラード" |
