| 曲名 | 作・編曲者 | DS版編曲 | 補足 | 順位 |
| オープニング | 植松伸夫・笹井隆司 | 伊藤賢治 | タイトル | |
| 未来への旅立ち | 笹井隆司 | 笹井隆司 | サガ世界フィールド | ゲームボーイ215位 フィールド123位 |
| ディープ | 藤岡千尋 | 伊藤賢治 | 海底 | |
| オアシス | 笹井隆司 | 伊藤賢治 | サガ世界の町など | |
| 戦！ | 笹井隆司 | 笹井隆司 | 通常戦闘 | 第5回329位(NDS) ゲームボーイ226位 2011年173位(NDS) NDS251位 通常戦闘曲314位(NDS) サガシリーズ42位(NDS) |
| 聖なる遺跡 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ステスロス神殿、遺跡など | ダンジョン205位 サガシリーズ104位(NDS) |
| 要塞 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | 塔、山など | |
| 異次元の神々 | 笹井隆司 | 伊藤賢治 | ボス戦 | |
| Eat the meat | 植松伸夫・笹井隆司 | 笹井隆司 | 戦闘勝利 | |
| 戦士の休息 | 藤岡千尋 | 笹井隆司 | ゲームオーバー | |
| 異次元のテーマ | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ステスロス、異次元世界フィールド | 第2回スクエニ58位 第3回スクエニ113位 ゲームボーイ33位 フィールド116位 1990年代249位 サガシリーズ46位(GB) サガシリーズ73位(NDS) |
| 異郷の町 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | 異次元世界の町など | |
| ダンジョン | 笹井隆司 | 伊藤賢治 | 洞窟、沈没船など | |
| ステスロス | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ステスロス登場シーンなど | 第3回スクエニ141位 ゲームボーイ67位 スクエニ222位 サガシリーズ34位(GB) サガシリーズ96位(NDS) |
| 狂気 | 藤岡千尋 | 伊藤賢治 | 汎用ピンチ曲 | |
| 涙をこらえて | 笹井隆司 | 伊藤賢治 | ソール戦など | |
| ダークゾーン | 笹井隆司 | 笹井隆司 | 異次元世界地底 | |
| ラグナの宮殿 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ラストダンジョン | ゲームボーイ168位 2011年283位(NDS) ダンジョン338位 サガシリーズ104位 |
| 神戦 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ラストボス戦 | 第5回329位(NDS) スクエニ222位 ラストバトル146位(NDS) 2011年39位(NDS) NDS275位 サガシリーズ89位(NDS) |
| 時空の覇者 | 藤岡千尋 | 笹井隆司 | エンディング | |
| サガ3時空の覇者 Shadow or Light 追加曲 | ||||
| 輝ける未来へ | 伊藤賢治 | 伊藤賢治 | オープニング | |
| パイルアップ・スタック | 伊藤賢治 | 伊藤賢治 | 通常戦闘(チェーン時) | サガシリーズ89位 |
| ホールド・アウト | 伊藤賢治 | 伊藤賢治 | 巨大敵戦 | |
| 真・神戦 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ラストボス(第二形態)戦 | ラストバトル146位 2011年62位 NDS110位 |
| 時空の狭間 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | ワンダラーのテーマ | |
| 決意の狭間 | 笹井隆司 | 笹井隆司 | 真ラストボス戦 | 第5回157位 第6回943位 第2回スクエニ198位 ラストバトル134位 2011年36位 NDS59位 サガシリーズ53位 |
