ミッション名一覧
| 第一幕 ～近代人形を求めて～ | |
| No.1 人形使いの心得 その1 | No.2 人形使いの心得 その2 |
| No.3 人形使いの心得 その3 | No.4 レトログラードへの旅 |
| No.5 古き騎士 | No.6 近代人形を求めて |
| No.7 アイゼンベルグへの旅 | No.8 アイゼンベルグ到着 |
| No.9 輪工房を目指せ | No.10 重工房を目指せ |
| No.11 木工房を目指せ | No.12 ランバート |
| No.13 資金稼ぎ | No.14 鉄道と岩石 |
| No.15 ビル撤去 | No.16 街道封鎖 |
| 第二幕 ～人形戦争～ | |
| No.17 もう一人の人形使い | No.18 整備する午後 |
| No.19 大掃除の日 | No.20 次の日も大掃除 |
| No.21 アンマリーゲーム フェイズ1 | No.22 アンマリーゲーム フェイズ2 |
| No.23 オートガンナー | No.24 長弓の騎士 |
| No.25 アンマリーゲーム フェイズ3 | No.26 人形船到着 |
| No.27 アンマリーゲーム フェイズ4 | No.28 アンマリーのいない日 |
| No.29 小型人形飛来 | No.30 アーストンの危機 |
| No.31 オートマン軍団あらわる | No.32 自動人形大進撃 |
| No.33(円1) トゥールビオン | No.34 オートマン戦争 開戦 |
| No.35 クロノタウン爆散？ | No.36 アイゼン街道の死闘 |
| No.37 アイゼンベルグ壊滅？ | No.38 ラストバトル |
| No.39 後日談 | |
| 第三幕 ～八工房～ | |
| No.40 検問 | No.41 ジャワー大佐怒る |
| No.42(R1) トーテムの謎 | No.43(R2) トーテム・クラッシュ P1 |
| No.44(R3) トーテム・クラッシュ P2 | No.45 ルゴールの秘密 |
| No.46(T1) バトルトーナメント 1回戦 | No.47(T2) バトルトーナメント 2回戦 |
| No.48(T3) バトルトーナメント 決勝戦 | No.49(爆1) 爆工房への旅 |
| No.50(爆2) 古代遺跡突破 | No.51(爆3) 禁断の爆煙 |
| No.52(爆4) 核撃人形 | No.53(忍1) 忍工房への旅 |
| No.54(忍2) 忍びの里へ | No.55(弾1) 荒野の決闘 |
| No.56(弾2) ルゴール到着 | No.57(忍3) 忍工房の危機 |
| No.58 危うし！アンマリー！ | No.59 カフェアリスの物語 第一幕 |
| No.60 カフェアリスの物語 第二幕 | No.61(X1) グランプリ・ロード X1 |
| No.62(X2) グランプリ・ロード X2 | No.63(X3) グランプリ・ロード X3 |
| No.64(X4) グランプリ・ロード X4 | No.65(X5) グランプリ・ロード X5 |
| No.66(X6) グランプリ・ロード X6 | No.67 暗い予兆 |
| No.68 導く者 | No.69 巨石の丘へ |
| No.70 ゴールドラッシュ | No.71 コマンドティーガー |
| No.72(特1) ラトラパント到着 | No.73 ハンターL |
| No.74(牙1) ジャングル到着 | No.75(牙2) 人形獣、怒る！ |
| No.76(牙3) ジャングルの死闘 | No.77 ガケ崩れをこえて |
| No.78 カー・クラッシュ | No.79 複合銃士誕生！ |
| No.80 パットンVSティーガー | No.81 ナイトシェイド侵攻 |
| No.82 忍びの里陥落!? | No.83 ハンターJ |
| No.84 人形時代の終焉 | |
| 第四幕 ～人形狩り～ | |
| No.85 オートマン再進撃 | No.86 戦い終わった夜に |
| No.87 カフェアリスの物語 第三幕 | No.88 砂漠の遭遇 |
| No.89 カフェアリスの物語 第四幕 | No.90 ダンクールの後継者 |
| No.91(GP1) マリオネットGP 第一予選 | No.92(GP2) マリオネットGP 第二予選 |
| No.93(GP3) マリオネットGP 本戦 | No.94 黄金の都ジャグルール |
| No.95 人形狩り | No.96 マリオネーションキラー |
| No.97 アンマリー倒れる | No.98 八工房会議開催 |
| No.99 最強を求めて | No.100(最強1) 神槍 |
| No.101(最強2) 十字弓 | No.102(最強3) 重砲 |
| No.103(最強4) 強虫 | No.104(最強5) 蒸気王 |
| No.105(最強6) 爆銃 | No.106(最強7) 超電磁 |
| No.107(最強8) 突撃 | No.108(最強9) 裂空 |
| No.109(最強10) 核撃人形完成 | No.110(最強11) 獣王の永い眠り |
| No.111 決戦！ラトラパント | No.112 エリー倒れる |
| No.113 襲撃！八工房会議 | No.114 偵察任務 |
| No.115 人形王の挑戦 | No.116 人形都市 |
| エンディング～後日談 | |
| No.117 獣王完成 | No.118 獣王の試練 |
| No.119 もう一つの人形都市 前編 | No.120 もう一つの人形都市 後編 |
