| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Disc1 | |||
| ミルク色の峠 -OP Size- | ユウ | オープニング 歌：チリヌルヲワカ |
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| 約束(ピアノ版) | 下田祐 | タイトル画面 | |
| 秋の崩壊 -Autumn Collapse- | 下田祐 | 主人公選択画面 | |
| 空が赤色だから | 下田祐 | コルセイト 公式サイトBGM03 |
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| 万里一空 | 下田祐 | ワールドマップ | |
| パヴァーヌ | 菊田裕樹 | 採取地：黄昏を迎える森 公式サイトBGM05 |
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| わが名はレジオン | 菊田裕樹 | ロジー通常戦闘 公式サイトBGM04 |
2013年336位 |
| 光を越えて | 下田祐 | ロジー戦闘勝利 | |
| Fulcrum | 阿知波大輔 | 強敵戦闘 | 2013年317位 |
| 大いなる業 | 下田祐 | ロジーのアトリエ | |
| 空を見上げて | 阿知波大輔 | ロジーのテーマ | |
| りんごの木 | 阿知波大輔 | リンゴ園、リンゴハウス | |
| お嬢さん、一緒にりんごを食べませんか？ | 柳川和樹 | クローネのテーマ | |
| 羽休め | 柳川和樹 | ||
| 傍らに咲く花 Part2 | 柳川和樹 | ニオのテーマ 前作アレンジ 公式サイトBGM07 |
2013年336位 |
| 雛鳥 Part2 | 柳川和樹 | ウィルベルのテーマ 前作アレンジ | |
| 雲の湊 | 柳川和樹 | 気球発着所 公式サイトBGM01 |
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| メガネが滾る | 阿知波大輔 | アウィンのテーマ | |
| Kitchen Dance | 柳川和樹 | 酒場 | |
| 肉と飯の讃歌 | 阿知波大輔 | デュークのテーマ | |
| Special Finest Tippy Golden Flowery Orange Pekoe | 下田祐 | SFTGFOP 前作DLC追加BGMアレンジ | |
| Spicy Sugar | 柳川和樹 | コルランドのテーマ | |
| Sugary Spice | 柳川和樹 | ソールのテーマ | |
| Hummingbird | 阿知波大輔 | チュートリアル画面 | |
| 邂逅 | 阿知波大輔 | 採取地：南方の遺跡 | |
| ベリーの弾丸 | 阿知波大輔 | レイファーのテーマ | |
| 靄の女 | 阿知波大輔 | スレイアのテーマ | |
| どうしたもんか | 阿知波大輔 | ||
| 錬金術士エスカちゃんの事件簿 | 下田祐 | ||
| 空と気球と気候地形学的太陽の物語 | 下田祐 | ||
| 止まり木 | 柳川和樹 | 期末報告BGM | |
| 六角形の集積(PV使用曲) | 柳川和樹 | ||
| Disc2 | |||
| 朝露のピチカート | 阿知波大輔 | エスカのアトリエBGM 公式サイトBGM02 |
2013年247位 |
| 尻尾の数はふたつとひとつ | 柳川和樹 | エスカのテーマ | |
| 恐るべき空白 | 阿知波大輔 | 採取地：古き街道 | |
| 丘のふもとで | 阿知波大輔 | 採取地：高台の森 | |
| 名もなきかの地へ | 阿知波大輔 | 採取地：涸れ行く平原 公式サイトBGM08 |
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| 朽ちゆく光 | 阿知波大輔 | 採取地：見捨てられた水源 | |
| Updraft | 柳川和樹 | エスカ通常戦闘 | 第8回145位 第9回243位 第10回629位 第12回725位 2013年14位 RPGバトル77位 第2回ガスト27位 通常戦闘曲104位 |
| 高度を上げて | 柳川和樹 | エスカ戦闘勝利 | |
| 吹けよ風、呼べよ嵐 -Full Metal Slug- | 下田祐 | ボス登場 | |
| Don't Panic | 下田祐 | レアスラグ系ボス戦闘 | 2013年266位 |
| ドロシアの虎 | 菊田裕樹 | 猛獣系ボス戦闘 | 第2回ガスト154位 |
| Cliff Of Burned Place | 下田祐 | 採取地：熱せられた荒野 | |
| Close To The Edge Part2 | 下田祐 | 火の王登場 前作アレンジ | |
| 人外魔境冒険譚 | 下田祐 | ||
| 蠢動 | 阿知波大輔 | 採取地：悠久のラボラトリ | |
| 骸 | 阿知波大輔 | 採取地：スラグの墓所 | |
| 咆哮 | 阿知波大輔 | 採取地：竜の巣 | |
| ドラゴンに愛を -Don't Kill The Dragon- | 下田祐 | ドラゴン系ボス戦闘 | |
| 発芽(ゲンミナティオ) | 下田祐 | ||
| 形成(フルマティオ) | 下田祐 | ||
| 午後は砂糖たっぷりのチャイを | 下田祐 | ||
| The Pen And The Sword Part2 | 下田祐 | マリオン&リンカのテーマ 前作アレンジ | |
| The Pen And The Sword Part3 | 下田祐 | マリオン&リンカのテーマ 前作アレンジ | |
| マリオンが怖い | 下田祐 | ||
| G Protein-Coupled Receptor | 下田祐 | ルシルのテーマ | |
| 背伸び | 柳川和樹 | ミーチェのテーマ | |
| シミュラクラ | 菊田裕樹 | ホムンクルスのテーマ | |
| 冒険家のボレロ | 阿知波大輔 | ハリーのテーマ | |
| 刻の轍 | 阿知波大輔 | ||
| そして誰もいなくなった場所で | 下田祐 | 辺境の集落後半BGM | |
| もう一度、赤い悪夢 | 下田祐 | ||
| 遥かなる思い出 | 下田祐 | はちどりひめのテーマ | |
| Disc3 | |||
| 双翼 | 柳川和樹 | ワールドマップ(飛行船入手後) | |
| 狂雲を抜けて | 柳川和樹 | 未踏遺跡突入時 | |
| 働き蜂のいない巣で | 柳川和樹 | 未踏遺跡 | 2013年266位 |
| 未知に満ちた道 | 柳川和樹 | 未踏遺跡内部 | |
| ひとりぼっちの女王蜂 | 柳川和樹 | フラメウのテーマ | |
| Sky of Twilight(Instrumental) | Shade | 公式サイトBGM06 | |
| 蝋の翼 | 柳川和樹 | 未踏遺跡脱出時 | |
| 約束(黄昏の丘) | 下田祐 | 採取地：果ての果て | |
| 硝子の鍵 | 柳川和樹 | ||
| それいけ！カイハツハン | 柳川和樹 | ||
| 手おくれ | 阿知波大輔 | ||
| Consolation | 木下英幸 | ||
| 夕べの調べ | 木下英幸 | ||
| たそがれのボイン | 阿知波大輔 | ||
| はたらくひとのラグタイム | 木下英幸 | ||
| 錬金術士の弁証法 | 下田祐 | ||
| Shall We Talk | 下田祐 | ||
| ひとりの部屋 | 阿知波大輔 | ||
| 悔恨 | 阿知波大輔 | ||
| 蒼天の空を飛ぶ | 下田祐 | ||
| 眠る巣 | 柳川和樹 | ラストダンジョン 後半から前作の「眠る地」とのデュエット |
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| 逆光 | 柳川和樹 | 採取地：西の果て | |
| FJ：無限大クロニクル | 阿部隆大 | アウィンFJ | |
| FJ：Acht-Acht | 阿知波大輔 | レイファーFJ | |
| FJ：Purple Haze | 阿知波大輔 | スレイアFJ | |
| FJ：journey | 浅野隼人 | ルシルFJ | |
| FJ：The Pen And The Sword Part3 | 下田祐 | リンカFJ | |
| ひとやすみ | 阿知波大輔 | ||
| 手と手をつないで | 柳川和樹 | ||
| たからもの | 柳川和樹 | ||
| 甘いご褒美 | ユウ | エンディング前半 歌：チリヌルヲワカ |
第2回エンディング331位 |
| 燃える夕焼け -Goodbye Dusk Sky- | 下田祐 | エンディング後半 | |
| ボーカルアルバム「Twilight Sky」収録 | |||
| Intro～Towards The Twilight～ | 浅野隼人 | ヴォーカルではなくインスト曲 | |
| ミルク色の峠 | ユウ | オープニングテーマ 歌：チリヌルヲワカ |
第11回946位 第17回942位 第2回オープニング190位 |
| あめつちのことわり | 菊田裕樹 | アバンタイトルテーマ 歌：霜月はるか |
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| りんごのねごと ～ Ring On One, Go To... | 柳川和樹 | エスカイベントテーマ 歌：天乙准花 |
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| 空の傷痕 | 阿知波大輔 | ロジーイベントテーマ 歌：Annabel |
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| 回遊魚の原風景 | 南壽あさ子 | ワールドトラベルテーマ 歌：南壽あさ子 |
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| 崇めよ、我は神鬼 | 下田祐 | フリゲート系ボス戦 歌：霜月はるか |
第8回335位 第9回850位 2013年101位 RPGバトル421位 第3回掘り出し303位 |
| Sky of Twilight | Shade | インフィニティーバトルテーマ 歌：いとうかなこ |
第8回28位 第9回10位 第10回26位 第11回28位 第12回56位 第13回37位 第14回80位 第15回150位 第16回269位 第17回225位 第18回82位 2013年4位 RPGバトル10位 歴代25位 第3回ゲームソング72位 第2回ガスト146位 ボス戦260位 |
| 約束 | 下田祐 | シークレットテーマ 歌：杉並児童合唱団 |
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| 蜂群崩壊症候群 -Colony Collapse Disorder- | 下田祐 | ファイナルバトルテーマ 歌：杉並児童合唱団 |
第8回633位 第9回378位 第10回559位 第11回682位 第12回807位 第17回564位 2013年70位 RPGバトル283位 第3回ゲームソング234位 第2回ラストバトル150位 |
| 無限大クロニクル | 阿部隆大 | バトルフィニッシュテーマ 歌：Acrylicstab |
第9回755位 第10回826位 第11回625位 第12回601位 第13回197位 第14回694位 第15回575位 第16回329位 第18回986位 第3回ゲームソング271位 第2回ガスト81位 |
| Pluie | RURUTIA | ストーリーエンドテーマ 歌：Rurutia |
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| 甘いご褒美 | ユウ | エンディングテーマ 歌：チリヌルヲワカ |
第2回エンディング331位 |
| Outro～緑の大地を夢見て～ | 木下英幸 | ヴォーカルではなくインスト曲 | |
| DLC追加曲（シャリーのアトリエ リコレクションアーカイブス収録） | |||
| 朝露のピチカート(Twilight Ver.) | 編：阿知波大輔 | ||
| 大いなる業(Swing Ver.) | 編：阿知波大輔 | ||
| Updraft(Synthpop Ver.) | 編：阿知波大輔 | ||
| わが名はレギオン(Func Ver.) | 編：阿知波大輔 | ||
| ひどく綺麗に澄んだ場所 | 柳川和樹 | 持たざる者の宮殿 | |
| FJ：ラストバザール | 浅野隼人 | カトラFJ | |
| FJ：プライマルコール | 下田祐 | ウィルベルFJ | |
| FJ：ソードエンソード | 浅野隼人 | ミーチェFJ | |
| 物好きのための物好きなお店で | 下田祐 | カトラBGM | |
| VITA版追加曲 | |||
| FJ：お姉ちゃんの贈り物 | 柳川和樹 | ニオFJ | |
| りんごあめ | Twilight Soundに収録 | ||
| エスカ＆ロジーのアトリエ～黄昏の空の錬金術士～リコレクションアーカイブス収録 | |||
| Don't Panic (OPNA Ver.) | 下田祐 | ||
| PREMIUM PACKAGE SPECIAL CD収録 | |||
| 3人の小休憩 | 柳川和樹 | Twilight noteにも収録 | |
| Secret of Twilight part1 | 下田祐 | Twilight Soundにも収録 | |
| Secret of Twilight part2 | Twilight Soundにも収録 | ||
| 英雲の告げる風 | 柳川和樹 | Twilight noteにも収録 | |
