| 1775年 | 「大学寮設立建白の議」が裁可 |
| 1780年 | 大学寮・開設 |
| 初代総裁:大森兼親(紀州新宮藩主・近衛府参与)・就任 | |
| 教授頭:伴五薹(明倫社出仕)・就任 |
| 主教授 | 各方の最高責任者 |
| 教授 | 各方に数名置かれる研究・教育の中核的役割を持つ |
| 助教 | 各方に数十名置かれ、教授を補助する |
| 講究官 | 研究を主に行う専任の研究職 |
| 教学官 | 教育を主に行う専任の教育職、藩校教授への道が開かれやすい |
| 修学徒 | 藩校から推薦されて大学寮にて教育を受ける学生 |
| 名 | 任期 | 前職 | 後職 | 備考 | |
| 1 | 大森兼親 | 1775年~1783年 | 紀州新宮藩藩主・近衛府参与 | 中興の祖 | |
| 2 | 清水恒雅 | 1783年~1789年 | 林門家出仕の儒学者 | 朱子学を正統学問として整備 | |
| 3 | 中院資孝 | 1789年~1794年 | 藤井寺宮家出仕の儒学者、中院宮家出身 | 京都学派の開祖 | |
| 4 | 藤原定栄 | 1794年~1800年 | 岡藩主、豊後藤原宮家5代目当主 | 律令制研究の中心人物 | |
| 5 | 吉川経純 | 1800年~1806年 | 安芸竹原藩主、安芸吉川宮家3代目当主 | 地方からの俊才を登用 | |
| 6 | 大内正道 | 1806年~1811年 | 守屋家出仕の儒学者 | 実学導入で貢献 | |
| 7 | 松平信章 | 1811年~1817年 | 松平家出身 | 登用試験制度を導入 | |
| 8 | 日野資富 | 1817年~1822年 | 膳所藩主・近衛府参議 | 和歌と国学を尊重 | |
| 9 | 山科成豊 | 1822年~1828年 | 山科藩主 | 万葉集を必修化 | |
| 10 | 林常倫 | 1828年~1834年 | 上方林家当主 | 朱子学を再興 | |
| 11 | 菅原在温 | 1834年~1839年 | 小浜藩主・近衛府蔵部長官 | 記紀研究の第一人者 | |
| 12 | 藤原隆英 | 1839年~1843年 | 近衛府書陵部長官 | ||
| 13 | 戸田尚郷 | 1843年~1848年 | 近衛府書陵部長官 | 蘭学発展に貢献 | |
| 14 | 柳原資雅 | 1848年~1851年 | 高田藩主、柳原宮家出身 | 天文事件で失脚 | |
| 15 | 一条雅経 | 1851年~1854年 | 綾部藩主、一条宮家出身 | 海防論に成果 | |
| 16 | 藤堂恒明 | 1854年~1856年 | 鳥羽藩主、藤堂宮家出身 | 開明派に賛同 | |
| 17 | 阿野資房 | 1856年~1858年 | 大学寮教授頭、上流林家出仕 | 尊皇派の重鎮 | |
| 18 | 鷲尾有礼 | 1858年~1860年 | 大学寮教授頭、鷲尾宮家出身 | 最後の総裁 |
| 1 | 伴五薹 | 1780年~1783年 | 萩藩明倫社出仕 | 学匠の二つ名を持つ、当代一流の儒学者 |
| 2 | 中院道長 | 1783年~1786年 | 文章方主教授、中院宮家出身 | 礼学の第一人者 |
| 3 | 清原宗章 | 1786年~1789年 | 物産方主教授、清原宮家出身 | 地方出身者を登用 |
| 4 | 藤波公衡 | 1789年~1792年 | 近衛府蔵部主官 | |
| 5 | 小槻頼孝 | 1792年~1795年 | 近衛府録部次官 | |
| 6 | 三條公致 | 1795年~1798年 | 飯田藩・成章館教授 | |
| 7 | 花園常房 | 1798年~1801年 | 丹波柏原藩・花園館教授、花園宮家出身 | 公文書整理に定評 |
| 8 | 高辻宗勝 | 1801年~1804年 | 医学方主教授 | |
| 9 | 橘廉通 | 1804年~1807年 | 文章方主教授、橘宮家出身 | 文芸教育の第一人者 |
| 10 | 源雅賢 | 1807年~1810年 | 衛士府少将、源宮家出身 | 武門から登用 |
| 11 | 土御門頼馨 | 1810年~1813年 | 陰陽方主教授、土御門宮家出身 | 陰陽道の第一人者 |
| 12 | 藤原基温 | 1813年~1816年 | 大洲藩家老、止善堂総裁 | |
| 13 | 滋野井孝信 | 1816年~1819年 | 律令方主教授、滋野井家当主 | |
| 14 | 中御門昌輔 | 1819年~1822年 | 近衛府録部主官、中御門宮家出身 | |
| 15 | 大江実相 | 1822年~1827年 | 天文方主教授、天才儒学者:大江国許の子 | |
| 16 | 唐橋兼雅 | 1827年~1828年 | 近衛府蔵部主官 | |
| 17 | 壬生忠尚 | 1828年~1831年 | 衛士府少将、壬生宮家11代目当主 | 礼砲の懸案者 |
| 18 | 近衛昌顕 | 1831年~1833年 | 近衛府書陵部次官、摂関家の流れを持つ名門 | |
| 19 | 阿野資房 | 1833年~1835年 | 上流林家出仕の儒学者 | 国学の発展に貢献、のちに再任 |
| 20 | 広橋隆観 | 1835年~1837年 | 近衛府芸図部主官、広橋宮家出身 | 奏者の出身者 |
| 21 | 源忠雅 | 1837年~1839年 | 衛士府少将、源宮家出身 | |
| 22 | 中山公富 | 1839年~1841年 | 天文方主教授 | |
| 23 | 藤原孝郷 | 1841年~1843年 | 算用方主教授、藤原宮家出身 | |
| 24 | 伊勢貞成 | 1843年~1845年 | 丸亀藩・敬止館教授 | |
| 25 | 花山院教相 | 1845年~1847年 | 近衛府芸図部次官、花山院宮家出身 | 雅楽に貢献 |
| 26 | 広幡経通 | 1847年~1848年 | 近衛府書陵部主官、広幡宮家出身 | 古文書研究に貢献 |
| 27 | 勧修寺定紀 | 1848年~1849年 | 鎌倉勧修寺門主、勧修寺宮家出身 | |
| 28 | 大鳥百藝 | 1849年~1851年 | 洋文方主教授 | 天文事件で暗殺死 |
| 29 | 阿野資房 | 1851年~1856年 | 近衛府参与 | のちに大学寮総裁 |
| 30 | 中御門経亮 | 1856年 | 近衛府録部次官、中御門宮家出身 | 中御門昌輔の子、親子二代 |
| 31 | 鷲尾有礼 | 1856年~1858年 | 近衛府文館部次官、尾鷲宮家出身 | のちに大学寮総裁 |
| 32 | 徳大寺光衡 | 1858年~1860年 | 文章方主教授、徳大寺宮家出身 | のちに湯島大学校学長 |