基本的に /var/www/html/ にそのまま入れればいいが、Git や Rails + Capistrano の場合、/data/ などを設定する場合もあります。複数ドメインをバーチャルホストで動かす場合は、ドメインごとにディレクトリを分けます。
実際には設定ファイル中の DocumentRoot で設定されている。その場所は以下のところにあります。
/var/www/html を chown でユーザに所有権を与えてやるのは、やめたほうがいいです。WordPress などは Apache の権限で書き込みするのでエラーになります。apacheのグループを設定するのがお勧めです。
Apache に限らず、権限を決めるために UNIX ではユーザーとグループを多用するので、覚えておこう。
Gitlab などの CI/CD ツールでは、人間が直接 /var/www/html をいじれません。自動管理で品質を維持する仕組みになっています。
まずはログを確認。Apache の設定やスクリプトのパスがあっているにもかかわらず、
500 internal server error
が出る場合、改行コードに原因があることが大半です。
改行コードに CRLF が入っていると、HTTP ヘッダ・インジェクションに対する脆弱性につながるので、ほとんどの Web フレームワークや Git などのサービスでは、CRLF を自動排除する仕組みになっています。Windows ユーザーと共同作業する場合は、こういう環境を構築するのが良いでしょう。
Apache の文字コードを UTF-8 に統一しましょう。
Apache の httpd.conf ファイルの以下の設定を確認して下さい。
AddDefaultCharset UTF-8