時系列としては覚醒編の暫く後、E1の少し前に該当する。
オリジン軍、Z軍との戦争を終結させ、少しずつだが復興への道を歩み始めた五大文明。その最中、縮小の兆しを見せた時空の裂け目から姿を現したのは、戦国武道会の決勝戦、およびオリジン軍との戦闘の最中に、時空の裂け目に姿を消したはずのナイト達であった。
不死鳥に乗ってやってきた彼らの首領ドラグノワは、自身ら「エイリアンズ・ナイト」と名乗り、神の力を利用することで、荒廃した世界を自身らの思うがままに書き換える計画「世界編纂（フル・コンパイル）」に向けて行動を起こす。
禁術とされた「リバイバル・サイン」を用い、かつて神に反逆した闇の軍勢を復活させるばかりか、Z軍の残党と迎合し、仙界を強襲するなどの数々の条約違反を重ねる彼らに連合軍は制裁を下そうとする。
しかし、異邦の空で新たな力を身に着けたナイト達が織り成す呪文と一体となった戦術の前に、疲弊しきった連合軍はあまりにも無力であった。瞬く間に壊滅状態となり、追い詰められた彼らが運命を託したのは、Z軍の本拠地で発見され、解析中であった「融合転生技術」のデータであった。
相反する存在さえも融合させるその力により、歴史に名を刻んだ超獣が次々と蘇る。伝説のドラゴン率いるサムライ達を仲介に、かつては敵対していたアルカディアス騎士団とバロム一族が手を結び、ひとまずは新型クロスギア開発のために技術班を送り込む形でサイバーロード達もそれに加わる。
それぞれが遺した未来を、今一度守るため、超獣たちの最後の戦いが始まろうとしていた。
| 
