初音市のハッテン促進の仕上げとして敷設された、ニコニコ鉄道本社としては最後の路線。建設にあたってはニコ鉄が全面的に支援した。 過去に初音補完計画の名の下に計画されながらも、資金等の面から断念した地下鉄線を、念願かなって完成させた形である。
その後路線が再編され分割、同時に3号線が追加され、現在の路線網となった。現在各路線の路線名が公募されている。
ラインカラーは明かされていないが、過去に開通した地下鉄線のラインカラーは ● （灰色）であったので、1号線は暫定的に灰色とした。なお3号線は路線名決定の際に別途決定される。
2100年（16回） 1号線いざなみ宮駅〜真子安駅間開業。 2115年（再開発3回・通算19回） 1号線を孔明〜ひいらぎ台〜公明間（環状運転、新1号線）といざなみ宮〜孔明〜真子安間（折り返し運転、新2号線）に分離、3号線長門駅〜ひいらぎ台駅間開業。
2100年に「初音市営地下鉄」として建設された区間。当初は現在の2号線区間も含み、いざなみ宮〜孔明〜みくるヶ丘〜ひいらぎ台〜孔明〜真子安間で「アルファ」の字型運転をしていたが、2115年（再開発）に環状部と折返部で分離され、環状部が1号線となった。
| 駅番号 | 駅名 | 接続路線 |
| 孔明駅 | ● 初音環状線、 ● 雛見沢線、 ● 東方線、 ● 知衣田線、 ● 朝倉線直通区間、 ● 地下鉄2号線 | |
| 村雨四丁目駅 | ||
| 安室駅 | ||
| みくるヶ丘駅 | ||
| 星野藩校駅 | ||
| はるひ野口駅 | ||
| ひいらぎ台駅 | ● 初音環状線、●地下鉄3号線 | |
| 闇眞尼寺駅 | ||
| 琴姫駅 | ||
| （孔明駅） | ● 初音環状線、 ● 雛見沢線、 ● 東方線、 ● 知衣田線、 ● 朝倉線直通区間、 ● 地下鉄2号線 |
2115年に、旧1号線からいざなみ宮〜孔明〜真子安間を分離したもの。
2115年に建設された新路線。初音環状線の東側を南北に貫いている。初音環状線から分離された旧紅世線区間の振興策として、同線の高町駅まで直通運転を行っている。
| 駅番号 | 駅名 | 接続路線 |
