とある大都市の町外れの草原、そこにはシャドウ・ザ・ヘッジホッグがいて、何かを考えていた。 そんな中、風で飛んで来た新聞がシャドウの左足に張り付く。 |50年に一度の夜空の祭典!&br()ブラック彗星、4日後に大接近!| 数秒経つと新聞は再び飛んでゆく。 シャドウ「シャドウ・ザ・ヘッジホッグ...、僕の記憶に刻まれているのは、この名と...、あの忌まわしい映像だけ」 |回想&br()とある施設(スペースコロニー・アーク)をPr.ジェラルド・ロボトニックの娘であるマリアと一緒に連れて走るシャドウ。そこにGUNの兵士らが現れる&br()GUN兵士がマリアに目掛けて銃で攻撃する。&br()シャドウ「[[マリア!>http://neoending.web.fc2.com/game/sagyou/sonia2l.htm]]」| シャドウ「僕は一体何者なのか...そして、僕が、マリアと呼ぶあの女...彼女は...?」 マリアを考える中、上空から赤い雲が現れ、そこから謎の敵である「ブラックアームズ」の兵士達が現れ、街を次々と破壊する。 シャドウ「フッ、人間どもがどうなろうと、僕には関係の無いこと...」 ブラックドゥーム「シャドウ...」 シャドウは振り返る瞬間、謎の声に気づき、ドゥームズアイがブラックドゥームのビジョンを映し出す。 ブラックドゥーム「シャドウ、間もなく約束の時が訪れる...一刻も早く、我のもとに、全てのカオスエメラルドを集めるのだ。」 シャドウ「なぜ僕の名を知っている?、約束とはいったい...!?」 ドゥームズアイが去ると同時に謎の攻撃が発せられる。 シャドウ「フンッ、おもしろい...7つ集めると奇跡を起こすという、カオスエメラルド、その石に僕の答えがあるというのなら、必ずや手に入れてみせる!」 シャドウは攻撃されてる大都市にむかって走り出す。