コスモスと謎の戦士ウルトラマンジャスティスの活躍で、スコーピスの大群と、それを操っていた異形生命体サンドロスは倒された。
一方、マリとギャシー星人シャウが海岸に来た。2人は海底怪獣レイジャと一体化していたギャシー星人ジーンの安否が気になっていた。
マリ「戦いには･･･勝った･･･。でも･･･」
悲しみに暮れていると、海からスコーピスによってレイジャと運命を共にしたと思われていたジーンが姿を現した。
マリ「ジーン!? ジーン!!」
ジーン「マリ･･･」
マリはジーンの元へ駆け寄る。
マリ「ジーン･･･」
ジーン「レイジャが、俺の命を救ってくれたんだ」
マリ「ジーン･･･!」
二人はひしと抱き合った。シャウがそれを見つめていると、ムサシが彼女の肩に手を置く。
シャウ「ムサシ･･･！」
ムサシ「シャウ、初めて笑ったね」
シャウ「良かった･･･みんな無事で･･･」
擬似世界。
シャウ「遂に･･･命の生まれる海は･･･完成しなかった･･･」
ジーン「自浄作用は既に限界だ、この擬似世界も、あと数日で滅びてしまう･･･」
マリ「えぇっ！？じゃあもう地球には･･･」
4人は、研究施設へ行く。
ジーン「システムを停止すれば、この世界は海に沈む。レイジャ達も、元の環境に戻るはずだ」
すると、ギャシー星人達が水槽の中を見て騒ぎ出した。
水槽の中で、命の源が誕生していたのだ。
シャウ「これは・・・！」
ジーン「生まれた･･･!命の源が生まれたんだ!」
シャウ「でも・・・どうして？今まで何度やっても失敗したのに･･」
マリ「う～ん･･･」
ムサシ「きっと、君たちが大切なものを取り戻したから･･･」
シャウ「大切なもの･･･?」
ムサシ「そう･･･だから、新しい命の光が生まれた･･･！」
しばらくして、コスモスがスコーピスによって破壊された町を修復した。同時に、シャウたちの宇宙船も飛び立った。
マリ「コスモース！」
ムサシ「ウルトラマンコスモスー！」
飛び去っていくコスモスの後についていく宇宙船。すると、シャウとジーンがテレパシーでムサシとマリに語りかける。
ジーン「有難う、マリ」
マリ「ジーン・・・」
マリ「さよなら・・・ムサシ」
ムサシ「さよなら・・・シャウ！」
コスモスとシャウたちの宇宙船は、宇宙に向かって飛び去っていった―――――。
（終）
