DEFENDディフェンド
防御を行うコマンドです。このコマンドを選択すると、1ターンの間、防御力や回避率が上がります。ただし、そのターンでは他の行動が行えません。
戦闘コマンドを選択していくと、パネルのフォーメーション表示部分が切り替わります。これは、決定した行動を表すもので、それぞれ次の意味があります。
SWORD
コマンドの選択を意味します。
GUN
コマンドの選択を意味します。
PERSONA
コマンドの選択を意味します。
PRS-CHG
コマンドの選択を意味します。
ITEM
コマンドの選択を意味します。
DEFEND
コマンドの選択を意味します。
BAD
行動不能のバッドステータスにかかっていることを意味します。
戦闘は1ターン単位で行います。1ターンとは、全てのキャラクターや敵が、各1回ずつ（ボスなど例外あり）行動した状態をいいます。1ターン戦闘を行うと作戦コマンドに戻り、再度入力を行います。
行動順は、全てのキャラクターと敵のAGL（素早さ）の順が基本となります。素早いキャラクターほど早く行動することができます。ただし、実際にはLUK（運）の数値も絡み、多少の変化があります。
遭遇した敵を全て倒すと戦闘終了となります。戦闘終了時には、お金や経験値を得ることが出来ます。また、敵が落としたアイテムを得る場合もあります。これらの情報は、戦闘終了時に表示される「RESULT INFORMATION」（リザルトインフォメーション）で、確認できます。また、レベルアップ、降魔レベルアップについてもこの表示で確認できます。逆に、パーティが負けた場合も戦闘終了となります。この場合はゲームオーバーになってしまいます。ゲームオーバーになるとタイトル画面に戻り、前回セーブしたデータからやりなおさなくてはなりません。
ゲームオーバーの条件
戦闘中に、パーティの全員が「DYING」・「PALYZE」・「STONE」・「PUPPET」のいずれかのステータスになるとゲームオーバーになります。
取得経験値の貢献度システム
取得できる経験値は、各キャラクターごとに変化します。取得経験値量は、その戦闘にどれだけ貢献したかによって決定されます。バッドステータスなどにかかり、行動できなかったターンが多いと得られる経験値が減ってしまいます。これは、ペルソナポイント（降魔レベルでの経験値に相当するもの）においても同様です。
戦闘中にキャラクターのHPが「O」になると瀕死状態（DYING）になり、戦闘から離脱してしまいます。
戦闘を離脱したキャラクターは、戦闘終了時にHP「1」の状態で復活します。この場合、そのキャラクターの復活ポジションを決める必要があります。復活させるキャラクターがいる場合は、戦闘終了時にフォーメーションパネルが表示されます。復活させる位置をカーソルで選び、◯ボタンで決定してください。戦闘中に魔法などで復活させる場合も、同じ操作をします。
戦闘終了時に得た経験値が一定量たまるとキャラクターはレベルアップし、STR（カ）や、VIT（体力）などのパラメーターがアップします。レベルアップを重ねていくと、より強い敵と戦っても勝てるようになります。
1つレベルアップすると、パラメーターが3つ振り分けられます。主人公以外のキャラは、そのキャラの性質に合わせて自動的に振り分けられますが、主人公の場合は任意に振り分けることができます。
レベルアップしたキャラクターがいる場合は、戦闘終了時にレベルアップ画面が表示されます。主人公の場合は、方向キーの上下でアップさせたいパラメーターを選び、方向キーの右か◯ボタンで振り分けます。一度振り分けたポイントをキャンセルしたい場合は、方向キーの左か╳ボタンを押します。振り分けたポイントを全てキャンセルしたい場合は、▢ボタンを押します。
レベルアップ画面で表示される数値のいくつかは、黄色く表示されます。これは、レベルアップによって、またはパラメーターアップによって、増加した数値であることを示します。また、主人公以外のキャラクターの場合もレベルアップ画面が表示されますが、これは確認のための画面で、振り分けをすることはできません。
降魔レベル（チャージできる、ペルソナのレベルの上限を示すもの）も通常レベル同様、戦闘終了時に得たペルソナポイントが一定量たまるとレベルアップします。降魔レベルが上がると、より強いペルソナをチャージできるようになります。
チャージしているキャラクターに大きく影響しているペルソナも、キャラクターの成長に欠かせない要素です。ペルソナ自身も戦闘を重ねることによって、ランクがアップします。ランクアップは、ペルソナを発動させる回数が影響します。キャラクターとは異なり1ターン毎に熟練度が加算されるため、戦闘中に新しい魔法などが使えるようになる場合があります。
ペルソナのランクがアップすると、パラメーターのUPと共に、使える魔法や、特物攻（特殊物理攻撃）などが増えます。ランクは1～8段階ランクまであり、それぞれのランクに対して必要な熟練度が決まっています。
戦闘画面でのキー操作
作戦コマンド入力待ちの状態でR2ボタンを押すことにより、キー操作の一覧を表示することができます。どの処理がどのボタンに対応しているかは、「コントローラせってい」により変化しますので、ここでは戦闘中に使える特殊キ一の内容についてのみ説明します。
選択中に全てをキャンセルする（作戦コマンドに戻る）ことができます。
作戦コマンド入力待ちの状態で特定のキーを押すと、キャラクターの一覧が表示されます。パーティ表示パネル上では表示されない、HP、SPのMAX値や、アクティブ状態のペルソナなどを確認することができます。
戦闘フィールド上に表示されている全敵の名前を確認することができます。
特定のボタンを押すことにより、オンラインヘルプモードに切り替えることができます。このモードは、コマンドや魔法、アイテム選択時に、常にそれらのヘルプ（説明文）を表示させておくことができるモードです。もう一度同じボタンを押すことにより、キャンセルすることができます。
作戦コマンド入力待ちの状態で、特定のボタンを押すと、コンフィグ設定のうち、戦闘に関わる部分のみを表示させることができます。もちろん、変更することが可能です。
各ボタンでおこなえる処理の一覧を表示させることができます。これは、「コントローラせってい」が変わっても、必ずR2ボタンに対応しています。
先制攻撃、バックアタックについて
敵とエンカウントした時、「先制攻撃」や「バックアタック」という特殊な状況で戦闘がスタートする場合があります。
パーティの先制攻撃を行うことができます。最初の1ターンは、敵悪魔が未行動になります。月齢が「NEW MOON」に近いほど、また、AGL（素早さ）とLUK（運）が高いほど、起こりやすくなります。
敵の不意打ちです。最初の1ターンはパーティが未行動になります。月齢が「FULL MOON」に近いほど、また、AGL（素早さ）とLUK（運）が低いほど、起こりやすくなります。なお、バックアタックの場合は、パーティのフォーメーションが前後逆になります。
