F型の改修機としては機雷排出機の『ザク・マインレイヤー』がロールアウトしている。
他にも頭部バルカン砲を装備し白兵戦能力を向上させた指揮官機のFS型もあり、
ガルマ・ザビもFS型の専用機を保有していた。
F型やC型を強行偵察仕様に改修したザクもあり、『MS-06E』や『MS-06E-3』が知られている。
E-3型は頭部がカメラ型に改造され『ザク・フリッパー』とも呼称されている。
強行偵察型ザクは一部は地球に降ろされ、アフリカらしき地で砂漠迷彩塗装の機体がスクラップ化したゲルググと映った写真も残っており、
残存機は地球連邦軍に接収され偵察用に使用されるケースもあった。
宇宙戦向きのF型やC型の空間用装備をオミットして空式冷却等大気圏内により適応した改修機が『MS-06J』で地球上で投入されたザクの多くはこのJ型である。
しかし制御用バーニア等の空間戦要装備を取り外したせいで、宇宙内では溺れる現象も確認されボールにも難なく撃破されてしまった。
またJ型には地上軍のエースパイロットのエルマー・スネル大尉の乗る『ホワイトオーガー』の異名を持つ白いカラーのエース仕様のザクも確認されている。
J型のマイナーチェンジとしては、東南アジア戦線で確認されたコクピットやシールドアーマーが改造を受けているJC型がある。
ただ純粋にJ型として製造された機体は同時期に局地戦用モビルスーツ開発と生産のため少なかったようで単体もしくは数機小隊で運用されていたようである。
このJ型をベースに様々な局地用ザクが開発投入された。
アフリカ戦線ではJ型の需要が高く、同機を熱帯戦用に改修した『MS-06D デザートタイプ』が投入された。
D型はブレードアンテナ式の他にツインアンテナ式の機体もあり、生産型も前期型と後期型に分かれている。
本機はグフと共同運用も少なくなく、またデザートタイプのザクはアフリカのドムタイプの足りない分の代替機として活躍している。
デザートタイプは終戦後はジオン残党勢力や現地民の解放戦線によって連邦基地から奪った資材を用いてリニアシート対応等の改修を受け、
ディザート・ザクとして生まれ変わった。
連邦のモビルスーツへの対策として砲撃支援用の『MS-06K』通称『ザクキャノン』が開発され、試作機9機が製造された後にマイナーチェンジや
簡易仕様の『ザクハーフキャノン』も開発され少数量産された。
ザクキャノンは戦後連邦に接収、宇宙用に改修され現役で使われている。
水陸両用モビルスーツに先駆けてF型ベースの水中用のザク・マリンタイプも開発されたが試験機の域を出るものではなく、早々に
ゴッグのような純水陸両用モビルスーツにシフトした。
漫画「機動戦士ガンダム フラナガン・ブーン戦記」では試作機の1機が主人公のフラナガン・ブーンの愛機になっていた。
別の漫画の「機動戦士ガンダム MS IGLOO603」では試作水中用ビーム砲『エーギル』の砲撃制御のためザク・マリンタイプが使用され、
ギュンター・ローズマン曹長が操縦した。
ザク・マリンタイプ自体は戦後地球連邦軍によって接収され、再生産されている。
この機体はハイザックのコクピットつまりリニアシートに換装されており、マリン・ハイザックという機体名で呼称されている。
作業用特化としては『MS-06W』という機種もあり、頭部はザクⅠの物の使用が多かった。
また破壊されたザクⅡやザクⅠはマゼラ・ベースと組み合わせて作業用の『MS-06V』ザクタンクとして再利用されるケースも確認されている。
ザクタンクは密林伐採用で大型アームを装備したグリーンマカクや左碗にザクマシンガンを装備した重火器型のワイルドボアのようにバリエーションが
豊富であり、
ザクキャノンのキャノン砲を改造で取り付けた機種も目撃されている。
また下半身のマゼラ・べースはザクの大きさに合わせて新造された機種もあるという。
戦後はジオン残党のみならず接収した連邦軍でも使用され続けられ、ある機体はスペースコロニー「タイガー・バウム」においてスタンパ・ハロイの
モビルスーツコレクションに加えられており、2機ほど確認されている。
一方宇宙方面でも高機動と高運動性に特化した『MS-06R』が開発されている。
R型はプロトタイプを経て初期型の『MS-06R-1』が数十機ロールアウトし、後にプロペラントタンクをカートリッジ化した後期型の『MS-06R-1A』が追加生産及び既存型を改修した形で投入されている。
しかし生産数の少なさから「R型を手に入れるのは戦艦を沈めるより難しい」と皮肉られた。
後に強化型の『MS-06R-2』が開発されたが、リック・ドムとのコンペに敗れて総生産数は4機止まりである。
R-2型の試作型はビーム兵器の試験用も兼ねていたが満足いく出力は得られなかったが、更に改修された『MS-06R-3』もロールアウトしている。
こちらは外見がゲルググに近くなっており、ゲルググの試作試験機に近い機体であるが、非公式に『ザクⅢ』とも呼ばれている。
F型自体も対モビルスーツ戦、対弾性能だけではなく地上戦にもより対応している後期型の『F2型』が開発された。
この機体は0083年のおいて連邦軍の主力機のジム改にも引けを取らない性能を有しているという。
F2型は戦時中はアフリカ戦線等、一部のみの投入だったが、戦後以降はデラーズ・フリートのようなジオン残党の主力戦力だけではなく、地球連邦軍も訓練機として色を塗り替えた本機を使用した。
更にF2型の胴体等のジャンクパーツはデラーズ・フリートが独自に開発した『MS-21C』ドラッツェにも流用されている。
チャック・キースも鹵獲された訓練用ザクF2に搭乗し、搭乗機の頭部を破壊されながらもドム・トローペンを撃墜し、本機の性能の高さを示す一例になっている。
大戦末期では統合整備計画で再設計された『MS-06FZ』が少数投入されている。
またザクは試験機に改修されることもあり、リック・ドムの検証用のテストヘッドにもザクが使用された。
別の試験型としてはサイコミュ搭載型NT専用モビルスーツの開発計画である『ビショプ計画』のテストヘッドとしてもザクがベースになり、
『MS-06Z』サイコミュ試験用ザクがロールアウトした。
この機体はビーム兵器を内蔵しジオングやブラウ・ブロと同様に有線式サイコミュによるオールレンジ攻撃を可能にしている。
しかし試験機そしてザクベースの限界から稼働時間は10分程度と短い。
サイコミュ試験用ザクの2号機はジオングの前身の『MSN-01』高機動型サイコミュ試験型ザクに足の部分を中心に改修された。
戦争末期にて小惑星基地ぺズンで進められた『ペズン計画』でザクの発展型のアクト・ザクも試作された。
この機体はビーム兵器を使用可能でマグネット・コーティング処理済みだったがパイロットの負担も重い仕様だった。
第一次ネオ・ジオン戦争時には通常機や水中用ザクをベースにした連邦軍製のザク・マリナーが投入されたが、その多くがネオ・ジオンに接収された。
連邦製だがジオン残党兵にはアクシズ製のカプールより信頼性があったようで、
ラプラス事変でもカプールや
ズゴック等と一緒に投入された。
UC0120年頃には火星のジオン残党「オールズモビル軍」によってザク等の旧モビルスーツが火星にて使用されている。
このオールズモビル軍の前期型のザクの外見はほぼF型だが内部構造は最新鋭のものである。
遙か未来の正歴においてはマウンテンサイクルからザクに似たモビルスーツが発掘され、反ムーンレイス抵抗軍のミリシャから『ボルジャーノン』と呼称された。
パラレル時空の「機動戦士ガンダム サンダーボルト」のF型は大型ランドセル(バックパック)を装備し、関節部もシーリング処理に変更等、
細部も変更され暗礁宙域により適応した仕様になっている。
ビッグ・ガンと呼ばれる長距離固定砲台の砲撃手としてザクが使用された。
設定では『リビング・デッド師団』所属仕様で他の部隊では見られないこの部隊独自の仕様と設定されている。