インター版変更点
ヴィンセントのアクション
2段ジャンプ、ジャンプショット、ジャンプ格闘が追加。ローリングがなくなりスライドダッシュに。
Extra Features
オリジナル版にあった「MultiPlayer」「PlayOnline」が削除され新たに「Extra Features」が追加。
「記憶の断片」「キャラクタービューア」「アートギャラリー」「サウンドギャラリー」「エクストラミッション」が収録。本編のカプセル、エクストラミッションのカプセルを破壊してやっと視聴可能に。「記憶の断片」では本編のイベントに加え「既往章」（オンラインのイベント/日本語）と「御負章」（PVなどの映像）が追加。
「記憶の断片」「キャラクタービューア」「アートギャラリー」「サウンドギャラリー」「エクストラミッション」が収録。本編のカプセル、エクストラミッションのカプセルを破壊してやっと視聴可能に。「記憶の断片」では本編のイベントに加え「既往章」（オンラインのイベント/日本語）と「御負章」（PVなどの映像）が追加。
エクストラミッション
その他の追加・変更要素
- 音声が英語に。字幕が一部追加。
- 難易度イージーが削除され、新たにEXハードモード（クリア後）が追加。
- 「Mケルベロス」「Mヒドラ」「Mグリフォン」「ハートオブメイジ」（およびその派生）が追加。
- 「ラピッドファイア」「Sオートスコープ」「オートスコープ」削除。
- コンフィグで照準を「全自動」「半自動」「手動」から選択可能。
- リミットブレークの仕様がMP消費からアイテム「リミットブレーカー」消費に。
- 戦績評価の「リミットブレイク回数」が「魔法使用回数」に。
- 装備品、アイテムの入手場所が一部変更。
- 装備品のパラメータが一部変更。
- 銃を構えたときの視界が広くなった。（移動時と同じに）
- 9章の無限に沸く虫の経験値が15から5に。
- 10章にサボテンダー出現ポイント追加。
- ショップが増加。
- タイトル画面のコピーライトが2007に。（なぜ？）
