| 曲名 | ゲーム内「開発2部」 サウンドモードの曲名 |
補足 | 順位 |
| Disc1 | |||
| 旅の幕開け | システム | システムデータ管理画面 | |
| オープニングタイトル | オープニング | オープニング | オープニング258位 |
| ブルーのテーマ | 運命への道 | ブルー編・オープニング | |
| 滅びゆくマーグメル | 小さなぬくもり | マーグメル | |
| 正調・ヨークランド節 | リュートエンド | リマスター版リュート編・エンディング ヒューズ編リュートルート・エンディング |
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| ボロ | 村の広場 | ボロ | |
| 戦え！アルカイザー | アルカイザー | アラクーネ・シュウザー戦など | 第5回986位 |
| エミリアのテーマ | エミリア | エミリア編・名前入力・ラムダ基地潜入1回目 | |
| アセルスのテーマ | 運命に負けはしない | リマスター版ヒューズ編 アセルスルート・オルロワージュ登場時 |
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| まよい | 枯れ葉舞う街角 | アセルス編・ファシナトゥール | 初代PS256位 |
| Dungeon #1 | 地下迷路 | クーロンの自然洞窟など | |
| Battle #1 | 戦い | 通常戦闘 | 第2回253位 第3回226位 第5回986位 スクエニ271位 RPGバトル430位 通常戦闘曲26位 |
| 勝利！ | 凱歌 | 戦闘勝利 | |
| 新天地へ | シップドライブ | シップで移動中 | |
| Sunset Town | のどかな日々 | シュライク・ルミナスなど | |
| Let's Swing！ | 酒場 | スクラップやネルソンの酒場など | |
| 対決！カバレロ一家 | 対決！カバレロ一家 | T260G編＆クーン編・カバレロファクトリー突入 | |
| 済王陵古墳 | 済王陵古墳 | 済王の古墳 | |
| 武王古墳 | 武王陵古墳 | 武王の古墳 | 和風309位 |
| Battle #2 | 闘技場 | 仮面武闘会・スカルラドン戦など | |
| 中島製作所 | 中島製作所 | 中島製作所 | |
| 闘機場 | 闘機場 | ボロの闘機場・ブラックレイ(潜入発覚前)・ネルソンなど | |
| レオナルド・ラボラトリー | イトケン大丈夫か？ | レオナルド研究室 | |
| キグナスのテーマ | キグナス | キグナス | |
| バカラ | カジノ | バカラ | |
| ドゥヴァン | ドゥヴァン | ドゥヴァン | |
| 九龍 | クーロン | クーロンの街 | 町曲162位 夜67位 |
| Battle #3 | 激闘！ | ルージュ戦など | |
| 全滅… | 全滅…… | 全滅 | |
| N・E・X・T | 宿屋 | アイキャッチ画面 | |
| Disc2 | |||
| 碧い街 | 京 | 京 | スクエニ222位 和風175位 |
| オーンブル | オーンブル | オーンブル・光の迷宮 | |
| 古代シップ | ここはどこだ？ | シンロウの古代のシップ | |
| ディスペア | ディスペア | ディスペア | |
| HQ | HQ | HQ・キャンベルビル上層・ラムダ基地潜入(2回目)など | |
| Booby Trap | 小悪党のテーマ | ノーマッド登場時 | |
| Hey！FUSE | ヒューズ | ヒューズ登場時・IRPO | |
| 戦慄 | 最終兵器 | 最終兵器前半 | |
| オウミ | オウミ | オウミ・メサルティム登場時 | |
| シンロウ | シンロウ王宮 | シンロウ | |
| 麒麟のテーマ | 麒麟の空間 | 麒麟の空間 | |
| シュウザー | タルタロス | シュウザー基地・タルタロス・モンド基地など | |
| 危険！ | 危険 | クーン編・タンザー脱出時など | |
| Battle #4 | バトル2 | 済王・時の君・麒麟戦など テレビCMにオーケストラ演奏で使用された |
第2回95位 第3回119位 第4回454位 第5回603位 第6回331位 第7回238位 第8回456位 第9回657位 第10回785位 第11回416位 第14回839位 スクエニ46位 第2回スクエニ263位 初代PS65位 歴代262位 1990年代223位 |
| Back Street of 九龍 | 裏クーロン | クーロン・裏通り | |
| ALONE | 生命科学研究所 | 生命科学研究所 | 第4回343位 第6回296位 第7回527位 第8回786位 第2回スクエニ76位 ダンジョン5位 初代PS24位 |
| 時の調べ | 時の宮殿 | 時間妖魔のリージョン | |
| オルロワージュのもとに | ファシナトゥール | アセルス編・ファシナトゥール2回目 | |
| 針の城 | 針の城ラスト | 針の城上層部 | |
| 闇の迷宮 | 闇の迷宮 | 闇の迷宮など | |
| マジックキングダム | 瓦礫の王国 | ブルー編・マジックキングダム（崩壊後） | ダンジョン250位 |
| Battle #5 | 中ボス | 影騎士・メタルブラック・メタルアルカイザー戦など | 第1回71位 第2回95位 第3回82位 第4回121位 第5回73位 第6回131位 第7回75位 第8回141位 第9回254位 第10回384位 第11回206位 第12回232位 第13回394位 第14回217位 第15回339位 第16回293位 第17回760位 スクエニ46位 第2回スクエニ121位 RPGバトル101位 初代PS26位 1990年代61位 ボス戦15位 |
| 旋律 -しらべ- | 傷心 | アセルス編・白薔薇姫との別れ | |
| Resolution | 疑惑 | メタルブラック基地など | |
| Disc3 | |||
| ムスペルニブル | ヴァジュイール | ムスペルニブル | |
| ワカツ | ワカツ | ワカツ | 和風180位 |
| ブラッククロス基地 | ブラッククロス | ブラッククロス本部 | |
| 地獄 | 地獄 | 地獄 | |
| 最終兵器 | プログラム | 最終兵器後半 | ダンジョン25位 |
| 絶対… | ヨークランド山岳 | 忘られし聖堂 | |
| Last Battle -Asellus- | アセルスボス | アセルス編・ラストバトル | 第1回98位 第2回239位 第6回672位 第7回845位 第8回635位 第9回765位 第12回986位 スクエニ222位 ラストバトル233位 第2回ラストバトル410位 RPGバトル304位 初代PS124位 |
| Last Battle -Blue- | ブルーボス | ブルー編・ラストバトル | |
| Last Battle -Coon- | クーンボス | クーン編・ラストバトル | |
| Last Battle -Red- | レッドボス | レッド編・ラストバトル | ラストバトル208位 RPGバトル272位 初代PS259位 |
| Last Battle -T260G- | メカボス | T260G編・ラストバトル | 第1回85位 第3回179位 第4回90位 第5回32位 第6回23位 第7回40位 第8回52位 第9回89位 第10回365位 第11回146位 第12回313位 第13回762位 第14回377位 第15回285位 第16回219位 第17回311位 スクエニ76位 第2回スクエニ21位 ラストバトル9位 第2回ラストバトル22位 RPGバトル33位 初代PS9位 歴代54位 1990年代62位 |
| Last Battle -Lute- | リュートボス | リュート編・ラストバトル | |
| Last Battle -Emilia- | エミリアボス | エミリア編・ラストバトル | 第2回196位 第6回860位 スクエニ113位 第2回スクエニ285位 ラストバトル152位 第2回ラストバトル133位 RPGバトル373位 初代PS116位 |
| ラモックス・ビート（Ending -Coon-） | プラスティックドール | クーン編・エンディング | |
| 運命 -さだめ-（Ending -Blue-） | ブルーエンド | リマスター版ヒューズ編 ブルー/ルージュルート・双子対決時 |
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| Dear My Country（Ending -Lute-） | ヨークランド | ヨークランド | |
| FIGHT！R3X!!（Ending -Red-） | R3X | レッド編・エンディング | エンディング284位 |
| 走馬灯のごとく…（Ending -Asellus-） | アセルスエンド | アセルス編・エンディング | エンディング217位 |
| みちみたりて（Ending -Emilia-） | 救いは御名の下に | エミリア編・ラストバトル前・エンディング | |
| 少年の日の想い出（Ending -T260G-） | メカエンド | T260G編・エンディング | |
| クーンのテーマ | クーン | ボーナストラック（本編未使用） 開発2部・酒場の伊藤賢治会話時BGM |
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| サウンドトラック未収録・サガ20周年ボックスDisc1＆リバイバル版サウンドトラック収録曲 | |||
| 涙あふれて | 涙あふれて | アセルス編・炎の従騎士戦後 | |
| 秘術獲得！ | ファンファーレ | 秘術の資質会得時 | |
| Mechanical World | メカ2 | 開発2部・酒場 リマスター版ヒューズ編T260Gルート・最終兵器 |
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| Heat Up! | 追跡 | エミリア編・シンロウなど | |
| More Heat Up!! | 追跡2 | レッド編・密輸品発見時など | |
| Go! Go!! Victoria | マーチ | ビクトリア | |
| Dream Bubbles | リージョン移動 | リージョン移動 | |
| リマスター版追加曲・リバイバル版サウンドトラック収録曲 | |||
| Hey！FUSE～DANDY MIX～ | ヒューズ編・オープニング | ||
| Last Battle -Fuse- | ヒューズ編・ラストバトル | 2021年138位 | |
| Twilight Scene（Ending -Fuse-） | ヒューズ編・エンディング | 2021年377位 | |
| リバイバル版サウンドトラック e-STORE期間限定特典曲 | |||
| 未開領域（フロンティア）の予兆 | 発売前紹介映像BGM（開発中・本編未使用） | ||
