| 管理局名 | 所在地 | 管轄主要路線・地域 |
| 札幌鉄道管理局 | 北海道札幌市 | 函館本線(岩見沢〜旭川)、室蘭本線、宗谷本線、石北本線 |
| 函館鉄道管理局 | 北海道函館市 | 函館本線(函館〜長万部)、江差線、道南ローカル線(第三セク連携) |
| 釧路鉄道管理局 | 北海道釧路市 | 根室本線、釧網本線、花咲線 |
| 盛岡鉄道管理局 | 岩手県盛岡市 | 東北本線(盛岡〜青森)、花輪線、山田線 |
| 仙台鉄道管理局 | 宮城県仙台市 | 東北本線(郡山〜一ノ関)、仙山線、常磐線(いわき〜仙台)、仙石線 |
| 東京鉄道管理局 | 東京都千代田区 | 東海道本線(東京〜熱海)、中央本線(東京〜塩尻)、総武本線、常磐線(上野〜いわき)、首都圏在来線全域 |
| 横浜鉄道管理局 | 神奈川県横浜市 | 東海道本線(横浜〜熱海)、横須賀線、根岸線、南武線 |
| 高崎鉄道管理局 | 群馬県高崎市 | 高崎線、上越線(高崎〜水上)、信越本線(高崎〜軽井沢)、吾妻線、八高線 |
| 新潟鉄道管理局 | 新潟県新潟市 | 上越線、信越本線(直江津〜新潟)、羽越本線、磐越西線 |
| 長野鉄道管理局 | 長野県長野市 | 信越本線(軽井沢〜直江津)、中央本線(塩尻〜甲府)、大糸線 |
| 静岡鉄道管理局 | 静岡県静岡市 | 東海道本線(熱海〜浜松)、身延線 |
| 名古屋鉄道管理局 | 愛知県名古屋市 | 東海道本線(豊橋〜米原)、中央本線(名古屋〜中津川)、関西本線 |
| 金沢鉄道管理局 | 石川県金沢市 | 北陸本線(敦賀〜直江津)、七尾線、氷見線、城端線 |
| 大阪鉄道管理局 | 大阪府大阪市 | 東海道本線(米原〜姫路)、大阪環状線、関西本線(加茂〜難波)、阪和線 |
| 京都鉄道管理局 | 京都府京都市 | 東海道本線(米原〜京都〜大阪)、山陰本線 |
| 岡山鉄道管理局 | 岡山県岡山市 | 山陽本線(姫路〜糸崎)、伯備線、津山線 |
| 広島鉄道管理局 | 広島県広島市 | 山陽本線(糸崎〜下関)、呉線、芸備線 |
| 高松鉄道管理局 | 香川県高松市 | 予讃線(高松〜観音寺)、高徳線、土讃線(多度津〜大歩危) |
| 松山鉄道管理局 | 愛媛県松山市 | 予讃線(伊予市〜宇和島)、内子線、予土線 |
| 福岡鉄道管理局 | 福岡県福岡市 | 鹿児島本線(門司港〜八代)、長崎本線、日豊本線(小倉〜大分) |
| 熊本鉄道管理局 | 熊本県熊本市 | 鹿児島本線(八代〜川内)、肥薩線、三角線 |
| 鹿児島鉄道管理局 | 鹿児島県鹿児島市 | 日豊本線(大分〜宮崎〜鹿児島)、指宿枕崎線 |
| 那覇鉄道管理局 | 沖縄県那覇市 | 沖縄本線 |
