カンタルシア帝国に占領された大日本王国。神徳陛下が極刑に処され国内は恐怖に包まれていた。そんな中で統治に来た妙治閣下は信頼を勝ち取っていきその内とても厳しいことを突きつけるようになった。あまりにも厳しい統治を行い始めた為国内ではカンタルシア帝国の統治に対する反乱と独立の機運が高まっている。そんな情勢の中冠仏戦争中に反乱が起きた。この反乱自体は鎮圧されたが対フランス戦で占領軍の損失が激しかったこともあり反乱軍兵の多くが九州に逃れた。
日向での新陣営設立
冠仏戦争にて反乱軍を結成した独立派の人々は、南九州に大日本共和国の建国を宣言した。彼らは国民や王国時代の同盟国に支援を呼びかけ、そしてカンタルシア帝国に宣戦布告した。その後すぐにカンタルシア帝国も反乱鎮圧を行うと発表した。反乱軍は共和国と名乗ったものの国民を結束させるには象徴が必要と考え、神徳天皇の皇太子で在られた大和宮実親殿下が天皇の座につかれた。
四国の乱
カンタルシア帝国が四国に上陸部隊を派遣。反乱鎮圧を開始した。四国にいた反乱軍はゲリラ戦法で耐えようとしたが、カンタルシアの物量攻撃になす術なく全滅した。四国を占領したカンタルシアは早川総理に反乱の責任を負わせ、晒し首にされた。
一時の平和
カンタルシアは世界各国から非難されたことを受け、民間人が四国から避難することを認めた。しかし、反乱軍には航空機を用意する余裕がなかった為、自国の民間航空会社で日向に拠点を置く日向航空とアラビア連合帝国に避難支援を要請した。このこともあり、四国に住む200万人あまりの避難を5日で終わらせることに成功する。
義勇軍派遣発表と到着
大日本とカンタルシアに義勇軍が到着した。大日本には(多い順)蒼星連邦国太平洋艦隊、帝政スミトラント強襲上陸部隊、おさかな帝國第一輸送艦隊・陸軍第一機甲師団、IDCより観戦武官が支援に駆けつけた。カンタルシアには邦人保護を目的としてエルトシアの第Ⅲ軍集団並びに川内級駆逐艦が派遣された。ただし、この時点ではおさかな帝國とエルトシアの義勇軍だけが到着していた。
南九州上陸作戦
カンタルシアによる四国制圧から数日。カンタルシアとエルトシアは全土制圧を目標に前進を開始した。しかし、あらかじめこの作戦を予測していた反乱軍はおさかな帝國第一機甲師団と海岸防衛を行っていた。しかし、万全な体制であったはずが北部沿岸を担当していたおさかな帝國司令官が海が荒れていることから上陸してこないだろうと考えて守りを手薄にしてしまった。この手薄になってしまったところを突破口に大量の敵が流れ込んできた。
延岡攻略戦
カンタルシア連合軍は北部海岸防衛隊を殲滅した。その後、延岡防衛隊と激戦を繰り広げた。最初はカンタルシアが優勢であったが中部海岸防衛隊が合流したこともあり、粘り強い抵抗を見せた。反乱軍側では占領軍から鹵獲したHT-3 エレファントやM-3ドアルクー、おさかな帝国陸軍PM02や第一突撃隊などが活躍した。
延岡制圧
反乱軍が粘り強く抵抗した延岡戦だったが限界がきてしまい住民が避難し終わると反乱軍は撤退する事を決め、延岡を後とした。連合軍は一気に兵を進めて延岡に入城した。ゲリラ化した反乱軍を一掃する際にはカンタルシア連合軍はこれを見て「反乱軍は口ほどにもない。」と調子に乗り出してしまった。又、連勝の旨がカンタルシア皇帝に伝わると皇帝から勅諭という形で戦いに出ている兵に向け帰還できれば褒美があると伝えられた。
カンタルシア連合軍行軍準備
延岡に兵を進めた連合軍は第二首都である日向を落とすべく兵を集め出した。一方の反乱軍側は近隣諸国からの協力もあり、連合軍側の動きを把握できていた。そして、間もなく義勇軍が到着する事がわかった。
義勇軍到着と延岡奪還と要人救出
蒼星連邦国太平洋艦隊、帝政スミトラント強襲上陸部隊、アラビア連合帝国で訓練を受けていた海軍陸戦隊が到着した。状況は一気に変わり、スミトラントの上陸部隊が四国に取り残された大臣などの回収を担当し見事これを達成。蒼星連邦の太平洋艦隊は沿岸部からカンタルシア連合軍の陣地を砲撃するとともに信玄型と艦隊決戦を挑み信玄型を撤退させた。蒼星連邦はこの事を受け、海軍の更なる拡充を検討する事となる。
共和国成立
無事に南九州の領土を取り返した反乱軍は大日本共和国の建国を宣言する。又、カンタルシアの一連の動きを見ていた各国は大日本に同情しこれを認めた。これを受けカンタルシア皇帝は大激怒して共和国の粉砕を命令した。この命令でカンタルシア帝国陸海空軍の多くの戦力を四国に派遣してそこから攻め落とそうと考えていた。
四国沖大海戦
信玄型が撤退した変わりにカンタルシア連合海軍は駆逐艦や巡洋艦を派遣してきた、この艦隊と蒼星連邦の太平洋艦隊とスミトラントの強襲上陸部隊の護衛についていた駆逐艦が戦闘状態に突入して開始された。この戦いで双方は多数の損害を被ることとなる。
四国沖大空戦
先の海戦で損害を被ったカンタルシア連合軍は共和国側の輸送艦を航空機を使って轟沈し始めた。反乱軍側は対抗策として旧大日本王国空軍第一航空師団やスミトラント強襲上陸艦の艦載機それに蒼星連邦の太平洋艦隊所属の空母などから数百機が出撃し、これに対抗してカンタルシア連合軍が航空機を出撃させたことで起こった大空戦。
独立への第一歩
カンタルシア帝国は戦争の更なる泥沼化や国内に広がり出した反戦感情などを理由に南九州の独立を黙認すると発表した。この戦争で共和国側は義勇軍合わせて約四千人（我が軍は234人）、カンタルシア側は約三千人とかなりの犠牲を出した戦争であった。
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