今日はピーチ姫の誕生日です ここピーチ城ではピーチ姫のお誕生日パーティの祭りの中、マリオとルイージ、そして青と黄色のキノピオもいた。 そんな中、差出人不明の巨大なバースデーケーキが出てきた、驚いたピーチはそのバースデーケーキに近づいた瞬間… 突然、クッパの息子ことクッパJrとコクッパ７人衆がケーキの中から現れ、巨大なバースデーケーキを ピーチ姫にかぶせた後、運んだまま連れ去る、それを見たマリオとルイージそして青・黄キノピオ二人はコクッパを追いかけ、 クッパの手下らは船に乗り込み逃走し、４人は城から飛び降りて追いかける。 一方、キノピオらは誕生日パーティの時に置かれていた、プロペラのキノコ、ペンギンを模したスーツが書かれている箱を 大砲に放り込み発射させアイテムをばら撒き、４人がクッパの船を追いかける中、プロペラキノコ、ペンギンスーツを 目に付け走り、新たな冒険が始まろうとしていた。
