MONOSEPIA
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※　COVID-19vaccinebreakthrough case investigation.pdf　「CDC」より機械翻訳


COVID-19vaccinebreakthroughケース調査
公衆衛生、臨床、および標準検査機関向けの情報

目的
COVID-19ワクチンを接種した人のSARS-CoV-2感染を調査し、人口動態、接種したワクチン、感染ウイルスの傾向やクラスタリングを明らかにする。

症例の定義
FDA認可のCOVID-19ワクチンの1次シリーズを完了してから14日以上経過した後に採取した呼吸器検体からSARS-CoV-2のRNAまたは抗原が検出された者。

実験室での追加検査の根拠と要求
  • CDCおよび州・地域の保健局は、COVID-19ワクチンによるブレイクスルー事例を調査しています。
  • CDCは、SARS-CoV-2の変異体の頻度を評価するために、COVID-19ワクチンによる突破事例からのウイルスの配列データと呼吸器検体の提供を希望している。
  • 症例が特定された場合、保健所は検査機関に連絡し、陽性反応の検体（例：呼吸器検体）が残っているかどうかを判断し、CDCへの出荷のためにそれらを保留するよう要請する。
  • 保健所はまた、検体のID番号とRT-PCR結果が陽性の場合のサイクル閾値（Ct）の値を要求する。
  • もしあなたの研究室でCOVID-19ワクチンによるブレイクスルー症例を発見した場合は、州の保健局に報告してください。

SARS-CoV-2のシーケンスデータ
  • いくつかのCOVID-19ワクチンの画期的な症例は、臨床、公衆衛生、または商業的な参照実験室でSARS-CoV-2の配列決定が行われます。
  • 配列データがすでに入手可能な症例については、SARS-CoV-2の系統とGISAIDまたはGenBankのアクセッション番号を州保健局に提供してください。

SARS-CoV-2シークエンス用呼吸器検体
  • 検体の選択
o臨床検体の場合、RT-PCRのCt値が28以下であること。
oCt値が得られない場合は、他の検査法でSARS-CoV-2のRNAまたは抗原が陽性の検体を送ることができる。

  • 検体の保管とラベル付け
o検体は-70℃以下で保存する。
o1.0～2.0mLのO-リングスクリューキャップ付きマイクロチューブを使用する。
o各検体に "SPHL Submitter Specimen ID "または "Original Submitter Specimen ID"(SPHL IDがない場合)のラベルを貼る。

  • CDCに検体を提出するための2つのフォームのうち、以下の項目を記入する。
グローバルファイルアクセッショニングテンプレート（GFAT）フォーム
▪起源[D欄]: "ヒト"
▪検査オーダー名[E欄]: "SARS-CoV-2 whole genome sequencing"
▪被疑者［F欄］："SARS-CoV-2 "SARS-CoV-2"
▪検体採取日【Column AC
▪SPHL提出者ID［Column AN
  • SPHL提出者の患者ID【Column BB
▪SPHL提出者の検体ID[Column BD]-この番号は州保健局がREDCapシステムに報告する必要がある。
▪コメント [GM欄] この症例に割り当てられたCOVID-19Vaccine BreakthroughのデータベースIDを入力してください。
.▽CDCイベントID［列IB］: "1890"
▪イベント名[Column IC]: "Vaccine breakthroughs "oNational SARS-CoV-2 Strain Surveillance(NS3)SupplementaryForm
▪提出者の検体ID[B欄]
▪提出理由[C欄]: "ES21-04 -Vaccine Breakthrough"▪Primary assay name [Column E].
▪アッセイターゲット [F欄] ▪Ct値 [G欄]
▪Previously sequenced [Column Y].
  • GISAID accession [Column Z]-配列決定されている場合のみ
  • GISAIDアクセション（Z列）-配列が決定している場合のみ -GenBankアクセション（AA列）-配列が決定している場合のみ

  • 出荷のための検体の梱包
IATAおよびUS DOT(https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/lab-biosafety-guidelines.html#specimen)に準拠して、すべての検体をカテゴリーBの感染性物質として梱包して発送してください。
検体の梱包には、フォームのハードコピー、および/または、検体のマニフェストを同梱する。
o毎週のNS3検体の出荷時に、ワクチン・ブレークスルー症例の検体を同梱するが、フォームにはワクチン・ブレークスルー症例の検体であることを明記する。
  • 検体のCDCへの送付
o検体を送付する際には、sarsseqshipping@cdc.govand eocevent531@cdc.govwhen の両方にメールしてください。
▪記入済みのGFATおよびNS3補足フォームを添付する。
▪荷物の追跡情報を添付する。
o月曜日または火曜日に検体を送付する。
通常の配送業者（FedEx、UPSなど）を使用し、ドライアイスを入れて夜間に発送する。
oパッケージの宛先は、ATTN: STATT Lab: Unit 66 TRL Centers for Disease Control and Prevention 1600 Clifton Road, NE Atlanta, Georgia, 30333Telephone: 404-639-3931Email: sarsseqshipping@cdc.gov

  • シークエンスの結果
CDCがゲノム配列を入手し、その品質を評価した後、コンセンサス配列データをアップロードし、GenBankおよびGISAIDに公開する。
CDCは提出者および州の公衆衛生研究所に報告書を送付する。
SARS-CoV-2の亜種は米国内で循環しており、ワクチンを使用した画期的な症例の原因となる。ブレイクスルー症例で見つかった亜種を評価する際には、どのようなSARS-CoV-2亜種が地域社会で流通しているかを考慮することが重要である。






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最終更新：2021年04月30日 09:17

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