| No. | 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| 1 | ポケモン超不思議のダンジョン メインテーマ | |||
| 2 | トップメニュー | |||
| 3 | ようこそ！ ポケモンたちの世界へ！ | ポケモン378位 | ||
| 4 | この星に生きるもの | |||
| 5 | なんでいきなりっ！？ | |||
| 6 | ジョバンとうげ | |||
| 7 | シンリョクの森 | 2015年259位 ポケモン317位 | ||
| 8 | ちょっとしたひと時に | |||
| 9 | しかたない...... | |||
| 10 | 山を越えて | |||
| 11 | タイトルキャッチ | |||
| 12 | コノハナの家 | |||
| 13 | 村の子どもたち | |||
| 14 | わわわわわっ！！ | |||
| 15 | おだやか村 | |||
| 16 | 小さなもめごと | |||
| 17 | こわそうな森 | |||
| 18 | 奥底にひそむもの | |||
| 19 | 学校に行こう！ | |||
| 20 | 帰り道 | |||
| 21 | ヤンチャムとチョボマキ | |||
| 22 | おこられる | |||
| 23 | モグリュー炭鉱 | ポケモン378位 | ||
| 24 | せまるきょうふ | 『マグナゲートと∞迷宮』からの流用 | ||
| 25 | ボスバトル！ 子どもたちの冒険！ | |||
| 26 | 心の中の宝物 | |||
| 27 | パートナーのテーマ | 第10回395位 第11回912位 2015年26位 ポケモン52位 泣き曲69位 | ||
| 28 | 学校うらの森 | ポケモン358位 | ||
| 29 | 冒険のとちゅうで | |||
| 30 | くじけない あきらめない | |||
| 31 | ミルホッグ教頭先生のテーマ | |||
| 32 | キララ山 | |||
| 33 | ほのぼの | 『時の探検隊・闇の探検隊』 「ほのぼの」のアレンジ |
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| 34 | おおらかな やさしさで | |||
| 35 | どうしよう…… | |||
| 36 | いったい どこに……？ | |||
| 37 | カンロ草原 | |||
| 38 | さすらいのデンリュウ | |||
| 39 | ニョロボンリバー | |||
| 40 | 調査団のあかし | |||
| 41 | しずかな夜 | |||
| 42 | 夜の学校のウワサ | |||
| 43 | 学校の見回りで | |||
| 44 | あついよぉ…… | |||
| 45 | おそろしい影 | |||
| 46 | 青白い火 | |||
| 47 | いにしえの骨跡 | ポケモン215位 | ||
| 48 | パートナーのテーマ オルゴール | |||
| 49 | テンケイ山 | |||
| 50 | 子どもたちが見送りに…… | |||
| 51 | 旅立ちの時 | 2015年384位 ポケモン152位 | ||
| 52 | キリタッタ山脈 | 2015年373位 ポケモン160位 | ||
| 53 | なだらかな洞窟 | 第10回961位 2015年162位 ポケモン358位 | ||
| 54 | ワイワイタウン | |||
| 55 | 進め！ ポケモン調査団！ | |||
| 56 | ポケモン調査団 オルゴール | |||
| 57 | 伝説ボスバトル！ ロックバージョン | 2015年536位 | ||
| 58 | 風の大陸 パラムタウン | |||
| 59 | 神秘の森 | 第10回423位 第11回345位 第12回855位 第13回634位 2015年84位 ポケモン77位 第2回ポケモン132位 | ||
| 60 | 石化のなぞ | |||
| 61 | せまるきょうふ アレンジ１ | 『マグナゲートと∞迷宮』 「せまるきょうふ アレンジ」の流用 |
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| 62 | 立ち向かうのは調査団のほこり | |||
| 63 | 炎の島の火山 | 2015年65位 ポケモン270位 | ||
| 64 | ボスバトル！ 調査団の戦い！ | |||
| 65 | スカーフのナゾ！？ 超進化！ | |||
| 66 | 進化のちから | |||
| 67 | 対決！ カザンのエンテイ！ | 2015年176位 ポケモン358位 | ||
| 68 | この世界で起きていること | |||
| 69 | 調査団の気持ちは同じ！ | |||
| 70 | 決戦ヶ岳 | |||
| 71 | 奥底にひそむもの アレンジ１ | |||
| 72 | たいへんだっ！！ | |||
| 73 | 残された古代文字 | |||
| 74 | なにかが…ちがう……！？ | |||
| 75 | 急襲！ イベルタル！ | |||
| 76 | スベテノポケモンニ告グッ！ | |||
| 77 | 虚無の世界 | |||
| 78 | ならくの荒野 | ポケモン317位 | ||
| 79 | 悲しみの中で | |||
| 80 | シンエン洞窟 | |||
| 81 | 静かな岩場 | |||
| 82 | 虚無の影 | |||
| 83 | 伝説の三聖獣 | |||
| 84 | 地天の山 | 2015年190位 ポケモン300位 | ||
| 85 | 奥底にひそむもの アレンジ２ | |||
| 86 | 三聖獣の決意 | |||
| 87 | たくされた希望 | 第10回620位 2015年118位 ポケモン109位 第2回ポケモン141位 | ||
| 88 | 海中洞窟 | ポケモン330位 | ||
| 89 | 古代遺跡 | |||
| 90 | 失われた記憶の秘密 | |||
| 91 | 生命の木 南の島 | |||
| 92 | はじまりの森への道 | 2015年405位 ポケモン432位 | ||
| 93 | かれた生命の木 | |||
| 94 | イベルタルたちとの戦い | 2015年519位 | ||
| 95 | とどく！ | |||
| 96 | ぼくたちは飛べる！ | |||
| 97 | ポケモンたちのちから | |||
| 98 | 生命の木 はこびの千本根 | 第10回459位 第16回630位 2015年99位 ポケモン61位 | ||
| 99 | 生命の木 かがやきの幹 | ポケモン208位 | ||
| 100 | かならず…たおすから！ | |||
| 101 | ダークマター戦 ファースト | ポケモン432位 | ||
| 102 | 再生！ ダークマター！ | |||
| 103 | 弱くても あがくだけだッ！ | |||
| 104 | 奥底にひそむもの アレンジ３ | |||
| 105 | あきらめるな | |||
| 106 | ダークマター戦 セカンド | 第10回25位 第11回42位 第12回76位 第13回81位 第14回120位 第15回211位 第16回118位 第17回349位 2015年2位 ポケモン5位 第2回ポケモン32位 歴代80位 泣き曲63位 第2回ラストバトル44位 第3回任天堂124位 宇宙219位 | ||
| 107 | なくならぬ負の感情 | |||
| 108 | こ…ここは……？ | |||
| 109 | 復活！ 生命の木！ | |||
| 110 | 世界が守られたよろこびで | |||
| 111 | おだやか村へ帰ろう | |||
| 112 | おかえり！ そしてありがとう！ | |||
| 113 | 光に包まれて… | |||
| 114 | 別れの時 | |||
| 115 | エンディング | 第2回エンディング93位 ポケモン358位 | ||
| 116 | エピローグ | |||
| 117 | 草の大陸 カピンタウン | |||
| 118 | 霧の大陸 ノエタウン | |||
| 119 | 砂の大陸 ラムルタウン | 2015年481位 砂漠・荒野139位 | ||
| 120 | 森と山のささやき | 『青の救助隊・赤の救助隊』 「ともだちエリア もり (仮名)」のアレンジ |
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| 121 | 海岸の洞窟 | 『時の探検隊・闇の探検隊』 「かいがんのどうくつ」のアレンジ |
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| 122 | エレキ平原 | 『時の探検隊・闇の探検隊』 「エレキへいげん」のアレンジ |
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| 123 | 水晶の洞窟 | 『時の探検隊・闇の探検隊』 「すいしょうのどうくつ」のアレンジ |
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| 124 | ボスバトル！ 列強伝説！ | |||
| 125 | ペリッパー島 | 『時の探検隊・闇の探検隊』 「ペリッパーのしま」のアレンジ |
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| 126 | モンスターハウスだ！ | 『マグナゲートと∞迷宮』からの流用 | ||
| 127 | カクレオンのお店 | |||
| 128 | わるものだぁ！ | |||
| 129 | せいれいの砂丘 | 『青の救助隊・赤の救助隊』 「おおいなるきょうこく」のアレンジ |
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| 130 | ミステリージャングル | 第10回807位 2015年172位 ポケモン235位 第2回ポケモン222位 | ||
| 131 | じょうかの洞窟 | |||
| 132 | 無限大ダンジョン１ | 『マグナゲートと∞迷宮』より | ||
| 133 | 無限大ダンジョン２ | |||
| 134 | 無限大ダンジョン３ | |||
| 135 | Vルーレット！ | |||
| 136 | 伝説との戦い | |||
| 137 | でこぼこ山 | 2012年221位 | ||
| 138 | まぼろしのでこぼこ山 | |||
| 139 | 石の洞窟 | |||
| 140 | カゲロウ峠 | |||
| 141 | カゲロウ峠 高地 | |||
| 142 | まぼろしのカゲロウ峠 | |||
| 143 | トントン山 | |||
| 144 | 荒れ果て谷 | |||
| 145 | シキサイの森 | |||
| 146 | ドウコクの谷 | |||
| 147 | ドウコクの谷 奥地 | |||
| 148 | 地脈のはざま | |||
| 149 | 大氷河 | 2012年422位 冬・雪・氷 98位 | ||
| 150 | 氷の地下道 | |||
| 151 | グレッシャーパレス | |||
| 152 | グレッシャーパレス 最上部 | |||
| 153 | ゲノウエア間道 | |||
| 154 | 闇夜の森 | |||
| 155 | あかつきの山岳 | |||
| 156 | あかつきの山岳 高地 | |||
| 157 | イエローキャニオン | |||
| 158 | カレカレ草原 | |||
| 159 | 風穴の丘 | 2012年163位 | ||
| 160 | まぼろしの風穴の丘 | |||
| 161 | カエン砂漠 | 2012年248位 ダンジョン 312位 | ||
| 162 | シアンの迷い道 | |||
| 163 | シアンの迷い道 最奥部 | |||
| 164 | グレッシャーパレス 東の塔 | |||
| 165 | グレッシャーパレス 西の塔 | |||
| 166 | グレッシャーパレス 大結晶の塔 | 2012年82位 第2回任天堂 131位 冬・雪・氷 30位 ダンジョン 290位 | ||
| 167 | キュレム！ 宿命の戦い！ | 2012年322位 | ||
| 168 | 氷触体戦 ファースト | |||
| 169 | 氷触体戦 セカンド | 第7回 325位 第8回 671位 第10回850位 2012年33位 第2回任天堂 109位 冬・雪・氷 29位 RPGバトル 331位 | ||
| 170 | レックウザとの戦い | 『青の救助隊・赤の救助隊』より （ただし曲名は『マグナゲートと∞迷宮』DLCより） |
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| 171 | 決戦！ ディアルガ！ | 『時の探検隊・闇の探検隊』より （実際の使用音源は『マグナゲートと∞迷宮』より） |
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| ジュークボックス未収録・未使用曲 | ||||
| BGM_SYS_OPENING | オープニング画面 (セーブデータ無しの状態限定) タイトル画面の前にイントロとムービーが追加される |
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| BGM_DUN_16 | テンケイ山 (本編2回目) | |||
| BGM_EVE_POKEMON_NO_CHIKARA_03 | 未使用曲 | |||
