第1話
ある日、なりスマのマスターである マスターピカチュウが リギージ病と呼ばれる病気にかかってしまい、ファイターのストックを作り出すことができなくなってしまった。そのため、大乱闘ができなくなってしまう。
さらになりスマワールドでは異常気象や地殻変動がリギージ病を弱めるための免疫として起きてしまっている。
だが、なりスマ山に住む ドクターマリオと呼ばれる天才ドクターが作り上げたワクチンを摂取することでリギージ病は治る模様。
なりスマファイターたちは、世界平和のため、再び大乱闘をできるようにするため、ワクチンを求め冒険を始めるのであった。
ピカ様から渡された地図を頼りに、ワクチンを求めなりスマ山へ進む一同。その途中で ヴィーラという女性に出会う。ヴィーラはワクチンの在処の近道を知っている、とのこと。しかしそれは罠かもしれない、と疑う 幽香や 聖。だが、 かずきは近道ができるなら良い、ということでヴィーラについていこうとする。全員で行くと危険かもしれない、そこで モリトと 解体マンもかずきについていくことになった。
第2話
二手に分かれ進むなりスマファイターの一同。 サーウたち一同はワクチンを持つドクターマリオの住んでいるなりスマ山へつく。
なりスマ山を登ると、そこには イルーネと呼ばれる男がいた。
イルーネはなんでも2、3年前に出会った茶髪で緑のスーツの男を探しているらしい。その男は ナリットだった。
ナリットはかつては19歳で飛び級で大学へ行き、20歳で弁護士となった優秀な弁護士だった。だがイルーネが2、3年前にどんなに優秀な人間でも改造次第で最低の人間になることを示すために兵器を出したり、排出物の勢いを強くしたりする改造を行ったのだ。その結果ナリットは自暴自棄になってしまい、今の人格となってしまったのだ。
さらに、ナリットにとある薬をイルーネが投与することで操れるようになるのだが、その薬が投与されてしまった。
イルーネと改造されて ダークナリットとイルーネに名付けられたナリットはなりスマメンバーへと襲いかかる。
第3話
イルーネとダークナリットと戦うなりスマメンバーたち。その圧倒的な力によって、 マリオ、 カービィ、 ワリオ、 スペービィ、 ピンクン、 ポリスライム、 幽香、 リンはやられてしまい、それ以外のメンバーはイルーネの技、イルーネ・ウィンドで飛ばされてしまう。
飛ばされたなりスマメンバーたち。高いところから落ちたが、 イラストくんが大量の草を緑のインクで描き、それがクッションになったため平気だった。
どうやら、地図には遠回りになるがドクターマリオの元へたどり着けるルートが他にもあるらしい。その別のルートを通りイルーネたちに会わないようにして進むことにした。
第4話
ドクターマリオの元へたどり着いたなりスマメンバーたち。ドクターマリオからワクチンを受け取ろうとするが、ワクチンがない。どうやらリギージがワクチンを奪ってしまったからだった。ワクチンを取り戻すため、リギージとの戦いが始まる。
リギージの力はかなり強力で、イラストくんや フシギダネくん、 リュカを倒されてしまう。
全滅寸前に陥るなりスマメンバーたち。そこでリギージが取引を仕掛けてきた。その内容は「なりスマメンバー全員が死ぬ変わりにドクターマリオの命を救う」か「ドクターマリオが死ぬ変わりになりスマメンバー全員が無事」かという、非常に残酷な二者択一だった。
10数えるまでに決めろというリギージ。そこで突然ハンマーが飛んできた。
そのハンマーは解体マンのハンマー。解体マンたちはどうやら3人で脱出してここまでたどり着いた模様。
彼らの助けもあり形勢逆転、リギージを倒すことに成功した。
第5話
リギージを倒し、帰還したなりスマのメンバーたち。
ワクチンも無事で、他のファイターたちも1日経てば復活するとのこと。
しかし、ピカ様曰く、ワクチンを使ってしまうとナリットは死んでしまうかもしれないとのこと。
これはリギージたちが破壊する世界の一部になることで世界を破壊しているからであり、ワクチンには世界の一部になったリギージたちへの特効がある。
そのため、イルーネによってリギージたちに近い存在にされてしまったナリットにも特効があり、使うと死んでしまうかもしれないとのこと。
仲間を見捨てることはできず、イルーネを倒しナリットを救うことを決めたなりスマのメンバーたち。
一方その頃、世界ではリギージ病の影響が強まっており、なりスマワールドの住民たちは異常気象や地殻変動の急激な増加に苦しんでいた。
街へ出て破壊活動をしているイルーネとダークナリットの元へたどり着いたなりスマファイターたち。
二人との再戦に勝利し、ナリットも元の姿に戻すことに成功。
しかし、なりスマ本部へ戻ったところ、なぜかマスターピカチュウとピカ様が倒れていた。
第6話
倒れていた原因は、第2話でかずきを誘惑したヴィーラだった。
ヴィーラはなりスマメンバーたちが本部にいない間にマスターたちを虫の息にまで追い詰め、その上ワクチンを破壊した。
更に、リギージとイルーネを毒の力で復活させた後、3人は合体することで 究極合体リギージヴァイラスへと変貌し、なりスマのファイターたちを瞬く間に全滅させてしまう。
しかし、そこにやってきたドクターマリオが予備のワクチンをリギージヴァイラスの口へと投げ込み、そしてなりスマファイターたちとマスターたちを復活させる。
リギージヴァイラスの口の中が弱点だと見抜いたなりスマファイターたちは口の中へと総攻撃を仕掛ける。
そして最後、マスターピカチュウから受け取った最後の切りふだの力をサーウが受け取る。その力で全力で放ったボルテッカーによって、リギージヴァイラスは消滅。
なりスマの世界へ再び平和が訪れるのであった。
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