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《元・地霊区 ふらわ～しょっぷKAZAMI》
•幽香（フルール）＋夢幻姉妹（オメガ＆アルファ）＋エリー（シックールド）
夢幻館組。
夢幻姉妹を慕う奇跡獣士ふたり（サルーティア＆サンフラワード）と共に
各地のケイオスに不満を持つ奇跡獣士達やUMA（国際奇跡獣同盟）所属の奇跡獣達や
APMN（奇跡獣枢軸連合）に属するドラゴンメイド部隊の反体制派の奇跡獣達に協力を呼びかける。
《元・風神区 天狗岳》
•静葉（フォール）＋さとり＋ルイズ（トライズ）
姉組。
妹達と仲間の洗脳を解く為に、かつてルイズの洗脳を解いた"迷いを斬る妖刀"を持つ奇跡獣士の剣士を探す。
だが"迷いを斬る妖刀"は後にここには無い事が明らかになり…。
《元・紅魔区 公立霧湖中学校》
•リリー白黒（ウェール＆モルテ）＋リグル（フライスター）＋ルミア（ニンジャ）
霧野中クラスメイト組。
エトゥケイオス達の追撃を撃を逃れながら、行方不明の他の仲間たちを探す。
だがその途中で沙英（シュガーサテラ）（セレネルフ）によってルミアの秘密が明らかになり…。
《元・神霊区 ブルクロトイス幻想町工場》
•空（フュージョン）＋鈴仙（バニー）＋リリカ（パーカッション）
太陽と月と星に関連する組。
この3人は危機一髪の脱出による転送の際に、何者かによって工場の地下の研究所に捕えられた。
3人を捕まえたのは理香子（テンマッド）で、太陽と月と星の力が宿った3人の力を利用するらしい。
地下の研究所から脱出すべく、3人は理香子の生み出した”怪物”から逃げていく。
《元・妖々区 白玉桜庭園》
•影狼（ヴォルフ）＋比瑪子（マーメイド）＋雛（エンガチョ）＋蓮子（タイム）＋メリー（シャイニー）＋メラメラさん
大学生組。
庭園にある多数の桜の樹の下に集まった5人。そこには則紗（シャロッグ）が待ち構えていた。
則紗と戦う事になるが、メラメラさんが弱っている事に雛は気づく。
どうやら同時期にドラゴンパワー彗星とゴーストパワー彗星の争いが起こったと言うのだが…。
（ニュームゲンシティ編のすぐ後に流星の化身であるナゲイク・ドーン（衣玖）編をして第一部完としたい為）
《元・映塚区 料亭『地蔵』 》
•小鈴（ビブロス）＋朱鷺子（イービス）＋パチュリー（ケントニス）＋慧音（ハクタクルムーン）＋琴美（小兎姫）（アジェンテ）
知識人組。
料亭にて琴美が実はミラクルアースにある警察組織の一員である事を告白。
親ヴィオラ派のケイオス幹部達を逮捕する為に4人に協力を仰ぎ、手配中のケイオス幹部を探し出す。
《元・博麗区 博麗神社》
•椛（ブレイブ）＋ロリス（トルマリン）＋菫子＋霊夢
その他組。
サムライダー（明羅）が霊夢から『博麗の力』を奪うべく霊夢を狙っていた。
椛は明羅にサシで挑む事を決意し、博麗神社の縁側で双方の剣を交える。
明羅が挑んだ剣は、ルイズが求めていた"迷いを斬る妖刀"だという事が決着後明らかになる。
一方霊夢と菫子とロリスは、逃れている最中に藍（コックス）と橙（ティアット）に遭遇。
こちらでも戦いの火蓋が切って落とされた。ロリスはジュエレイダーズの面々の力を借りて戦う事に。
《元・永夜区 門番亭》
•美鈴（ドラグーン）＋真紅姉妹（デスティニー＆ブロッケン）＋咲夜（エスパース）＋カナ（ポルター）＋ユキマイ（フレイム＆ブリザード）
一部の初代組＋カナ＋ユキマイ。
門番亭で籠城していたが、シンケイオス達の襲撃に遭う。
シンケイオス達はケイオニアと敵対する国の君主の娘であるカナとユキとマイを狙っていた。
美鈴達は彼女達を守るべく拳を交える事に。
《元・儚月区 幻想町宇宙センター》
•てゐ（ハピネス）＋零（ラパン）＋ちゆり（ガウス）＋清蘭（イーグル）＋鈴瑚（ラビット）＋岡崎教授（クロフィー）
玉兎＋２人組。
フューチャーホンを創るために必要な隕石の欠片を手に入れる為、
カルケイオス達の待ち構える宇宙センターへと潜入する。
《元・夢空区 相田カーファクトリー》
•真夜（小悪魔）（ビター）＋屠自古（テスラ）＋妹紅（ポイニクス）＋はたて（ギリズマ）＋理恵（エリス）（イノセンス）＋里香（ファルアイ）
先代組＋マスコット。
ケイオスによって制圧されてしまったファルアイの工場設備を取り戻し、フューチャーホンを完成させる為
工場を制圧しているにとり（ニトラス）と元・奇跡団幹部達と戦う。
《元・星蓮区 命蓮大サーカスキャンプ地》
•小傘（セトネ）＋こころ（テンツァー）＋マミゾウ（ミラクーン）＋キスメ（ルクス）＋針妙丸（ドワーフ）＋芳香（リジッド）＋青娥（ユアント）
サーカス組＋小学2年生組。
命蓮大サーカスのキャンプの中で、ケイオスの下部組織にされた元団員達と戦う。
だがその最中にキスメがヴィオラによってマヨヒガに連れ去られる！
一同は呆気にとられるが、針妙丸はサモンゲートがギリギリ閉まる隙を狙い単身キスメを救いに行くが…。
《元・輝針区 星降ヶ丘》
•三月姉妹（ソレイユ、セレネ、ピクシー）＋瀬笈葉（フォリウム）＋ヤマメ（スパイダー）＋早苗（コメット）＋キセキヨーヨード
三月精＋ヤマメ＋残された奇跡団。
奪われたアーティファクトの管理を任された絵恋（エレン）（キャッフィ）からアーティファクトを奪還すべく、
三月姉妹と瀬笈葉は無謀にもエレンに挑む。
圧倒的に不利だったが、途中でヤマメと早苗とヨーヨードが助太刀に入る。
だがそれと同時に願いを叶える流星の化身、デビルス・クルミが降り立ち状況が一変！
《？？？》
•翠（大妖精）（ファータ）＆チルノ（グラース）
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