（このストーリーは「ミッシングリンク 連邦編」をクリアすることで「本編」。「本編」をクリアすることで「ニムバス編」をプレイできます）
（本編。この物語の主人公「ユウ・カジマ（CV:諏訪部純一）」によるナレーション）
宇宙世紀００７９。
ジオンが開戦と同時に決行したコロニー落としは、ティアンム提督率いる第４艦隊の応戦により、
地球連邦軍総司令本部ジャブローへの落下に失敗した。
しかし、分裂したコロニーの破片が地球全土を襲い、その被害は甚大なものとなった。
予備戦力として、ルナツー入りをすべく移送中だった俺の目に、あの光景……あの破滅の光は深く焼き付いた……。
その人類史に残る大惨事から日をおかず、ジオンは、再びコロニー落としを行うために動き出した。
これに対し連邦軍は、先の戦闘で壊滅的打撃を受けた第４艦隊に代わり、レビル将軍率いる第１連合艦隊の派遣を決定。
俺は、アンダーソン艦長の艦である、サラミス級軽巡洋艦サンタフェに、戦闘機隊隊長として所属することとなった。
第１連合艦隊の抵抗を前に、ジオンは早々にコロニー落としを断念し、戦いは、大規模艦隊同士の総力戦へと移行。
ジオンの新兵器、MS（モビルスーツ）の圧倒的な力を前に、俺達は艦隊護衛の任務を果たすこともできず、
母艦であるサンタフェをはじめ、友軍の艦艇が次々と沈んでいくのを茫然と眺めるだけだった…。
この戦いから生還した俺は、あの圧倒的な力に対抗するために、MSパイロット転換訓練への参加を志願し、新たに
編成予定のMS実験部隊のパイロットとなった。
俺はもう無力じゃない。
目の前で起こる惨劇を見過ごさないだけの力を得たんだ。
（ニムバス編。「クルスト・モーゼス（CV:清川元夢）」によるナレーション）
かつてジオン・ズム・ダイクンが提唱したNT（ニュータイプ）は、
宇宙に出た人類が、誤解なく互いを理解しあえるようになるという人類進化の形を示した。
しかし、現実にその素養をもつ者たちが現れた時、それを戦争の道具にしようとする者が現れたのも、また、必然。
私は、この者たちに賛同できず、NTの戦闘能力部分のみを機械的に再現する『EXAM（エグザム）』という戦闘補助システムを提案した。
NTを戦争の道具にせず、究極的には人類進化の可能性を探るという私の研究に賛同したNT、マリオン・ウェルチは、
過酷な実験にも耐え、実に献身的に協力してくれた。しかし、彼女の力を知るほどに私は恐怖した。
これほどの力を持つNTとは、我々旧人類の天敵たる存在ではないのか？
私の心が闇に沈んでいくことに、彼女は気づいていた。気づきながらも、なにかを信じて協力を続けていた。
どんどん私は追い詰められてゆき、ついには壊れた……いや、目覚めたのだ！
私は、機材にある細工をして、行き詰まっていたEXAMの開発に転機をもたらした！
能力のコピーが無理ならば、意識そのものを取り込んでしまえばいいのだ！
そして、彼女は意識不明となり、代わってEXAMシステムはその能力を得た。
NTに我々が対抗するための力であるEXAMは、NTを生贄に完成した！
しかし、私を異端視する者たちにより、研究継続は困難となっていた。
だから私は、完成したEXAMを手に、連邦への亡命を決めた。
そう、NT殲滅という使命の前には、ジオンも連邦も関係なかったのだ……。
最終更新：2016年08月27日 00:10
