用途地域変更に関してはおそらく
1.産業別経済規模の条件を満たしてフラグを立てる
2.用途地域変更の検討が始まるイベントが呼ばれる（確率)
3.産業別経済規模に応じた用途地域に変更される
というフローになっていると思います。
自分も気になったので陸奥の湊町で検証したのですが、開始後何もせず放置しても、ランダムな時間が経過後にどの市区町村でも用途地域変更の検討が始まります。舞船町も無指定地域にすることができました。
舞船町の住宅を減らす、もしくはそれ以外の産業を発展させておくに越したことはないと思いますが、結局確率が関係すると思うので、期間が限られている場合は一度セーブしてイベントが起こるまでロードを繰り返す必要が必要かもしれません。
219.120.148.89