| 話数 | サブタイトル | 脚本 | 概要・矛盾点・疑問点 |
| 99話 | 飛行船再起動! 伝説のNo.を目指せ!! | 吉田 伸 | そもそも根本的に存在意義の怪しい遺跡編の導入回である。 |
| 100話 | 古への追憶 ドルベと白馬伝説の幻影 | 吉田 伸 | ドルベとスカイペガサスとの伏線は完全に丸投げされている。遺跡編のしょっぱなでこのざまである。 |
| 101話 | 狡猾なるベクター アストラル VS No.96 | 広田 光毅 | アストラルとブラックミストというこれまでの積み重ねがないせいで何の期待も持てない両者のデュエルなので面白いはずもなく、ベクターにネタ台詞を言わせて必死に盛り上げようとしているのが痛々しい。 |
| 102話 | 混沌の領域 No.96凶気の化身!! | 広田 光毅 | ジャッジバスターの伏線も適当に放り投げられている。ベクターのシナリオ上の動かし方よりもネタ人気方面に注意がいっているらしい。 |
| 103話 | 沈黙の闘士アリト 熱き決闘者たちの再会！ | 雑破 業 | 展開上洗脳されているせいもあるのだがアリトに熱さなど微塵も感じられない。信頼の雑破である。 |
| 104話 | よみがえれ！命を超えし決闘者魂!! | 雑破 業 | アリトのクソっぷりに目がいくが、ゴーシュの扱いも目に余る。あといまさらドロワとゴーシュの関係を出してくるのも… |
| 105話 | 銀河眼使いへの試練！カイト決死のデュエル | 待田 堂子 | 最終話から考えると遺跡編の中でも問題な回のひとつ。後の展開とこの回の展開が合わさると…銀河眼使いとはなんぞや… |
| 106話 | ミザエル伝説！No.となった神の龍 | 待田 堂子 | このあたりですでに銀河眼とドラッグルーオンの関係がよくわからなくなっている。 |
| 107話 | 化かされた遊馬!?ギラグ狸の皮算用 | 鈴木 やすゆき | ギラグの扱いは以前から適当だったしこの回も適当だった。そして適当に退場させられるのである。 |
| 108話 | 海底からの誘い！シャーク夢幻の記憶 | 吉田 伸 | 数々の矛盾、伏線投げ捨てを敢行した鮫回。 |
| 109話 | シャークvs激瀧神アビス！激突、2体のNo.!! | 吉田 伸 | メラグの扱いの適当さが目立つ。ここから最後まで兄の添え物である。 |
