フリーモード

• 好きなメンバーでプレイできる。

　現在は旧OPからか新OPからで使えるキャラに若干の差異が生じている。

• アプリコット編クリアで影魅李阿が、サブイベント王家の墓の秘密をクリアすることでナーガと雷の魔神が、ルージュ編クリアでシグルドとアルヴィスが、アンゼリカ編クリアでキッビィが、バルサ編クリアでメタルブラックが使用可能となる。
• エルメェスと黄忠、H・Fとクラッコ、アプリコットと影魅李阿、りゅうちゃんとナーガ、ユリウスとアルヴィス、コテハン仮面とシグルド、プラティナとメタルブラック、カービィとキッビィ、女戦士と歯車魔術師、サルゴンとウラド、細木数子とデデデ大王、獣人の者とワドルディは二者択一。
• アンゼリカ、アプリコット、ルージュ、ブルー、影魅李阿が先頭の時に限り平成、アキハバラのコスチュームショップで服装を変更可能。
• ゲーム開始時に選んだ先頭のキャラによって開始地点が変わる場合がある。

仲間の数は4人未満でもプレイできるが当然難易度は上がる。特に2人以下で遊ぶ場合は
ランク制の敵とは極力戦ってはいけない。元々1人くらいは戦闘不能になる事前提で敵の強さが
調整されていたが、2020年以降は種族特攻技、冥術などが追加された影響で
仲間単体が即死する可能性が大幅に上がっている。

フリーモード限定のイベント

• 「鉱山の宝石」「ジュエルビースト」が該当する
• ルーンを３つ集めた状態でヨークランドのシップ発着場へいくと最後のルーンが取れる。（仲間交換できないため）
• 陰術の資質が試練なしで取れる。

その他仕様等

• 先頭をLo-Noelにするとレベルアップが開始条件となっているイベントが起こらなくなる

スーパーフリーモード

• 最初に一人キャラを選び残りの三人をゲーム中自由に選んで遊べるより自由度の高まったフリーモード。

過去に一度でも仲間にした事がある（熟練度1以上？）キャラは自由に選ぶ事ができ、先頭キャラ以外は何度でも入れ替え可能。
ただし影魅李阿やメタルブラックのようなニコイチ（一つのキャラデータをストーリー毎に別キャラとして設定してある）キャラは先頭キャラでしか選べず上記の入れ替えキャラの対象外になる。

目的

ラスボスを倒すことだが候補が数多く存在し、ドゥヴァンで黒くて薄い男と話すと七英雄の間へ行けるようになる。
その後七英雄の間に置いてある石像を調べて出現する七英雄を全て倒し奥にいる七英雄の本体を倒すとクリアとなる。
また三地点をクリアしている状態で酒場の詩人からホモーインに関する情報を聞き、FF455からホモーインの居場所と倒すために復活させる方法を教えてもらいホモーインを倒しクリアする、倒した後最終試練でエロールに会っていると最後に選択肢が出る。

• ピラーのありか

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月のピラー　：月の神殿（ラウンジ公国）
火星のピラー：王家の墓（マジックキングダム）
水星のピラー：ウコムの神殿（南エスタでニンフ像のイベントクリア後珊瑚海）
木星のピラー：ノースポイントベース（ローザリア北）
金星のピラー：ジャッカルの洞窟（宝の地図4枚もって珊瑚海へ。ウロのバー、ラビュス図書館、アキバの地下、ラウンジのチュンバーにメダル11枚）
土星のピラー：ムスペルニブルの洞窟
太陽のピラー：FF455の店（三地点の内一つをクリアして酒場の詩人に話しかけた後）

最後は破壊神復活編と呼ばれるものでホモーインの手下となってエロールを倒すというもの、悪行値8以上でアンブロシアの邪教の隠れ洞窟最奥にいる神官に話しかけることで始まるというイベント発生条件からして難しく、更にラストダンジョンのボスも異常に強い為フリーモード最難関だと思われる。

2015年より各地に点在しているアイテム（古代パーツ、卵の殻、悪魔装備）を集める事でRB3、ザベルの塔、ソロモン神殿がラストダンジョンとして出現するようになった。

• 古代パーツ

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古代のシップコア：太古のシップ(パスクア)
古代のマザーボード：クーロン裏路地、保護のルーンへ向かう道中(クーロン)
古代のCPU：武王の古墳(シュライク)
古代のDISC：ノースポイントベース（ローザリア北）
古代のパンツ：古代遺跡(ボロ)
古代のエンジン：富士火山(ムスペルニブル)

• 卵の殻

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たまごの破片(白)：今池(西アーロオット、コンビニ大戦争地下)
たまごの破片(黒)：プリズンブレイク(真オルロワージュ撃破後奥の袋)
たまごの破片(赤)：グラスゴー(スコットランド、あたしよ天皇陛下がいる王宮隣の民家)
たまごの破片(青)：カンバル(戦国、神社の奥真ん中の部屋)
たまごの破片(黄)：カントン平野(平成、高台)
たまごの破片(透明)：フジテレビ(近未来、入口)
たまごの破片(紫)：ブラックマイル(RTP、マクンベローナがいるマップ)
たまごの破片(銀、金)：プリズンブレイク所長室

• 悪魔装備

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サタンの杖：ドウテイの城(冥府、二つ目のマップ)
リリスの香水：三途の川(ムスペルニブル富士の洞穴奥、徒歩ルート最奥)
ルキフェルの帽子：今地下(西アーロオット、コンビニ大戦争地下最初のマップ)
マルベスの牙：海底鬼岩城（とおりぬけフープを取りに行く道中の廊下）
アミーの衣：ネクロゴンドの洞窟(マジックキングダム、ボスがいる一つ手前のマップ)
ルキフグの法典：鶏の洞窟(ラウンジ公国、最奥)
ベリアルの紋章：精神の神殿(アンブロジア四段回目以降、マップ中央の建物奥)
アガレスの兜：ニールティ宮殿(ファシナトゥール、ルーンドラゴン撃破後)

2022年よりクーロンでニート師範が新たな最後の敵となる。簡単な会話で
戦いを行うことが可能で強さも控えめなので手早く終わらせたい時はオススメの相手。