各ステージのボーナス資金、強化パーツなど
分岐は大きく分けて7回あり、どのルートを通るかで入手できるパーツが変わってくる。 ここでは、各ルートでしか手に入らないものを記載する。入手話数が違っても共通で手に入るものは割愛。 また、柿小路がエースボーナスを獲得していた場合、彼がいるルートではシャトルを出撃させると、マップ終了後に『郁絵のおやつ』を1個入手可能なので、トライダーが随伴するルートを選択してシャトルを出撃させると大量に手に入れられる。
| プロローグA | ブラックリベリオン | |||
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ブロンズエンブレム
※最短 シルバーエンブレム ※最短 ゴールドエンブレム ※最短 |
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| プロローグB | ガンダム殲滅指令 | |||
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| プロローグC | 世界最後の日 | |||
| - | ||||
| 第1話 | ファイティング・ガール | |||
| リペアキット・プロペラントタンク（クリア後） | ||||
| 第2話 | 逃亡者 | |||
| - | ||||
| 第3話 | 太陽の使者・鉄人28号 | |||
| - | ||||
| 選択肢 | カレン達を見送る | カレン達と一緒に行く | ||
| 選択肢 | 地球でクラッシャー隊に参加する | 宇宙でS.M.S.に参加する | ガンダムと中東へ行く | 黒の騎士団とクメンヘ行く |
| 分岐 | 日本ルート | 宇宙ルート | 中東ルート | クメンルート |
| 第4話 | 竹尾ゼネラルカンパニー奮戦記 | セカンド・カミング | 迷える戦士達 | アッセンブルEX-10 |
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スクリューモジュール（ブランチ） 郁絵のおやつ（マップクリア後） |
- | - | ||
| 第5話 | 広報2課の憂鬱 | トゥインクル・スター | OZとアロウズ | 渦中 |
| - | - | - | ||
| 第6話 | 登場！ ドイツの鬼伯爵！ | 忍び寄る脅威 | 彷徨う天使達 | 介入 |
| - | Eカーボンアーマー（ジニン） | ランドモジュール（イプシロン） | ||
| 第7話 | 対決！悲しみの青きドナウ！ | 次元歪曲宙域 | 反逆の翼 | 暗転 |
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脊髄反射コネクタ（ドナウα1） アイアンエンブレム（マップクリア後） ※最短 |
スラスターモジュール（ゲル） Fボンバーのディスク（マップクリア後） アイアンエンブレム（マップクリア後） ※最短 |
ハイパージャマー（クワトロ） |
資金10000（マップクリア後） クエント製センサー（マップクリア後） バーニアユニット（イプシロン） ※HP減少で撤退有り |
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| 合流 | 日本/宇宙ルート | 中東/クメンルート | ||
| 第8話 | 嵐の予兆 | ツインドライヴ | ||
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A-アダプター（ブロッケン） バーニアユニット（機械獣） |
電力受信アンテナ（ジニン）
※ターン制限有り |
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| 第9話 | ぼくらはみんな生きている | 魔神が目覚める日 | ||
| サイキックリアクター（機械獣） | - | |||
| 第10話 | 平穏との別離 | もう一人のロックオン | ||
| ビームコート（ブランチ） |
ビームコート（クワトロ） バーニアユニット（ゼクス） ※どちらかを倒すともう一方が撤退 MAP兵器で同時に撃破することで両方入手可 |
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| 第11話 | 扉の向こうから | アレルヤ奪還作戦 | ||
| - |
ヂヂリウムチップ（イプシロン） マッスルシリンダー（ピーリス） A-アダプター（カティ） ※ターン制限有り |
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| 第12話 | 悪意と嘘を越えて | 百万のキセキ | ||
| - | アイアンエンブレム ※最短 | |||
| 第13話 | 時空震動、再び | 戦雲の扉 | ||
| DMアーマー（サフィアーダ）※撤退でも入手可 | DMアーマー（サフィアーダ）※撤退でも入手可 | |||
| 第14話 | 動き出す世界 | 与えられた力 | ||
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リペアキット、プロペラントタンク、カートリッジ、補助ISC スクリューモジュール、ランドモジュール スラスターモジュール、フライトモジュール A-アダプター、郁絵のおやつ （マップクリア後） ランドモジュール（リント） Eカーボンアーマー（ルイス） 高性能レーダー（ピーリス） 精密照準レンズ（ブシドー） マッスルシリンダー（アンドレイ） 電力受信アンテナ（ジニン） |
リペアキット、プロペラントタンク、カートリッジ、補助ISC スクリューモジュール、ランドモジュール スラスターモジュール、フライトモジュール A-アダプター、郁絵のおやつ （マップクリア後） ランドモジュール（リント） Eカーボンアーマー（ルイス） 高性能レーダー（ピーリス） 精密照準レンズ（ブシドー） |
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| 第15話 | マン・アズ・ビフォー | |||
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DMユニット（ジェラウド） 娘娘名物まぐろマン（隠し要素） |
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| 第16話 | 次元の心央 | |||
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S-アダプター（アンブローン）
※倒すことが非常に難しい DMレーダー（マルグリット） |
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| 第17話 | ◎朱禁城の花嫁 | |||
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Eカーボンアーマー（趙皓） 高性能レーダー（アーニャ） バーニアユニット（ジノ） ユグドラシルドライブ（スザク） |
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| 第18話 | アッシュフォード・ラプソディ | |||
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ハロ（傭兵団） アドレナリンアンプル（隠し要素） |
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| 第19話 | それぞれの戦場 | |||
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ガンダニュウムアーマー（ゼクス） フライトモジュール（ブシドー） 精密照準レンズ（コーラサワー） 高性能レーダー（リヴァイヴ） バーニアユニット（ヒリング） オートリペアマシン（サーシェス） ※ターン経過で撤退 |
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| 第20話 | 白と黒と | |||
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ブタモグラのステーキ（ティンプ） A-アダプター（ベック） クエント製センサー（カン・ユー） |
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| 分岐 | 暗黒大陸ルート | 宇宙ルート | ||
| 第21話 | 時の流れに | 伝説の歌声 | ||
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ブタモグラのステーキ（ヴィラル） 金塊10000（カトラ・リーダー）× 5～6機 |
スラスターモジュール（ゲシュタルト） | |||
| 第22話 | 出撃！！ 新たなる戦士たち！ | ランカ・アタック | ||
| - | - | |||
| 第23話 | あなたは何もわかっていない | 悲しみのカトル | ||
| カミナのサングラス（隠し要素） |
精密照準レンズ（トロワ）
バーニアユニット（ヒイロ） |
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| 第24話 | あなたはもう必要ないのです | ゼロと呼ばれたG | ||
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カートリッジ（ティンプ） Eカーボンアーマー（ベック） アドレナリンアンプル（カン・ユー） 上記三人はマップ端に到達で撤退 オートリペアマシン（真ドラゴン-自律回路） 勇者の印フラグ（隠し要素） (暗黒大陸38話にて入手) |
ハイバーニアユニット（ブシドー） 電力受信アンテナ（ヒリング） ※ターン経過で撤退 補助GNドライヴ（隠し要素） |
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| 第25話 | 終わらない約束 | |||
| DMアダプター（ジェラウド） | ||||
| 第26話 | 冥府への転落 | |||
| DMユニット（ウェイン） | ||||
| 第27話 | ゼロVSゼロ | |||
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スナイパーキット（リヴァイブ） 補助ISC（デヴァイン） アドレナリンアンプル（サーシェス） |
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| 第28話 | 暗黒よりの使者 | |||
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サイキックリアクター（ブランチ）
スラスターモジュール（ゲシュタルト） |
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| 第29話 | 戦士達の叫び | |||
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補助GNドライヴ（ブシドー） マッスルシリンダー（イプシロン） バリア・フィールド（リント） 電力受信アンテナ（ジニン） ビームコート（ルイス） |
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| 第30話 | 一点突破 | |||
| - | ||||
| 第31話 | ジ・アンブレイカブル | |||
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Dエクストラクター（ジェラウド） スーパーリペアキット（隠し要素） |
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| 分岐 | 地上ルート | 宇宙ルート | ||
| 第32話 | 奪われた鉄人 | メメントモリ攻略戦 | ||
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マッスルシリンダー（ブランチ） オートリペアマシン（ブランチ） |
ビームコート（リント） Eカーボンアーマー（デヴァイン） |
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| 第33話 | ブラック・アヴェンジャー | 散りゆく光の中で | ||
| - | ||||
| 第34話 | 亡者再臨 | 白き牙 | ||
| - | ||||
| 第35話 | 昨日への決別 | 明日へのあがき | ||
| - | ||||
| 第36話 | 加速する世界 | |||
| - | ||||
| 第37話 | 銀河をステージに | |||
| Fボンバーのディスク（マップクリア後） | ||||
| 分岐 | 暗黒大陸ルート | エリア11ルート | ||
| 第38話 | 告げられる絶望 | 過去からの刺客 | ||
| 勇者の印 （ヴィラル）（隠し要素） (要：地上24話のフラグ) | ユグドラシルドライブ （ルキアーノ） | |||
| 第39話 | 禁断の継承者 | |||
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脊髄反射コネクタ （V.V.） バリアフィールド（V.V.） ヂヂリウムチップ（イプシロン） DMアダプター（隠し要素） |
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| 第40話 | 歌え、誰かのために | |||
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DMレーダー（人造次元獣） シェリルのディスク(クリア後) |
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| 分岐 | 日本ルート | フロンティア船団ルート | ||
| 第41話 | 遺恨！ くろがね屋の一番長い日！ | トライアングラー | ||
| ハイパージャマー（隠し要素） | ||||
| 第42話 | 父ちゃんから受け継いだもの | 異能者 | ||
| スナイパーキット(ゲシュタルト) | スナイパーキット(ルイス) | |||
| 第43話 | 闇を断つ牙 | 修羅 | ||
| S-アダプター(ムーンWILL) |
S-アダプター(ブラッドサッカー・自律回路) 勇者の印（隠し要素） |
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| 第44話 | 降臨！！ 終末を呼ぶ邪神！ | |||
| スーパーリペアキット(早乙女) | ||||
| 第45話 | 次元力 | |||
| DMアーマー(マリリン) | ||||
| 第46話 | 失われし聖王国 | |||
|
Dエクストラクター+(ウェイン) インサラウムの秘宝（隠し要素） |
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| 第47話 | 死線！ 総攻撃Dr.ヘル！ | |||
|
超合金Z(Dr.ヘル) 超合金Z（隠し要素） |
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| 第48話 | ゴッドブレス・ユニバース | |||
| 第49話 | ゼロとルルーシュ | |||
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ハイバーニアユニット(ビスマルク) ハイパージャマー(スザク) |
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| 分岐 | 原作再現ルート | ifルート | ||
| 第50話 | 皇帝失格 | 超合集国決議第壱号 | ||
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バリアフィールド(シャルル) ユグドラシルドライブ(スザク) |
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| 第51話 | シュナイゼルの仮面 | 戦乱の王ピースクラフト | ||
| ユグドラシルドライブ(スザク) | ||||
| 第52話 | 混迷の戦場 | 決死のエンドゲーム | ||
| 第53話 | 堕ちてくる月 | 最後の勝利者 | ||
| バリアフィールド(クウキョムガン・ASI) |
ガンダニュウムアーマー(ミリアルド) 補助GNドライヴ(ブシドー) |
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| 第54話 | 絶望の世界 | 決戦！！果てなき進化へ！ | ||
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勇者の印(ズール) S-アダプター(ムゲ) |
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| 第55話 | アナタノオト | 復活の暗黒神 | ||
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シェリルのディスク(グレイス) ランカのディスク(グレイス) Fボンバーのディスク(グレイス) 娘娘名物まぐろマン(クリア後) プラチナエンブレム ※最短 |
バリアフィールド(クウキョムガン・ASI) プラチナエンブレム ※最短 |
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| 第56話 | BEYOND | 奈落への螺旋 | ||
| ハロ(リボンズ) |
勇者の印(ズール) S-アダプター(ムゲ) |
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| 第57話 | ゼロ・レクイエム | ネクスト・フロンティア | ||
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ガンダニュウムアーマー(ミリアルド) 補助GNドライヴ(ブシドー) |
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| 第58話 | 閃光！！ 進化の果て！ | 革新 | ||
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ハロ(リボンズ) シェリルのディスク(グレイス) ランカのディスク(グレイス) Fボンバーのディスク(グレイス) 娘娘名物まぐろマン(クリア後) |
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| 第59話 | 最後の聖王 | 大逆のインサラウム | ||
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Dエクストラクター(アンブローン) 鋼の魂(ユーサー) DMアダプターS(マリリン) |
Dエクストラクター(アンブローン) 鋼の魂(アサキム) DMアダプターS(マリリン) |
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| 最終話 | 再世の未来 | 再世する次元 | ||
| 日本ルート | 宇宙ルート | 中東ルート | クメンルート |
| スクリューモジュール | スラスターモジュール | Eカーボンアーマー | ランドモジュール |
| 脊髄反射コネクタ | Fボンバーのディスク | ハイパージャマー | バーニアユニット |
| 郁絵のおやつ |
| 日本/宇宙ルート | 中東/クメンルート |
| サイキックリアクター | ヂヂリウムチップ |
| 暗黒大陸ルート | 宇宙ルート |
| Eカーボンアーマー | バーニアユニット |
| オートリペアマシン | ハイバーニアユニット |
| カートリッジ | 精密照準レンズ |
| ブタモグラのステーキ | 電力受信アンテナ |
| アドレナリンアンプル | スラスターモジュール |
| カミナのサングラス | 補助GNドライヴ |
| (勇者の印入手条件)※1 |
| 地上ルート | 宇宙ルート |
| マッスルシリンダー | Eカーボンアーマー |
| オートリペアマシン | ビームコート |
| 暗黒大陸ルート | エリア11ルート |
| 勇者の印(※1成立時) | ユグドラシルドライブ |
| 日本ルート | フロンティア船団ルート |
| ハイパージャマー | 勇者の印 |
| 原作再現ルート | ifルート |
| バリアフィールド |
