| 名前 | 変更点 |
| マリオ | 下必殺技：マリオトルネード→ポンプ、空中下：ドリルキック→マリオトルネード |
| ドンキーコング | 下強：足もとビンタ→ロースラップ(技名の変更のみ) |
| リンク | 声優：檜山修之→笹沼晃、弱連打：幻影突き削除、 ダッシュ攻撃：たたき割り→追い斬り(技名の変更のみ)、 空中前：回転なぎ払い→螺旋斬り(技名の変更のみ)、 通常必殺技：弓矢→勇者の弓(技名の変更のみ)、横必殺技：ブーメラン→疾風のブーメラン、 上必殺技(回転斬り)が溜められるように、DXのアピール削除（64のアピール復活） （64からの変更点/登場シーン変更） |
| サムス | 弱2：ガンポッドハンマー→アームキャノンハンマー(技名の変更のみ)、 横スマ：ガンポッドナックル→アームキャノンナックル(技名の変更のみ)、 空中下：メテオナックル→メテオドロップ(技名の変更のみ)、下必殺技(ボム)が時限式に DXのアピール削除 |
| ヨッシー | 横強(つよいけり)のモーションが大幅変化 |
| カービィ | ダッシュ攻撃：バーニング→ブレイクスピン、 上スマ：エアカッター→サマーソルトキック(技名の変更のみ)、 空中横：カービィスパイラル→トリプルアタック(技名の変更のみ)、 空中上：トリプルアタック→エアカッター(技名の変更のみ)、 空中横必殺技(ハンマー)のモーションが大幅変化 |
| フォックス | 声優：里内信夫→野島健児、立ちモーションが横向きからマリオのように前向きと顔の横向きに変化、待機モーションも変化（構えたり、ファルコンのようにカモンのポーズに変更されたため、前作の少し見ている動作が消去） |
| ピカチュウ | 上投げ：でんきトス→ヘディング、下投げ：でんきプレス→ヒッププレス、 下必殺技(かみなり)がエネルギー飛び道具扱いに、三角跳びが可能になった |
| キャプテン・ファルコン | ファンファーレ曲変化 |
| ネス | 弱1：フック→ジャブ(技名の変更のみ)、ファンファーレ曲変化 |
| クッパ | 弱1：右ひっかき→左ひっかき、弱2：左ひっかき→右ひっかき、 横必殺技：かみつき→ダイビングプレス |
| ピーチ | 声優：ジェン・テイラー→サマンサ・ケリー、上強：ヘディングクラウンのモーションが大幅変化 |
| アイスクライマー | 横強：真横たたき→横たたき(技名の変更のみ)、 下スマ：回転たたき→回転はたき(技名の変更のみ) 空中下：下突きもどき→急降下ハンマー、二人で崖捕まりが可能になった |
| マルス | 通常必殺技(シールドブレイカー)のモーションが大幅変化 |
| ゼルダ | 下強：足ばらい→ローキック(技名の変更のみ)、DXのアピール削除 |
| シーク | つかみ攻撃：つかみ肘打→肘打(技名の変更のみ)、空中下：百舌→百舌改、 通常必殺技(仕込針)のチャージ仕様が他のチャージ技と同じになった |
| Mr.ゲーム＆ウォッチ | 上スマ：オクトパス→オクトパスヘッドバッド(技名の変更のみ)、 空中N：パラシュート→トロピカルフィッシュ、上必殺技(ファイア)からパラシュートに移行、非しりもち技に、 空中下(ドンキーコングJr.)が急降下技に、ファンファーレ曲変化 |
| ファルコ | 弱１：ジャブ→ウイングチョップ、弱２：ストレート→リバースチョップ、 弱連打：ラピッドキック→ジャイロカッター、上強：フリップキック→フラップアッパー、 横スマ：レッグショット→ウイングエッジ、空中N：ファルコキック→スピニングファルコチョップ、 空中前：トルネードシャフト→ビークドリル、空中上：テイル＆キック→リバースオーバーヘッド、 空中下：エアドリル→メテオスクリュー(技名の変更のみ)、 下必殺技：リフレクター→リフレクターシュート |
| ガノンドロフ | 声優：長嶝高士→宮田浩徳、横強：甲冑割→突破蹴、 上スマ：二連脚→打上蹴、横必殺技：地竜拳→炎獄握 |
| プリン | 通常必殺技(ころがる)が非しりもち技に、下必殺(ねむる)ヒット時に花咲き状態追加 |
| ルイージ | 横必殺(ルイージロケット)最大溜め後も待機可能に |
| ※ | 惑星コーネリアのファルコの通信会話に登場するフォックスは、DX仕様なので里内ボイスのまま。 |
| 同じくムービーの『2006 E3』で最初に登場するリンクも、DX仕様なので檜山ボイスのまま。 |
| ピーチ城上空 | プププランド | ヨッシーアイランド | コンゴジャングル | |||
| ハイラル城 | ヤマブキシティ | 【惑星ゼーベス】 | 【セクターZ】 | |||
| いにしえの王国 | <メタ・クリスタル> | <デュエルゾーン> | <終点> |
| ピーチ城 | レインボークルーズ | グレートベイ | 神殿 | |||
| コンゴジャングル | ジャングルガーデン | 夢の泉 | グリーングリーンズ | |||
| ブリンスタ | ブリンスタ深部 | 惑星コーネリア | 惑星ベノム | |||
| ミュートシティ | ビッグブルー | ヨッシーストーリー | ヨースター島 | |||
| ポケモンスタジアム | ポケモン亜空間 | オネット | フォーサイド | |||
| いにしえの王国 | いにしえの王国Ⅱ | アイシクルマウンテン | フラットゾーン | |||
| 旧プププランド | 旧ヨッシーアイランド | 旧コンゴジャングル | 戦場 | |||
| 終点 |
| 赤いステージ名 | はXにも存在するステージ |
| 要素 | 64 初代 | DX 前作 | X 今作 |
| バンパー | アイテム | - | アイテム |
| ラッキーのたまご | アイテム | アイテム | - |
| ノコノコ | ステージ | 敵 | 敵 |
| ジュゲム | ステージ | ステージ | アシストフィギュア |
| バランス | ステージ | ステージ | - |
| ドクターマリオ | - | ファイター | シール |
| ワルイージ | - | フィギュア | アシストフィギュア |
| テレサ | - | フィギュア | ステージ |
| クッパクラウン | - | フィギュア | ムービー |
| タル大砲 | ステージ | アイテム | ステージ |
| こどもリンク | - | ファイター | シール |
| オクタロック | - | 敵 | シール |
| リーデッド | - | 敵 | シール |
| ロンロン牛乳 | - | 技 | シール |
| チンクル | - | ステージ | アシストフィギュア |
| リドリー | ステージ | ムービー | 敵 |
| クレイド | - | ステージ | シール |
| メトロイド | - | フィギュア | アシストフィギュア |
| とうさんぞう | - | ステージ | シール |
| デデデ | ステージ | ステージ | ファイター |
| ブロントバート | ステージ | ステージ | フィギュア |
| メタナイト | - | フィギュア | ファイター |
| ワドルディ | - | フィギュア | 技 |
| ウルフ | - | ムービー | ファイター |
| ランドマスター | - | フィギュア | 技 |
| アンドルフ | - | フィギュア | アシストフィギュア |
| リザードン | モンスターボール | モンスターボール | ファイター |
| カメックス | モンスターボール | モンスターボール | - |
| ピッピ | モンスターボール | モンスターボール | - |
| ラッキー | モンスターボール | モンスターボール | - |
| イワーク | モンスターボール | ステージ | - |
| ニャース | モンスターボール | フィギュア | モンスターボール |
| ファイヤー | ステージ | モンスターボール | モンスターボール |
| マルマイン | ステージ | モンスターボール | モンスターボール |
| フシギバナ | ステージ | モンスターボール | - |
| ポリゴン | ステージ | ステージ | - |
| ヒトカゲ | ステージ | - | フィギュア |
| ピチュー | - | ファイター | フィギュア |
| ミュウツー | - | ファイター | フィギュア |
| ヒノアラシ | - | モンスターボール | フィギュア |
| ゼニガメ | - | ステージ | ファイター |
| サムライ・ゴロー | - | ムービー | アシストフィギュア |
| ジェフ | - | フィギュア | アシストフィギュア |
| ホワイトベア | - | 敵 | ステージ |
| トッピー | - | 敵 | - |
| ロイ | - | ファイター | シール |
| ピット | - | フィギュア | ファイター |
| ワリオ | - | フィギュア | ファイター |
| ピクミン＆オリマー | - | フィギュア | ファイター |
| リセットさん | - | フィギュア | アシストフィギュア |
| たぬきち | - | フィギュア | ステージ |
| とたけけ | - | フィギュア | ステージ |
| ドクターライト | - | フィギュア | アシストフィギュア |
| ヘリリン | - | フィギュア | アシストフィギュア |
