妖怪とは、シオンによれば、人知れず人や作物に害を与えたり、悪戯をする生き物であると言われている、とのこと。ミリンによれば、とっても分かりやすく言うと、魔物みたいなもの。（イベント「さむらい道中 ～凶鳥の泪～」第2話）
我々の世界では妖怪は基本的に架空の存在として扱われているが、空の世界においても架空の存在なのか、あるいは明確に存在が確認されているのかについては言及されていない。
妖怪は東国の外ではポピュラーな存在ではないようで、イベント「さむらい道中 ～凶鳥の泪～」第2話において、ルリアが妖怪の存在を知らない様子が描写されている。ルリアがエルステ帝国に捕らえられていた経歴を考えると、たんに彼女が知らなかっただけで知っている者は知っている、という可能性も否定はできない。
妖怪の伝説の中には「人を攫う」タイプのものがあり、中でも誰にも気づかれずに行われるものがいくつもあるという（イベント「さむらい道中 ～凶鳥の泪～」第2話）。
紹介された妖怪
鵺
猿の顔、狸の胴体に前後の肢は虎、尾は蛇を持つとされる妖怪。数ある妖怪の中でも、空の世界において「空想上の生き物であり、存在しない」と言われている。（イベント「さむらい道中 ～凶鳥の泪～」第3話）
狸囃子
腹太鼓を鳴らし、その音で人を引き寄せて見知らぬ場所へと連れ去ってしまう怪奇現象。（イベント「さむらい道中 ～凶鳥の泪～」第3話）
