☆悠二の“
存在の力”の増加がシュドナイの腕によるものではなく、
第一期でヘカテーと「器」を合わせた時に身体に残った“存在の力”によるもの。
☆本来は夏休み中に襲来したメアが新学期に襲来している。
☆メアが悠二に『
戒禁』がかけられていることを知らなかった。『
ゲマインデ』の効果も異なる。
☆悠二の特殊な『戒禁』が発覚したのは、“愛染の兄妹”とシュドナイの襲来時でなく、夏休み後のメア襲来時に変わっている。
☆ヘカテーに瓜二つな謎の転校生、近衛史菜の存在。
☆原作では本編開始前に討滅されているカシャが生存しており、
御崎市に襲来した。
☆第１期との繋がりから［
仮装舞踏会］の『
星黎殿』が破損修理中につき、今はどこかの古城に仮住まい中。
☆
大戸ファンシーパークは、原作ではヴィルヘルミナ戦が行われたが、池が主役の話になった。
☆
真南川の河川敷で鍛錬をしていたという描写は原作に無い。また、鍛錬の内容も夜中に剣術を行っていたりと、原作と異なる。
☆池に乗り物酔いしやすいという弱点がある。
☆外伝『マイルストーン』の話がマージョリーの口から佐藤達に語られる。
☆貫太郎の登場が遅い。尾行した理由と、尾行した相手が変化している。
☆フランスのパリ（エッフェル塔らしき塔があった）でヴィルヘルミナが
カムシンからフィレスの情報をもらう。
☆清秋祭の仮装「オズの魔法使い」で、近衛史菜が魔法使い役で参加。原作では魔法使いはなし。
☆原作では清秋祭の連日の準備で頑張り続けた池は過労気味で周りから疲労を心配されていたが、アニメでは逆に倒れたことさえ皆から笑い者にされていた。
☆サブラクの『約束の二人』とヴィルヘルミナ襲撃関連が大きく異なる（襲撃時はヴィルヘルミナは所用で不在、最初から最後までヨーハンをフィレスは見ていた、『
ミストラル』を使っていないなど）。
☆一美が
封絶の中で動けるため、フィレスの襲撃と背信を見ている。
☆近衛史菜の存在が普通の人から忘れられたのを一美、田中が見て違和感を感じている。
☆フィレスから『
ヒラルダ』を吉田一美に手渡される場所が、原作での佐藤家の庭から
御崎高校の屋上に変わっており、またその時はシャナたちが側にいなかった為にフィレスが吉田一美だけに聞こえる「声」で語りかけもしなかった。また吉田一美が使用後のリスクの高さに思わず『ヒラルダ』を真南川に投げ捨ててしまおうとする場面もあった
☆『
ドレル・パーティー』の面々が、原作以上にあっさり殺された。原作よりシュドナイの攻撃自体は小規模だが、
ドレルすら脱出できずに一撃で死亡している。
☆ザロービたちの登場が1ヶ月程早く、その関係で周りを取り巻く状況も大分異なる。
☆ザロービ、サブラク戦が前倒しされたため、原作におけるクリスマス・イブの戦いはアニメオリジナルである“
敖の立像”騒動に置き換えられる形となった。戦いの細部を除き、シャナか吉田かという究極の選択に“
徒”との戦いを差し挟むという点では原作準拠と言える。ただ、戦いの後における悠二の選択・足取りに関してはやや曖昧に描かれており、選択をはっきりさせない演出とも、続編を見据えた含みとも取れる。また、オリジナルシーンとして待ち合わせ場所のシャナが笑顔になるシーンが足された。
☆戦い終了後のクリスマスの過ごし方は、シャナと吉田と池を除いて全員、原作とは全く違う過ごし方になっていた。
