ストーリーイベントとクエストが融合した形の新しいシステムを用いて、個性豊かな新キャラクターたちと航海者(プレイヤー)がストーリーを織り成していくのが“エピソード”です。
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 | 編集 |
| 帝都を覆う影 | サントドミンゴ | 商人 | 編集 | |
| 儚きものへの想い | ポルトベロ | 冒険 | 「帝都を覆う影」の続き | 編集 |
| 神となった男 | ポルトベロ | 冒険 | 「儚きものへの想い」の続き | 編集 |
| それぞれの動向 | ポルトベロ | 冒険 | 「神となった男」の続き | 編集 |
| コルテスという男 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き | 編集 |
| ある娘の歩んできた道 | ポルトベロ | 冒険 | 「それぞれの動向」の続き | 編集 |
| アステカという存在 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き | 編集 |
| 朋友 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き | 編集 |
| 傀儡の反逆 | ポルトベロ | 海事 | 「それぞれの動向」の続き | 編集 |
| キューバ総督の依頼 | サントドミンゴ | 海事 | 「傀儡の反逆」の続き | 編集 |
| 悲しき夜 | サントドミンゴ | 海事 |
称号「オセロメー」獲得 「キューバ総督の依頼」の続き |
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| 陽はまた昇る | サントドミンゴ | 海事 |
「悲しき夜」の続き 装備品「ジャガー戦士の衣」獲得 |
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| 以下のクエストは本編終了後の派生エピソード（繰り返し可） | 編集 | |||
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 冒険 |
「陽はまた昇る」の続き 前提冒険クエスト「一撃！」 ジャガーの皮3つ獲得 |
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| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 海事 |
「陽はまた昇る」の続き ジャガーの皮5つ獲得 |
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| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 商人 |
「陽はまた昇る」の続き ジャガーの皮2つ獲得 |
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