| 番号 | 曲名 | 備考 |
| 0 | プロローグ | |
| 1 | M･R･4 | |
| 2 | FANTASIA | 完結編エンディング |
| 3 | エレクティヴサブジェクト | メインメニュー |
| 4 | インディケイト | 3・4・5・弐coreのメダロット組立画面曲 |
| 5 | エクスプレイン | |
| 6 | オン ライン | |
| 7 | STORM CLOUD | |
| 8 | SELECTION | |
| 9 | ロボトルファイト! | おなじみのロボトルBGM。『2』や『3』の「ロボトルファイト!」に比べて、 一部のパートのオクターブが所々で高くなっている。 |
| 10 | レッツ ロボトルダンス | |
| 11 | BEAT UP | 3アレンジサントラ収録曲 |
| 12 | DARK NIGHT | 四天王戦・ロボロボ団幹部戦 |
| 13 | DO･OR･DIE | オロチ(ビーストキング)・グレイン・メダマスター戦 |
| 14 | WIN | |
| 15 | LOSE | |
| 16 | レベルアップ | |
| 17 | グロウアップ! | |
| 18 | タイムオーバー | |
| 19 | ゲームオーバー | |
| 20 | HAPPY LIFE | 室内 |
| 21 | WARM VILLAGE | おみくじ町 |
| 22 | メダロポリス | |
| 23 | OH!かいもの | |
| 24 | メダロッターズ | |
| 25 | アフタースクール | |
| 26 | メダロットカンパニー | |
| 27 | INSTITUTE | メダロット研究所 |
| 28 | シンラのもり | |
| 29 | BELIEVING | トラニシ学院 |
| 30 | しれんのみち | サザンカ町 |
| 31 | VIOLENT MEN | サザンカ道場 |
| 32 | キッズ カウボーイ | カメヤマ小学校 |
| 33 | ALWAYS IDLE | 砂漠・カラサワギオアシス |
| 34 | ビューティフル スペース | ジャクナン小学校 |
| 35 | まなつのゆうわく | ウミネコ海岸 |
| 36 | サイバーシティー | リュウトウ学園 |
| 37 | ゆめごころ | シノビックパーク |
| 38 | MEMORIES | フユーン |
| 39 | MR MOON | おどろ山 |
| 40 | RED CAVERN | 洞窟用BGM |
| 41 | DARK PLOT | |
| 42 | ピンチ!! | |
| 43 | HALF SORROW | |
| 44 | I | イッキのテーマ。前作までよりもスローになった |
| 45 | キュート(ハート)ガール | アリカのテーマ |
| 46 | てんしのひとみ | カリンのテーマ |
| 47 | パッション･マン | コウジのテーマ |
| 48 | CUNNING BOY | スクリューズのテーマ |
| 49 | かいとうレトルト | |
| 50 | クレイジー･クレイジー | ヘベレケ博士のテーマ |
| 51 | ロボロボだん | 出だしがさらに明るくコミカルに |
| 52 | セレクトたい | |
| 53 | THE4EMPEROR | 四天王のテーマ |
| 54 | THE4EMPEROR2 | こちらはもっとスローテンポな上、ドラムが控えめ、メロディもちょっと異なる |
| 55 | レヴォリューショニスト | リバティーズのテーマ |
| 56 | サブゲーム タイトル | |
| 57 | レッツ プレイ! | |
| 58 | HAPPY | サブゲーム勝利 |
| 59 | SORRY! | サブゲーム敗北 |
| 60 | メダバードコンテスト | |
| 61 | セイレツ! | メダバードコンテストスタート時のファンファーレ |
| 62 | ダークロボトル | |
| 63 | スロットマシーン | メダプライズ(スロット時) |
| 64 | ラッキーチャンス | メダプライズ(ルーレット時) |
| 65 | メダコンテスト | |
| 66 | クイズでゴー! | メダロット博士のクイズ(準備時間) |
| 67 | こたえは? | メダロット博士のクイズ(出題・回答) |
| 68 | パネルDEロボトール | |
| 69 | こイヌのワルツ? | |
| 70 | こわーい | |
| 71 | おきがえちゅうヨ(ハート) | イッキ着せ替えイベント |
