| 話数 | タイトル | 登場人物 |
| 000 | プログラム起動 | ブラックローズ、ジロー、ブラック・ロータス、フォルテ、間桐慎二、モーフィアス、キバオウ、榊 |
| 002 | terror of death | 遠坂凛、スケィス |
| 010 | 薔薇色カタストロフ | エンデュランス、ダスク・テイカ― |
| 019 | ハートレス・レッド | ブルース、ボルドー |
| 023 | Sword or Death―選択― | レオナルド・ビスタリオ・ハーウェイ |
| 025 | Link それはさながら燃えるキリンのように |
揺光、クライン、ロックマン、フレイムマン |
| 032 | 君の目に映る世界 | アドミラル、ブルース、カイト、志乃 |
| 034 | 結成 | レオナルド・ビスタリオ・ハーウェイ、スカーレット・レイン、ハセヲ |
| 038 | 慎二とライダー | ヒースクリフ、間桐慎二、ダスク・テイカ― |
| 042 | 串刺城塞 Here I Come |
シノン、アトリ、ランルーくん |
| 045 | デバッグモード | ミーナ、オーヴァン、サチ、榊、トワイス |
| 049 | 死者たちのネットゲーム | ユウキ、カオル |
| 051 | Fragmentation；分裂 | ブラック・ロータス、ダン・ブラックモア、ブラックローズ、フォルテ |
| 054 | 『死の恐怖』は知っていますか？ | ハセヲ、スケィス |
| 065 | マハ・誘惑の恋人―― 世界の終わりと君と僕 |
エンデュランス、ミア、アスナ |
| 068 | 黒と白の果て（緑もいるけど） | ブラック・ロータス、ブラックローズ、ツインズ |
| 074 | Roots://殺戮のマトリックスエッジ Roots://足りない心と体が愛を探す引力が |
エージェント・スミス、カイト、志乃、スケィス、ハセヲ、シノン、ボルドー |
| 082 | 空の境界・――遥かに羽撃く | フォルテ、ネオ（トーマス・Ａ・アンダーソン）、アッシュ・ローラー、ガッツマン |
| 091 | いざ駆けよ漆黒の荒馬嘶いて | ハセヲ |
