| 部隊No | 部隊名 | タイプ | 加入時期 | |
| No.1 | デイビス艦長 | 艦長 | 初期部隊 | - |
| No.2 | イプセン艦長 | 艦長 | 前編 No.05 始動！基地建設システム | 終了後 |
| No.3 | オニール艦長 | 艦長 | 前編 No.06 紅の空 | 終了後 |
| No.4 | バラキレフ艦長 | 艦長 | 前編 No.11 土星の環の基地戦 | 終了後 |
| No.5 | コルヴィッツ艦長 | 艦長 | 前編No.18彗星の出ずる処 （※） | 終了後 |
| No.6 | エヴァンズ隊 | パイロット | 初期部隊 | - |
| No.7 | シベリウス隊 | パイロット | 初期部隊 | - |
| No.8 | ホイットマン隊 | パイロット | 初期部隊 | - |
| No.9 | カロザース隊 | パイロット | 初期部隊 | - |
| No.10 | タゴール隊 | パイロット | 初期部隊 | - |
| No.11 | ハーディー隊 | パイロット | 前編 No.01 月面での逃走劇 | 終了後 |
| No.12 | ホルバイン隊 | パイロット | 前編 No.03 南の海での異変 | 終了後 |
| No.13 | ヤナーチェク隊 | パイロット | 前編 No.04 雨の山岳地帯で | 終了後 |
| No.14 | ノグチ隊 | パイロット | 前編 No.06 紅の空 | 終了後 |
| No.15 | マーロー隊 | パイロット | 前編 No.08 灼熱の衛星イオ | 施設解放時 |
| No.16 | ベケット隊 | パイロット | 前編 No.11 土星の環の基地戦 | 終了後 |
| No.17 | キルヒナー隊 | パイロット | 前編 No.12 要塞ゲイルロズ攻略作戦 | 終了後 |
| No.18 | プロコフィエフ隊 | パイロット | 前編 No.16 衛星オベロン動乱 | 施設解放時 |
| No.19 | シン隊 | パイロット | 前編No.18彗星の出ずる処 （※） | 終了後 |
| No.20 | ファラディー隊 | パイロット | 後編 No.15 沈む夕陽 | 終了後 |
| No.21 | FC:ノゾミ | フォースユニット | 初期部隊 | - |
| No.22 | FC:オドリ | フォースユニット | 前編 No.16 衛星オベロン動乱 | 施設解放時 |
| No.23 | FC:メザメ | フォースユニット | 前編 No.17 氷の星-天王星 | 終了後 |
| No.24 | FC:ヤイバ | フォースユニット | 前編No.18彗星の出ずる処 （※） | 終了後 |
| No.25 | FC:イノリ | フォースユニット | 前編 No.20,21 カイパーベルトA B | 終了後 |
| No.26 | FC:ナミダ | フォースユニット | 前編 No.22 グリトニル攻略戦 | 終了後 |
| No.27 | FC:ホノオ | フォースユニット | 後編 No.05 跳躍空間での決戦 | 終了後 |
| No.28 | FC:ミライ | フォースユニット | 後編 No.07 ワープアウト | 終了後 |
| No.29 | FC:オモイ | フォースユニット | 後編 No.20 重金属回廊 | 終了後 |
| No.30 | FC:トドケ | フォースユニット | 後編 No.21 バイドと同化してゆく宇宙 | 終了後 |
